誰也沒有料到，對鐵本事件的後續處理，成了一件十分棘手的事情。
最開始的時候，外界認為，鐵本項目這麼輕易獲得地方政府的支持，肯定又是一個官商結合的典型，但隨著調查的深入，一直沒有跡象顯示這其中存在的腐敗現象。除了鋼鐵，草根十足的戴國芳好像人情不通、政治不懂。
說鐵本項目是低水平的重複建設，也很難立論。原冶金部部長、中國鋼鐵協會會長吳溪淳非常肯定地認為：“鐵本不是低水平重複建設，鐵本的問題不是技術問題。”曾多次考察過鐵本項目的和君創業研究谘詢公司董事長李肅告訴記者：“當年鐵本項目從鋼鐵技術角度論證是‘國內最好的鋼廠’，投入產出非常合理，就算其他鋼廠出了問題，它都能賺錢。”在建龍項目得以複活的消息見報後，《經濟觀察報》記者采訪鋼鐵規劃研究院副院長李新創，請他談談對鐵本事件的處理看法，這位參與起草全國鋼鐵產業政策的專家說：“當時怎樣決定就怎麼做，現在是要維護國家宏觀調控政策的權威。”
2006年3月下旬，在被羈押兩年之後，戴國芳案即將開庭審判，國內上百家媒體聞風而動。《商務周刊》記者鍾加勇前往常州采訪。
他先去了長江邊的鐵本工地。戴國芳被逮捕後，工地上的數千工人早已散了。為防止物資被盜，地方政府招聘了近50名保安輪流值班，當地的魏村派出所還專門派出了10名幹警。記者繞著工地走了一圈，就足足花了2個多小時。他看到的景象是：工地上蒿草瘋長，四處是鏽跡斑斑的鋼材、各種已經褪色的施工材料以及淩亂散落的各種設備，破舊的工棚空無一人，已現雛形的煉鋼高爐和基本建成的發電站均被廢棄。在過去的兩年多時間裏，施工現場沒有采取任何保護措施，一切都任憑風吹雨打，所有設備有的已經貶值，有的已經直接變成廢鐵。按照當地政府監管組的計算，每月損失就達到6000多萬元，簡單地乘以兩年時間，10多個億已經沒了。戴國芳投下去的數十億元，就跟它在獄中的主人一樣，已經被輕易地遺棄。
記者還專門去了位於武進區東安鎮瀆南村的戴家探訪。在村口，他碰到戴國芳的繼母剛剛從菜地澆菜回家，戴父終年無語，“已經完全不跟人說話了”。戴家是一個天井很寬的農家小院，東邊是兩間平頂房，西邊則是堆放雜物的幾間低矮瓦房。與鄰居家相比，這無論如何都看不出是億萬富翁的老家。小院旁邊，就是戴國芳“鋼鐵夢想”起步的地方——三友軋輥廠。此時也已是一派荒涼，滿目蕭條。據稱，戴國芳的家產被查封時隻有8萬元錢，他的3個子女原本都在常州國際學校就讀，出事後就都轉到普通中學就讀，生活費和學費都靠一些過去的朋友接濟。
3月28日，鐵本案在常州市中級法院開庭。最高人民法院、江蘇省高級人民法院、江蘇省人民檢察院都派出代表旁聽，鐵本方麵則由17位知名律師參與辯護，案卷多達290本。
然而，常州市人民檢察院的公訴書卻讓在場的所有媒體都大吃一驚。戴國芳等人被控的罪名隻有一條：虛開抵扣稅款發票罪。檢察院指控稱，2001年至2003年3年間，鐵本公司采取製作虛假的廢鋼鐵屑過磅單、入庫單，東安加工廠的收購碼單等手段，通過李建華、季春梅，分別讓武進物資再生有限公司、武進陽湖金屬回收公司、常州拆船公司、常州金屬回收再生資源有限公司、常州再生資源批發中心有限公司（均另案處理），為鐵本虛開廢鋼、鐵屑銷售發票2373份，金額超過16億元，抵扣稅款1.6億元。
在這份公訴書中，兩年前鐵齒銅牙般地認定鐵本的“五宗罪”竟無一被指控。