與梁發生爭執前，二人有過一段幸福的蜜月期。同樣擅長筆墨的章太炎曾在梁啟超主持的維新派報紙《時務報》中擔任編輯。但是不久因對孔教存有不同看法，章太炎和康、梁門人發生肢體衝突，繼而重返杭州。1898年戊戌變法失敗後，清廷一道海捕文書，章、梁都被迫流亡日本。在日期間，章太炎一度跟梁啟超過從甚密。還是在梁的介紹下章太炎才得以同後來被稱為“國父”的孫中山結識，與孫中山的頻繁接觸讓章太炎逐漸跳出了維新的藩籬，而漸趨革命，並最終跟維新派，跟梁啟超分道揚鑣。
革命？維新？
章太炎公認最著名的文章是發表於1903年的《駁康有為論革命書》，在那篇與維新派徹底劃清界限的文章中，章太炎直斥自己曾經追隨過的導師康有為“舞詞弄紮，眩惑天下”，令人大呼過癮。章太炎也因此而揚名。不過其最大的功績恐怕還是1906~1907年間與梁啟超的那場論戰。
革命和維新本來就是兩條水火不容的路，他們之間沒有也不存在調和的可能。如果說在19世紀末，維新還不失為一劑救國救民的良藥的話，那麼到了20世紀初，維新就已經淪落成了110米欄。幾乎所有的有識之士都認為中國要想走得更遠走得更快，就必須越過它。章梁之間的論戰就是在這樣的大背景下展開的。
論戰的起因是康有為的一篇長文《法國革命論》，內容無外乎排斥革命，主張維新的老調。對於這樣的文章，革命黨人照例會組織力量煞有介事地駁斥一番。不過雙方的主力筆杆章、梁二人摻和進來，而且把事情鬧得如此沸沸揚揚卻是很多人始料未及的。
維新派一邊，因為有事，康有為把任務交給了首席大弟子梁啟超；革命黨一邊，1906年夏，因當年在《駁康有為論革命書》中有所謂大逆不道言論（載湉小醜，不辨菽麥）的章太炎刑滿釋放，二度流亡日本。並在孫中山的關懷下，開始接手同盟會的機關報《民報》。
於是，針尖對麥芒，一場大規模的論戰初顯端倪。
從章太炎接手的7月至12月，僅半年的時間，《民報》就陸續刊發了一些鐵杆革命黨如胡漢民、汪精衛等人措辭嚴厲的文章，洋洋灑灑，幾乎占據了報紙一半以上的篇幅。不僅如此，寶刀未老的章太炎還親自操刀，與梁啟超捉對撕殺，寫下了《箴新黨論》，文中詳盡地敘述了維新派的演變，並從中分析總結了維新派的諸多致命傷，如缺乏膽識，沒有大無畏的犧牲精神等。
調停！梁子！
麵對如此咄咄逼人的態勢，曾經以妙筆聞名的梁啟超也漸感不支。於是論戰剛開始，他就托與兩派均有交往的湖南人徐佛蘇出麵調停，但鐵了心的章太炎絲毫沒給徐佛蘇麵子，你徐佛蘇算個球啊！我該駁斥還駁斥，該論戰還論戰。又是半年的時間，革命與維新的優劣越辯越明，維新派也逐漸被趕往絕路，縱使梁啟超能力超群，但也回天乏術。這時他又想到了徐佛蘇，鑒於上次調停的經驗，徐佛蘇這次沒有親自出麵，他輾轉找到了革命黨的中堅湖南老鄉宋教仁。
宋教仁的麵子自然比徐佛蘇要大，他找到章太炎委婉表達了維新派的想法，並從反清的大局出發，勸章太炎暫時休戰，得饒人處且饒人，窮寇莫追。但倔強的章太炎並不願就此罷戰，認為原則問題不能和稀泥，在目前這種辯而未明的形勢下更應該奮起直追，痛打落水狗。不過為了給宋教仁台階，也為了端正視聽，他同意在以後的論戰中不采取謾罵攻擊的方式，也不再動不動就問候對方家庭女性成員的生殖器官。至於正常的革命與維新之爭即使孫先生說停，“也萬死不能從命”！
話說到這份上，而且還是宋教仁出麵，梁啟超沒轍了。1907年的冬天，曾經活躍一時的維新派機關報《新民叢報》宣布停刊，給這場持續一年多的筆墨官司畫上了一個句號。從此，章、梁二人結下梁子，而且終二人一生都未曾釋懷，以至於到後來，清華國學院準備聘請二人擔任國學院導師的時候，梁雖然接受邀請但隻願出任導師，不願司職院長，而桀驁的章太炎更是一口回絕了清華的邀請，理由很簡單，七個字——“恥與梁啟超為伍”。