千古一帝李世民駕鶴歸西，經玄奘幾多努力剛剛建立起來的強有力外護，旋即失去。貞觀二十三年（公元649年？七月，二十二歲的高宗李治繼位。從此，玄奘不得不與英明睿智、胸襟氣度遠遜於唐太宗的高宗皇帝打交道。
永徽元年（公元650年？，時年五十一歲的玄奘在大慈恩寺專心翻譯佛經。為了保證翻譯進度，他製定了一套自我約束的進度表，每日必須按表完成。因而，玄奘每天三更才眠，五更複起。除了譯經外，每日黃昏前後，他還要用兩個時辰講解新翻譯的經論，為前來學習的各州僧人答疑解惑。
他既然身兼上座之職，必須處理寺務，會晤前來拜訪的大德高僧，逢迎朝廷的王公大臣，回複皇家的谘詢。雖然諸務纏身，但玄奘神氣綽然，無所壅滯。多年的修行，讓他的精敏強力異於常人。玄奘的西行經曆，近乎神話，弟子們自然很好奇，都想知道他是如何完成這樣的壯舉的。因而，有時在忙碌了一天之後，玄奘心情愉悅時，也會在弟子們的圍攏下有一搭沒一搭地講一講自己西行途中的種種曆險故事：沙漠迷路，高昌絕食，路遇盜賊，降服外道，菩提樹下，那爛陀寺，環遊五印，法戰群英……說者無心，聽者有意。他的弟子惠立是個有心人，每次聽了師父講述的往事，就一一記錄下來，再參考辯機記錄整理的《大唐西域記》，最終完成了關於玄奘生平的最早、最權威的傳記《大慈恩寺三藏法師傳》。
永徽三年（公元652年？陽春三月的一天，五十三歲的玄奘忽然想到，他在歸國之前，一位耆那教徒曾替他占卜，說他的壽命還有十年。若照那樣計算，他在兩年前就應該撒手歸天了。由此看來，他翻譯佛經的使命尚未完成，所以彌勒菩薩尚不肯讓他回歸兜率天。不過，有感於世事無常，玄奘唯恐從天竺帶回的經藏散失，也為了防範水火之災，他上書高宗皇帝，請求於慈恩寺西院修建石塔，以妥善保存從印度帶回來的佛經、佛像。因石塔工程浩大，建造不容易，最終改為磚造。這就是長安大雁塔的由來。盛夏五月的一日，玄奘正在大雁塔工地上背著竹筐搬運磚石，忽然看到一位風塵仆仆的梵僧走了過來。他說他法號法長，是中印度那爛陀寺的上座智光與大菩提寺上座慧天派來，專門給玄奘送信的！在曲女城的辯論大會上，玄奘曾與他們兩人法戰辯論，使得兩人心
服口服。玄奘回國後，三人一別十數載。他們十分思念玄奘，於是派法長不遠萬裏前來問候。玄奘手握著梵僧法長的雙手，激動得熱淚盈眶，半晌說不出話來。法長將慧天法師的書信呈上，玄奘用顫抖的雙手拆開，那一長串秀麗的梵文跳入眼中。玄奘悲喜交集，將法長領到自己的寮房，細細詢問他離開中印度之後的情況。當他得知戒賢大師已經圓寂之時，不禁熱淚滂沱，大放悲聲。在印度期間，戒賢大師對玄奘可以說是傾囊相授，把自己百年的學問毫不保留地傳授給了他。臨別之時，更是諄諄教導。而今天各一方，怎不叫玄奘痛徹心扉，萬分傷悲。而當他聽到智光已經繼承戒賢大師的衣缽，主法那爛陀寺，慧天也成為大菩提寺的住持之後，又感到十分興奮。印度佛法有他們傳承，必然法運綿長。
玄奘將法長留住了兩年，直到永徽五年（公元654年？才讓他回印度。同時，玄奘開列了一張渡河時失落的經卷名單，請法長帶回。希望慧天和智光能設法抄寫補足，等有人再來，捎到中國。
在印度之時，玄奘可以用全部的精力修學佛法，但回到中國，他不得不小心翼翼地周旋於各種政治勢力之中，慎之又慎地處理政教之間的微妙關係。好在玄奘是開悟得道的智者，他的心靈異常敏銳，對各種可能影響佛教未來走向的事情都能做出正確的預判，把握得恰到好處。因而，不管在怎樣惡劣的情況下，他總能化險為夷，使得局麵向有利於佛教的方麵轉變。