海軍都督府的大軍分水陸兩路南下，抵達上海之後，知縣來迎，李彥直將海軍都督府衙門設在淞江岸邊，又宣布了朝廷將上海設為市舶司總署所在地之意，全麵接掌這裏的軍政大權。
知縣聽說李都督要在上海開市舶，就帶了吏、禮、兵、刑、戶、工六房屬吏來聽命，那些吏員、書算都躍躍欲試，心想既開市舶司，這裏頭大有好處可拿，大有油水可撈。李彥直是何等眼光，一眼掃過去，見這些人雙目似賊，油滑得不得了，便一個也不用，卻讓張嶽去主抓這件事情，所用之幹部，都是六藝堂畢業的學生。至於辦事人員，則寧可招收市井中的人才，也不再用官府舊人。
與市舶司事務同時，軍隊布置也在進行。此次隨李彥直南下的部隊，陸戰部有一萬五千人，水師三萬二千人，大小戰船兩百八十餘艘。李彥直接掌了寶山所，將陸戰部都安置在這裏，跟著部署水師。那三萬兩千水師核心是張嶽帶來的雞籠寨機兵約五千人，李彥直將之作為海軍都督府水師的本部主力，安置在黃浦江入海口的水寨中，又派林碧川據長江口外的大七島，派徐元亮據小七島，派洪迪珍據小七島南的羊山島，又調遣金山衛原有將士，進駐金山衛海岸線外二十裏的灘滸山，這樣安排下來以後，上海的岸外防線就成了。
部署既定，洪迪珍、周文豹等都來促請李彥直趕緊南下，以免大員受到攻擊，李彥直卻道：“欲速則不達。現在就挾大軍南下，隻會更慢。”隻派徐元亮南下試探，結果徐元亮在大衢山附近就遇到了陳思盼的伏擊。
王直北上的這段時間裏，陳思盼大力搜羅手下，據有七大水寨，部眾超過一萬人，徐元亮不敢更他正麵對抗，繞向西邊要避開他的鋒芒，不想卻又在杭州灣外的東霍山一帶被於七阻截。
原來王直、破山南下之後，在南直隸以及浙閩海麵廣布流言，說李彥直背叛了東海眾，還從天津帶了大軍南下，要將所有海商海盜斬盡殺絕。這流言其實也不全是謠言，因李彥直在京津一帶確實把王直一派害得夠嗆，這時王直也不需編造故事，隻把李彥直如何對付他的事情添油加醋地告訴陳思盼、於七等人，這些人一聽之下哪有不恐慌的，隻半月之間便有數萬之眾歸附了王直、破山祈求庇護，一些比較大的頭領人物，如陳思盼、於七、鄧文俊等不願意歸附王直，卻也各自為守。及李彥直到達上海之後部署長江出海口的防務，那更是****正規軍的氣派！陳思盼、於七等心中害怕，又聽了王直的話，先入為主，對北麵下來的徐元亮部便深懷戒懼。
浙東的這些海盜加在一起，數量不下十萬，戰船逾千，而且在這一帶是地頭蛇，熟悉周圍的海路，這些人分散開來難成大氣候，但齊心反抗時便讓李彥直大感棘手，知道要越浙東海麵南下，繞不開這批人。他派人傳令各寨讓他們歸降，但各寨都緊閉寨門，不肯出來。
徐元亮得了李彥直的戒飭，沒再南下，隻派遣船隻到浙東各島宣傳李彥直的“招撫”之意，但浙東各島無人肯信，反而加緊了戒備，以防北師來襲。隻有少數幾夥小股海商冒險受了招安，並給徐元亮帶來了一個驚人的消息：王直和破山已經擁眾南下、攻打大員去了！徐元亮得到消息後趕緊回稟海軍都督府衙門。
王牧民的舊部擔心大員的基業，便促請李彥直趕緊發兵，張嶽卻持反對意見，說道：“海路要到大員，得先經過浙海。如今浙江海麵各島各寨都將我們視為大敵，我們的船隊南下，是要先收拾了這些島寨，還是要不顧他們，硬衝下去？若不先收拾這些島嶼水寨，中途若遇到伏擊怎麼辦？或者我們到達閩海之後，浙東群盜與已經進入大員海峽的王直、破山夾擊我們，那時又怎麼辦？但要先收拾浙東沿海的這些島嶼水寨，且不說我們現在的水師實力未必就足夠，就是我們實力足夠，等我們收拾了浙東之後再南下，時間上也來不及啊。”