這一時期由於經濟困窘，戴季陶跟隨孫中山等過著十分艱苦的生活，許多人的衣食都有困難，在大雪天時，因無錢購柴生火致使有的革命同誌生病。
袁世凱稱帝失敗後，各省紛紛獨立，孫中山在此形勢下偕廖仲愷、戴季陶等於1916年4月27日秘密回國，參加國內的鬥爭。戴季陶繼續擔任孫中山的秘書。
袁世凱在孫中山回國後不久即病死，由段祺瑞出任國務總理，執掌實權。段與大總統黎元洪發生了爭權鬥爭，張勳以“調停”為名借機上演複辟醜劇，他派人到日本尋求支持。
孫中山聞訊後即派戴季陶以黨代表身份赴日了解情況。戴季陶憑借孫中山和自己的老關係拜訪了日海軍軍令部部長海軍中將秋山貞之、參謀部次長陸軍中將田中義一，此二人都熟知中國的情況。戴季陶從他們那裏知道了張勳複辟的信息，寫了一封詳細的報告寄給孫中山，使革命黨人據以掌握應變策略。
由於段祺瑞不要約法，迫使孫中山再次組織護法運動，於9月10日在廣州成立軍政府，戴季陶被任命為法製委員會委員長，不久即兼任大元帥府代理秘書長、外交部次長。軍政府剛剛成立，事務十分繁忙，戴季陶以超人的勤奮和精神，將千頭萬緒的事情辦得有條不紊。
孫中山南下護法借助的是西南軍閥陸榮廷等人的兵力，但這些軍閥實際上不聽孫中山的號令，而是借助孫中山的影響擴大自己的勢力。麵對這一情況，戴季陶對孫中山說，沒有兵權，總是受製於人，我們一定要建立一支自己的軍隊，孫中山十分讚同。戴季陶想到廣東的陳炳焜雖然歸屬陸榮廷，但對孫中山很尊敬，便向孫中山建議向陳炳焜要兵，孫中山同意，但遭到陳的婉拒。
時任廣東省長的朱慶瀾看清了軍閥的嘴臉，認識到隻有孫中山才是真心護法的。看到孫中山的處境決定予以支持。他當時有40個營的省長警衛部隊，便對胡漢民、戴季陶提出交給孫中山20個營作為孫的基本部隊，然後再以此為基礎逐步發展。孫中山很高興，他令胡漢民、戴季陶、朱執信、汪精衛做好有關工作，克服陸榮廷等的阻撓。孫中山向陸等表明，這8000官兵將組成“援閩粵軍”，去進攻福建的北洋軍閥李厚基，不會留在廣東與地方實力派爭地盤，使陸榮廷等人放心。孫中山以陳炯明為這支部隊的總司令，蔣介石、戴季陶協助整編。
1918年5月軍政府改組後，孫中山辭職偕胡漢民、廖仲愷、戴季陶、朱執信等到上海。