毫無疑問，豪門大戶並不願意拋棄龐大的產業，搬離故土。即使搬到了南京，很多人還想方設法想要逃回故地。為了防止這些富戶逃回，朱元璋製定了禁止逃亡的嚴厲法令，規定“富民私歸者處以重罪”，使各地的縉紳不得不死心塌地做新朝的首都居民。
第二個辦法是製造冤案，發動百姓誣告陷害地主，以此抄沒他們的財產。
一個有名的傳說是，江南首富沈萬三為了討好朱元璋，出巨資助建了南京城牆的三分之一，孰料朱元璋見沈萬三如此富有，深恐其“富可敵國”，欲殺之，經馬皇後勸諫，才找了個借口流放雲南。沈萬三最終客死雲南，財產都被朱元璋收歸國有。這個傳說雖然被曆史學家證明為杜撰，卻十分傳神地表現了朱元璋的仇富心理。
在羅織罪名摧殘富民這件事上，朱元璋的流氓性格得到了淋漓盡致的體現。他為達目的不擇手段，心黑手狠，任意黑白，不怕別人咒罵，不怕後人評說，不但不為婦人之仁，甚至也不受基本道德準則的約束。洪武年間，朱元璋為了懲貪和消滅政治上的異己力量，製造了四大冤案，即空印案、郭桓案、胡惟庸案和藍玉案。四案加在一起，殺人十數萬。
強權在手，朱元璋搞起政治鬥爭來，長袖善舞，左右逢源。在消滅政敵的同時，“放牛拾柴禾——捎帶手”，他把江南幸存的地主們也都消滅了。
其手段是任意利用案件勾連地主富戶，唆使人們誣陷他們藏有貪官寄存的贓款，以便沒收他們的財產。絕大多數案件，都是一望而知的冤案。人們也揣摩到皇上的真實意圖在於沒收財產，所以樂得爭相告發。
《明史》說，郭桓案“核查贓款所寄放的人家，遍及天下，民眾中中等以上富裕的人家大抵皆破”。吳寬說他的家鄉長洲（今蘇州）在洪武之世“鄉人多被謫徙，或死於刑，鄰裏殆空”，並談及三吳地區的情況說，“皇明受命，政令一新，豪民巨族，到削殆盡”，在胡、藍黨案中，江南有名的豪強地主幾乎都受到株連，僅吳江一縣，罹禍的就有張濤、莫禮、張瑾、李鼎、崔齡、徐衍等“不下千家”。此舉“並盡洗富土之民，而夷其室廬”。
此外，洪武三十年（公元1397年）發生“南北榜”事件（因錄取的考生均是南方人，引發北方考生質疑考官不公，朱元璋因此殺了一些考官和考生。）後，朱元璋“以江南大家為‘窩主’，許相訐告”，不少江南地主因此罹禍。由於大批地主私田被沒收變為官田，明政府的田賦收入飛躍式增長。蘇州府在元末應納秋糧米八十八萬二千一百石，到明初一躍增至二百九十餘萬石，翻了三倍還多。鬆江府也從六十六萬餘石驟升至一百四十萬餘石，漲了二倍有餘。
朱元璋的措施卓有成效。不少明代人說，在朱皇帝的流氓手段打擊之下，地方上的富家大戶已經被清洗一空，一個也沒剩下。吳寬說江南“一時富室或徙或死，聲銷尾滅，蕩然無存”。貝瓊也說，當時三吳地區的大戶，“既盈而複，或死或徙，無一存者”。當然，這種說法近年遭到懷疑，有學者研究證明，朱皇帝的清洗並沒有那麼徹底，也有極少數地主大族采取散發家財、外出逃亡等手段，活了下來。如無錫華宗壽家田地很多，富甲邑中，“至國初悉散所積以免禍”。長洲朱士清入贅烏溪大姓趙惠卿為婿，“趙以富豪於一方”，朱士清預料會出事，“出居於外以避之，後竟保其家”。不過，這樣的幸存者畢竟是極少數。
既然不可能改變土地私有製，朱元璋就不可能杜絕地主階級的再生。無論采取什麼手段，朱元璋都做不到絕對平均，大地主沒有了，中小地主仍然遍地都是。不過，在整個統治期間，他都不忘時時刻刻敲打中小地主階級。
洪武三年（公元1370年）二月，他特地召見各地富民，告誡他們：
汝等居田裏，安享官稅者，汝知之乎？古人有言：“民生有欲，無主乃亂。”使天下一日無主，則強淩弱，眾暴寡，富者不得自安，貧者不能自存矣。今朕為爾主，立法定製，使富者得以保其富，貧者得以全其生。爾等當循分守法，能守法則能保身矣。毋淩弱，毋吞貧，毋虐小，毋欺老，孝敬父兄，和睦親族，周給貧乏，遜順鄉裏，如此則為良民。若效昔之所為，非良民矣。
當然，他也知道中小地主不會人人都謹遵他的最高指示，所以，這些人一旦有不謹慎處，他就連施重手，摧殘他們，必至他們家破人亡而止。為了防止大戶通過飛灑①等手段將賦稅轉移到貧民身上，朱元璋大力在全國進①飛灑：特指明清地主勾結官府，將田地賦稅化整為零，分灑到其他農戶的田地上，以逃避賦稅的一種手段。
行土地普查，建立魚鱗圖冊，以定賦稅。通過精細嚴密的土地丈量，在全國範圍內清查出地主隱瞞的大量土地，“業不可隱”，使豪強地主再難隱瞞土地，逃避賦稅。
朱元璋明確規定，如果地主們“有將田灑派，作詭寄名色，靠損小民等做法……所在被害人戶及鄉間鯁直豪傑，會議將倚恃豪傑之家，捉拿赴京，連家遷發化外，將前項田土給賞被擾群民”。一旦發現奸頑富豪有不法行為，他均以重刑處置。鬆江豪民王子信交結官吏，“侵害鄉民，欺壓良善”，被“拿獲到官，於本邑梟令，家財入官，田產籍沒，人口流移”糧長張時傑等一百六十人因私分稅糧，延期不綱，朱元璋令將其全部處死。