在趙新先治理三九的相當長時間裏，三九幾乎沒有受到過太大的約束和幹涉。他所受到的待遇也是極高的，除了全國勞模、全國政協委員等政治榮譽外，還擁有軍中文職二級官銜，享受中將待遇，這在中國企業家中絕無僅有。不過，盡管他締造了三九，但三九卻始終不是他的。
但是，趙新先在很長一段時間裏，沒有思考這個問題。1998年，國有企業改革進入攻堅階段，產權明晰化試驗一度受到默許，不少企業都開始嚐試經營層MBO，南方的TCL、美的等企業先行一步而完成了產權改造。對此，他表現得很無所謂，對記者說：“三九是我做大的，MBO多此一舉。”到後來，他開始意識到產權的重要性，但也僅僅輕描淡寫地說了一句：“這個問題我考慮沒有用，這要我的‘婆婆’去考慮才行啊。”1998年底，中央下達軍商脫鉤的命令，三九與解放軍總後勤部脫鉤，歸口中央大型企業工委管理。2003年，國務院成立國有資產監督管理委員會，三九作為中國直屬187家企業之一，轉屬其管理。隨著“婆婆”的變更，他在產權改造上的主動性漸漸變得越來越小。
當2003年秋天的財務危機總爆發的時候，趙新先突然覺得這是一個可以利用的機會。他算了一筆賬：“三九發展到今天，上繳給國家的利稅是40多個億，上繳給銀行的利息是30多個億，上繳給上級將近10個億。這個數字跟三九在銀行的貸款數字相近，都在80億元左右。”由此，他提出了兩個要求：“一是實現出資到位的問題，解決50億元淨資產的最終歸屬；二是完成股份製改造，建立規範的法人治理結構，最終完成激勵機製和監督機製的完善。”在一次媒體訪談中，當有記者提問“三九如何走出困境，繼續去完成整合中國中藥產業的使命”時，他直截了當地回答：“不把我的產權問題解決，三九沒有辦法去整合這個產業。隻有三九把產權問題解決了，才有整合的力量、整合的動機。”