朱元璋的威信進一步提高，兵力進一步擴大。在他人看來，形勢一片大好，朱元璋卻敏銳地意識到，他麵臨著深刻的危機。
朱家軍表麵上發展迅速，如同發麵饅頭一樣膨脹了數倍。然而過快的發展也埋下了隱患，那就是內部並沒有形成真正的融合統一。這支軍隊存在著三個權力中心：一個是朱元璋，一個是郭天敘、張天佑，第三個則是陳野先。
郭天敘、張天佑二人雖然表麵上對朱元璋言聽計從，但內心深處對郭家軍變成朱家軍一直心有不甘。況且兩個人在名義上地位高於他，因此在軍隊中總是一股離心力量。特別是對於那些郭子興的嫡係舊部，這兩個人的號召力其實是大於朱元璋的。大敵當前之時，這種離心力不大看得出來，但是一旦危險遠去，他們勢必要和朱元璋爭權奪利。
更為直接的隱患是陳野先。朱元璋對陳野先寄予很大希望，以為此人可以成為他的左膀右臂，然而不久，他就失望了。他發現陳野先表麵上信誓旦旦，但實際上根本瞧不起他們這些農民軍，認為他們成不了大事，暗地裏還和元軍保持密切接觸。那麼，如何處理陳野先部這兩萬人，就成了個棘手的問題。
投入起義軍之後，朱元璋經曆了無數次的義軍內部鬥爭。他深刻認識到，隻有建立起強有力的一元化集權領導，才能達成隊伍的真正統一。而要建立一元化領導，就必須消滅多核心。
經過長時間的反複思考，一個大膽的計劃在朱元璋的頭腦中形成了：以借刀殺人之計，神不知鬼不覺地除掉郭張二人。
攻占太平之後，朱元璋下一個計劃就是攻取集慶。這個城市是他渡江作戰的最大目標，也是他天下藍圖中未來根據地的核心。能否攻占此城，關乎他天下大計的成敗。按理說，這場戰爭朱元璋應該派出最精銳的部隊，親自掛帥，精心組織，要求必勝。但是朱元璋卻不按常理出牌，派出了一支奇怪的組合：一支由郭天敘、張天佑帶領，另一支由陳野先帶領。一個由東，一個由南，兩路夾擊集慶。
說奇怪，一是這兩支軍隊都不是他的嫡係；二是朱元璋通過安插在陳野先身邊的奸細，已經掌握了陳野先與集慶城內元軍勾結，準備裏應外合、擊敗朱軍的消息，卻“姑許之”，仍命他帶兵與郭、張二軍一起進攻集慶；三是朱元璋居然沒有把如此重要的情報告訴郭張二人。
朱元璋的用心因此也就一清二楚了。龍鳳元年（公元1355年）九月，兩路大軍出師，郭張二人積極用命，率領東路人馬一路勢如破竹，攻破元將設在城外的營壘，直趨東門，準備第二天發起進攻。陳野先也到達南門，並且當天傍晚設酒宴請郭張兩位元帥。郭張二人毫無防備，高高興興應約前去，結果被陳野先抓住殺掉。陳野先與元軍內外夾攻，紅巾軍被打個措手不及，敗退溧陽。從此，郭子興的舊部全歸朱元璋指揮，他成為這支隊伍名副其實的都元帥，郭家軍徹底改名為朱家軍。
朱元璋借刀殺人之計操作得實在高明，他以損失幾萬軍隊和攻城戰役徹底失敗為代價，來清洗兩位並非迫在眉睫的對手。這種看似不合情理的安排將他的計謀遮蓋得完全不露痕跡。在他看來，用這樣巨大的代價來換取自己對軍隊的絕對領導，無疑是值得的。
郭張二人死後，朱元璋隻剩下了一個隱患：郭子興的小兒子郭天爵。
朱元璋分兩步處理這個人。在郭張二人死後，他以體恤故主的姿態，讓年紀不大的郭天爵做自己的二把手，“江南等處行中書省右丞”。不過天爵年紀太輕，隻是一個牌位，並不管事，隻是為了把他拴在自己眼皮子底下，控製他的活動自由。到了至正十八年（公元1358年），朱元璋的權威已經徹底鞏固下來，人們已經把郭子興忘掉之後，他找了個小小的借口，以郭天爵“怨望”、“謀叛”，將之逮捕殺掉了。
通過代價巨大的清洗，朱元璋的一元化集權領導終於建立起來了。朱元璋帶領這支被他融為一爐的軍隊，於第二年二月一舉攻下了集慶，將之改名為應天。