在現實生活中，製度有些時候不僅起不到既有的製度目標，甚至還向預定目標的反方向運行，產生“負”功能；或者是向出乎既定目標的方向運行，產生“副”功能。當然還有可能是根本不發揮功能，呈現“無功能”的現象。所有這一切，構成了製度失靈與製度異化。製度建設必須對這兩種情形給予高度警覺並消除之。
（一）製度失靈
製度失靈一般發生在以下三種情況：一是在社會製度結構單一，製度的分化水平較低的時候。這主要指不顧不同社會領域的特點而強行用一種行為規則體係規範所有社會領域。二是在社會製度結構中存有較嚴重衝突的時候。這主要指各種有效的社會製度之間缺乏一種相互支持的社會結構。三是由於社會變化，權威缺失，原有規則皆被打破之後原有製度的約束力趨弱。
在製度內容方麵，製度的基礎是完備、清晰、明確、統一的規則。但是，製度規則不可能完全預料社會生活中所發生的事情，加之人類語言本身的局限性，不可能用簡明扼要的語言包羅、窮盡所有行為和事件。即使人類憑借自身的智慧最大限度地擬定了清晰、明確、嚴密、和諧統一的規則，但由於製度所麵對的對象普遍、複雜與靈活多變，加上人的認識能力的局限和語言的有限性，總會出現製度的不和諧及應規定的未規定，不應規定的作出了規定和已作出的規定不合理、滯後、不到位等缺陷。
覆蓋社會生活方方麵麵的完善的製度是發揮製度功能的前提，而力求全麵、完備、清晰、明確的法律又不可避免地給社會帶來了繁文縟節和龐大的社會運作成本。紛繁複雜的法律條文及其嚴格規定的法律程序，使實行法治的社會成本高昂和社會運行效率減低。
——製度失靈主要表現為製度虛設。
製度實施過程中，所涉及主體的理念與認識對於製度的實施具有極其重要的影響。如果製度主體的認識與製度理念之間有較大差異，就容易導致製度的虛設。
以我國製度創新為例。由於我國的製度創新在時間和邏輯上均優先於民眾的觀念更新，因而人們的觀念變革和思想更新和製度創新相比顯得相當滯後。這樣，舊的思想觀念、思維方式和行為方式就會與新的體製發生衝突。人們想的不是如何去認同製度、服從製度，而是千方百計利用權力、人情、關係等去爭取製度的“豁免權”。例如，濃濃的人情味可以使象征權力的大印軟化，根深蒂固的官本位意識可以使監督走樣平等無存，無原則的“貴和持中”則使規則失去標準。這使得製度因缺乏社會成員精神品質的支持而流於形式，嚴重影響了製度的規範和價值導向功能。
——人的機會主義行為加劇了製度的失靈。
經濟學研究表明，當人不遵守某一製度的預期效用超過將時間及另外的資源用於從事其他活動所帶來的效用時，人便會選擇不遵守製度，這時的製度事實上就是失靈的。當然，造成製度失靈還有一個原因就是製度的實施機製效用不高，不具有絕對的強製性，人違反製度的成本比較低。相反，強有力的實施機製將使違規成本極高，從而使任何違規行為都變得不劃算，即違規成本大於違規收益。不論哪一種情形，人不遵守製度不在於他的基本動機與別人有什麼不同，而在於他的利益同成本之間存在的差異。
製度在抑製人的機會主義行為傾向方麵並不總是有效的。新製度經濟學在對人們的行為進行研究時，曾經給出這樣的假定，人具有隨機應變、投機取巧、為自己謀取更大利益的行為傾向。由這個假定可以推論出一個結論：由於人在追求自身利益的過程中會采取非常隱蔽的手段，會耍弄狡黠的伎倆，因而如果交易契約雙方僅僅簽訂了協議，但未來的結果仍然會具有很大的不可預見性。製度可以在一定的程度上約束人的機會主義行為傾向。但應當指出，無論什麼樣的製度，卻隻能起到抑製而不能完全消滅人的機會主義行為傾向，因為損人利己可以說是人的行為本性之一。尤其是當破壞製度能取得超額的效益的時候。馬克思在《資本論》第一卷引證了1860年出版的《工聯和罷工》中的一段話，就是對這一現象的最好闡釋：“資本逃避動亂和紛爭，它的本性是膽怯的。這是真的，但還不是全部真理。資本害怕沒有利潤或利潤太少，就像自然界害怕真空一樣。一旦有適當的利潤，資本就膽大起來，如果有10%的利潤，它就保證到處被使用；有20%的利潤，它就活躍起來；有50%的利潤，它就鋌而走險；為了100%的利潤，它就敢踐踏一切人間法律；有300%的利潤，它就敢犯任何罪行，甚至冒絞首的危險。如果動亂和紛爭能帶來利潤，它就會鼓勵動亂和紛爭。走私和販賣奴隸就是證明。”雖然在這裏馬克思說的是資本，但資本背後是人，是有著經濟理性算計的人。