對鐵本虛開抵扣稅款發票罪的指控，控辯雙方也展開了激烈的辯論。檢察院出示的最有力的指控證據便是戴國芳為了“花錢消災”而上遞的自查報告。
根據《國家稅務總局關於廢舊物資回收經營業務有關稅收問題的批複》：“鑒於此種經營方式是由目前廢舊物資行業的經營特點決定的，且廢舊物資經營單位在開具增值稅專用發票時確實收取了同等金額的貨款，並確有同等數量的貨物銷售，因此，廢舊物資經營單位開具增值稅專用發票的行為不違背有關稅收規定，不應定性為虛開。這個法規性批複對廢舊物資回收行業的規範化起到了積極的作用，不過由此開始，業內也出現了虛開收購憑證、虛做購進廢舊物資以達到免稅的現象。一位記者在報道中談到：“這也能解釋為什麼全國各大鋼廠門口都有這樣的開票公司。”
鐵本方麵無法澄清自己沒有這種行為。不過，戴國芳從經營角度否認了公訴人提出的數額，他認為鐵本在2001—2003年期間總銷售額隻有29億元，根本不可能虛開那麼多廢鋼，否則“鐵本不用鐵礦砂也能煉出鋼來”；同時，由於物資回收行業零散的收購點無法開發票的行業特殊原因，鐵本需要集體開磅單，然後再找物資回收總公司開進項發票；按照有關規定，如果是向公司進廢鋼，可以抵扣17%或13%的增值稅，鐵本隻抵扣了10%，實際上“反而是多繳稅了”。
很顯然，戴國芳陷入了一個始料未及的法律陷阱。他所麵對的指控與兩年前拘押他的理由完全不同，但卻同樣可能讓他無法自清。一位資深傳媒人士在評論中認為：“鐵本被起訴的理由，是鋼鐵行業內幾乎所有企業都在一定程度上‘遵守’的潛規則——虛假開出廢鋼發票以獲得免稅。在這一點上，假設鐵本不遵循這個潛規則，鐵本的成本就比同行高，而一旦鐵本遵守所謂的行規，‘法雖不責眾，但中國的問題是可以選擇性責罰’。事實正是這樣，鐵本雖然不是潛規則的最大獲益者，鐵本的稅負率在法庭上被證明比同行要高，但鐵本卻是最‘倒黴’的。”
北京大學教授周其仁在鐵本案初審結果公布後，撰寫了專欄文章：
讀報的第一反應是，鐵本案怎麼就成了一樁稅收官司？兩年前震動全國的鐵本案，直接起因是“違規建設大型鋼鐵聯合項目”。當時由發改委等九部委對鐵本作了專項檢查，查明“這是一起典型的地方政府及有關部門嚴重失職違規，企業涉嫌違法犯罪的重大案件”。其中，當地政府涉及違規立項、違規批地，鐵本公司則涉嫌“通過提供虛假財務報表騙取銀行信用和貸款，挪用銀行流動資金貸款”和“大量偷稅漏稅”，而“有關金融機構嚴重違反國家固定資產貸款審貸和現金管理規定”。隨後，國家稅務總局宣布：“認定江蘇鐵本公司等3家企業偷稅2.94億元。”以上信息，全部經新華社和中央電視台播發消息，國人皆知。現在，戴國芳等人被羈押兩年之久以後，法庭公開審理的公訴罪名僅為“虛開發票，抵扣稅款1.6億元”——這麼大的一個變化，說明了什麼？我認為最可議之處，是人們——尤其是地方官員和民營企業家們——都知道這次鐵本絕不是因為抵扣稅款才“犯事”的，但是輪到“辦”的時候，卻以涉稅案為罪名。政府真要抓稅案嗎？普遍抓就是了。為什麼差不多家家鋼廠都有的“開稅票”行為，平時沒有事，別人也沒有事，偏偏到了2004年4月被發現上了一個大規模鋼鐵聯合企業的鐵本頭上，就是關乎身家性命的大事？
周其仁教授在文中耐人尋味地說：“回頭看曆史，戴國芳要慶幸我們國家正在向著法治國家的方向走才對。”