玄奘經過了去年的大病，氣力不複如前，每每感到力不從心。而且他住在洛陽皇宮，各種世俗的雜事甚多，每日的譯經工作頻頻被打斷。由是，他遂生厭離京洛、入山修禪之心。顯慶二年（公元657年？九月二十日，玄奘上表，請求歸隱少林寺。他在表中自述，自己年事已高且多病衰弱，不願意再冒受皇恩。希望能畢命山林，成就禪觀，以報國恩。同時，在禪修之餘繼續翻譯佛經。
玄奘的上表措辭婉轉，態度懇切，讀之令人心動。高宗皇帝讀後，第二天親筆回複，信中雖多用褒獎之詞，但最後筆鋒一轉，十分堅決地拒絕了他的要求。
入山之誌既不得酬，無可奈何的玄奘不得不強撐老弱之軀，在積翠宮繼續譯經。因住在皇宮，俗事繁雜，能帶進來的助手又少，佛經翻譯的進度很不理想。玄奘著急，隻能大幅度壓縮自己的睡眠與休息時間。可是，欲速不達，他因勞累過度，又一次積氣成疾。玄奘自忖，這次病重如油盡燈枯，斷無生機。他怕驚動皇上，悄悄離開積翠宮，到皇宮外的一座寺院等死。
佛菩薩保佑，再加上弟子們延醫診治，他再次活了過來。病情好轉之後，玄奘休養幾日，回積翠宮繼續譯經。
顯慶三年（公元658年？正月，玄奘隨駕自東都返回西京。七月，奉敕入住西明寺。
之後，大唐宮廷鬥爭達到了白熱化。玄奘一個世外之人，十分厭惡充斥著陰謀的政治，早就想逃離京城。可是，不管是唐高宗，還是武則天，都想利用他在民間的崇高威望來為自己增色，所以遲遲不肯放他歸山。現在玄奘在西明寺，每日前來拜訪者絡繹不絕。他還需要協助朝廷處理外交事務，與史官們編纂《西域圖誌》。糾纏不清的俗務，翻譯佛經的迫切，讓分身無術的玄奘隻能盡力擠榨自己的精力與體力，於是再次勞累成疾。
玄奘早已看破了生老病死，所以疾病的痛苦與死亡的威脅都不能讓他動心，但是，譯經的大願未了，讓他不能不為之揪心。於是玄奘再次申請離開長安。這次，高宗終於批準他離開京師，前往玉華寺譯經。玉華寺，就是原來的玉華宮。
顯慶四年（公元659年？十月，玄奘像掙脫樊籠的大鵬，與譯經場的成員離開紛紛擾擾的京城，來到了玉華寺，入住肅成院。譯經的場所，則設在了玉華殿。
說來也巧，玉華寺所在的大川，在唐代稱為鳳凰穀。玄奘出生的地方叫鳳凰穀，而今所在的地方也叫鳳凰穀，這究竟是機緣巧合、妙趣天成，還是冥冥之中有著某種預示？
從某種程度上說，玄奘是為了專心翻譯《大般若經》才來到玉華寺。從顯慶五年（公元660年？至臨終，玄奘的譯經工作就是以翻譯《大般若經》為中心的。
《大般若經》全稱《大般若波羅蜜多經》，是佛教大乘空宗的主要經典，卷帙浩瀚，梵本共二十萬頌（640萬字？。當玄奘應弟子們的請求，著手翻譯《大般若經》時，已年屆花甲。多年的操勞，消耗了他大量的精力，身體已相當衰弱了。但他考慮到翻出此經，可以使瑜伽行派學說從理論上溯源到般若，能調和、會通大乘空、有二宗的分歧，故而毅然決定動手進行這項浩大的翻譯工程。
玄奘從印度帶回了三種《大般若經》梵文版本，為了力求精確無誤，他們每翻譯一句話，都要對照三個版本，進度很慢。再加上這部經的篇幅太大，真不知何年何月才能大功告成。弟子們看到玄奘年邁體弱，生怕他過分勞累，建議刪略一部分內容。因中國人尚簡捷，所以許多經論在無傷主旨的情況下，於翻譯過程中有刪繁就簡的情況。玄奘順從了大家的意願，除繁去重，翻譯進度大大加快。
……不知怎麼回事，玄奘暈暈乎乎，被一股陰風吹了起來，飄飄蕩蕩地來到了雪山叢中，被扔在了萬仞之高的雪峰之上。雪峰頂上寒風勁吹，冰涼的雪糝打在臉上，像刀割一樣。漫天的寒氣化作一條條冰蛇，從腳底、從脖領、從身體的四麵八方鑽入他的骨縫，齧咬他的神經。可是，他一動也不敢動，因為雪山之巔僅容得下他雙腳站立，四周都是刀削一般的懸崖峭壁，稍稍走神，就會墜入萬丈深淵！嚴寒刺骨，風雪狂虐，玄奘被凍得瑟瑟直抖。而麵前深不可測的崖壑，更讓他膽戰心驚！他真真切切地體會到了什麼叫如臨深淵，如履薄冰。忽然，一陣強勁的寒風從背後刮來，他站立不穩，腳下一滑，跌下山崖……
玄奘驚叫一聲，從睡夢中醒來，渾身早已被冷汗浸濕了。此後連續幾個晚上，他總是噩夢連連：或墜入雪坑，掙紮不出；或深陷險境，孤獨無助；或被猛虎追逐，不能脫身……他常常被恐怖的夢境嚇醒，汗流浹背，驚魂落魄。
玄奘是一個畢生追求至真至善的人，由於近幾日的翻譯沒有完全忠於原著，所以在他內心深處留下了不安的陰影，造成夜間噩夢不斷。他認真思考之後，說服弟子們，回複廣譯不刪略的方法，一字不漏地翻出全本。果然，當晚玄奘就夢見諸菩薩眉間放光，照耀自己，身心有一種說不出的舒暢。他又夢見自己持著鮮花、香燈供養諸佛，登上高高的法座為大眾講經說法，受到大家的恭敬讚歎。奇妙的是，在譯《大般若經》時，除了玄奘自己頻頻見到各種瑞相之外，那些助譯的法師們也經常得到種種祥瑞的兆頭。