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市舶司總署籌備開海的同時，海軍整編也在進行。當新的規定頒布下來時，東海的首領們也是幾家歡樂幾家愁。
林碧川歸附李彥直後，心想自己靠了一棵大樹，以後再不用怕被朝廷追著打了。就是遇到其它的海上豪強，如陳思盼、於七等，他也覺得自己的身份比這些人高了一等。和許多的海賊一樣，林碧川一開始隻是幻想著能盡量多地拿到好處，並沒打算放棄自己的自由去接受官府的拘束。由於沒有這種心理準備，所以林碧川很快就受到了沉重的心理打擊。
鬆江府一帶本是他的老家，崇明、小七島都曾是他的巢穴，聽說海軍都督府衙門設在了上海，他想靠著李彥直，以後在這裏就更能橫衝直撞了，沒想到實際的情況卻是：李彥直一到上海就下了嚴命，所有水師兵將到上海後不得允許不許上岸，登陸必須進港，水手要進城入村必須申請同意，進入市集之後不許犯法，不許擾民，不許強買強賣，否則就按軍法處置。
一群自由慣了的人，忽然被這麼嚴厲的命令拘束住，大部分人都不習慣，林碧川也是。可是李彥直如今已是眾望所歸，別人要投靠他都煩惱沒門路呢，林碧川要放縱亂來，又怕李彥直的嚴令，要反出海軍都督府，卻又哪裏舍得？沒辦法，既有所得，必有所失，縱然不自由，也隻好忍一忍了。
剛剛洗腳的海賊們覺得受了拘束，心中不樂，機兵們卻覺得這些海賊出身的家夥缺乏紀律，雖然一時壓住，但若不加以整頓的話，隻怕遲早要鬧出問題來。
“是時候整頓整頓他們了，都督。”張嶽建議說。
在天津時，李彥直已對水師的力量進行了第一輪的整頓，不過當時並未深入觸及到幾個大首領的利益。從天津到上海的這段時間裏，李彥直已將直係人馬滲入到水師各部去，陸上又已站穩了腳跟，短期之內不用擔心遭到南京方麵的直接打擊，因此李彥直也覺得對水師進行再次整編的時機成熟了。
也就在這時，林碧川卻糾集了一批舶主、火長找到了李彥直反映意見，求他給水兵們鬆一鬆綁，不要管得他們那麼嚴厲。李彥直一聽不悅道：“不要管得那麼嚴？什麼意思？你們還想四處去劫掠不成？”
林碧川等訥訥無法應答，李彥直沉聲道：“你們歸附我也有幾個月了，怎麼到現在還犯糊塗？你們現在是兵了，還把自己當賊啊！人家改邪歸正，哪個不得脫三層皮的？你們倒好，順順利利地就由賊變兵，心裏卻還惦記著做賊時的日子。哼，朝廷招撫你們，給你們餉銀，是讓你們保護老百姓的，不是雇你們來騷擾老百姓的，你們當初既有心走正道，心裏就該有這個準備。若不想當兵而要做賊時，盡可學陳思盼、王直他們去。我這邊，容不得三心二意、立誌不堅的人。”
如今李都督軍威好重，林碧川等聽得汗水涔涔連下，李彥直又道：“你們今天來說這事，也好，我正有些事情要與你們說，就乘機一並談了吧。”
原來他與張嶽商議過後，也給水師定下了三條章程——鑒於海軍都督府水師成分駁雜不純的現狀，李彥直決定將所有水師進行一次大整編，將籍貫、所屬全部打散，再選精汰劣，也就是說，要將林碧川、洪迪珍、徐元亮等人的部署全麵打亂，然後再從中挑選精銳，重建水師。至於眾首腦則經過海軍都督府考察之後任命為將。
這幾部收招撫的部隊，成員都是老於海戰的水手，將之打亂之後重新整合，所需時間不多，很快就能重整成一支水上精兵，但他們的統領者所受到的衝擊可就大了。