從這個理論出發，元朝皇帝雖然統治低能，畢竟也建立了一套法律，安設了幾名官員，比天下大亂還是要好。所以朱元璋說：“元祖宗功德在人。”在給元世祖的祭文中，他更這樣頌揚元朝的統治：“惟神昔自朔土來主中國，治安之盛，生養之繁，功被人民者矣。”
元朝初建，統治秩序比較好，老百姓一度安居樂業。他朱元璋雖然生不逢時，沒趕上好時候，吃不飽穿不暖，但畢竟也算是吃了人家蒙古皇帝的，喝了人家大元天子的，怎麼能忘恩負義，不予承認呢？
如予父母生於元初定天下之時，彼時法度嚴明，使愚頑畏威懷德，強不淩弱，眾不暴寡，在民則父父子子夫夫婦婦，各安其生，惠莫大焉！
元雖夷狄入主中國，百年之內，生齒浩繁，家給人足。朕之祖、父，亦預享其太平！
朕本農家，樂生於有元之世！
在內心深處，朱元璋對元朝當然是充滿憤怒的，畢竟他一家人差點因為元朝的野蠻統治死絕。但對於他這樣級別的政治家來說，考慮問題，不能從個人恩怨，而是要從天下大局出發。進一步說，不能從正義與否角度，而是要從“實用”與否角度。
所以洪武四年，朱元璋命人在北平給元世祖蓋了廟。洪武六年，他又在南京建了曆代帝王廟，把元世祖忽必烈和漢高祖劉邦、唐高祖李淵、宋太祖趙匡胤都供在一起，還把元朝開國功臣木華黎等四人牌位也供在邊上，他自己恭恭敬敬前去行跪拜大禮。他如此敬禮元朝，目的隻有一個，那就是給天下百姓作個示範，讓他們也敬禮新朝，告訴他們吃人家的嘴軟，拿人家的手短。
既然承認皇帝是天下所有人的大恩人，那麼即使一時統治得不好，偶有雷霆雨露，那也都是天恩，大家永遠不能起叛逆之心。這就是朱元璋建立天命恩德論的最終落腳點。在他朱家政權的治下，天下再無道，人們都要老老實實當順民而不是逆民。任何情況下，起義都有罪，造反都無理。
我造反有理，你造反有罪
理論構建到這兒，朱元璋發現他遇到了一點難題：
他本人就是大元王朝的推翻者。他食元朝之毛，踐元朝之土，世受元朝雨露之恩，卻起兵打倒了大元王朝，這怎麼解釋？
雖然誰握住了刀把子誰就有了話語權，要把這個道理講圓滿，也實在太考驗人的智商了。
朱元璋開始是這樣解釋的：他當初參加起義，隻是為了吃飯活命，並不是為了推翻元朝。他不斷強調自己加入起義軍實在是迫不得已，是人生的一大汙點。他說自己加入起義軍是“昔者朕被妖人（紅巾軍）逼起山野”
（《與元臣禿魯書》）。他又說：“朕本淮右布衣，暴兵（紅巾）忽至，誤入其中。”（《明太祖實錄》卷三七）在《皇陵碑》中又說：“元綱不振乎彼世祖之法，豪傑（那些起義領袖）何有乎仁良（也沒什麼好東西）。”他寧肯降低自己參與造反活動的意義，也不能給臣民作壞的榜樣。
後來他又進一步解釋，說他起兵之時，元朝已經失去天命，土崩瓦解了。他動不動手，元朝都注定要滅亡了。他的原話是：“盜賊奸起，群雄角逐，竊據州郡。朕不得已起兵……當是時，天下已非元氏有矣……朕取天下於群雄之手，不在元氏之手。”
也就是說，元朝的滅亡跟他沒什麼關係。他參加起義，不是為了推翻舊王朝，也不是為了當皇帝，而是因為實在不忍心看人民遭受痛苦，要拯萬民於水火。他取天下，是從群雄之手，而不是元朝之手。
這兩種解釋似乎還不圓滿，到了編寫《大誥》時，朱元璋又發明了“殿興有福”理論。他天才地將起義者分為“首亂”者和“殿興”者兩部分。首亂者，就是帶著造反的那一批人。而殿興者，就是他這樣半路參加起義的人。
《禦製大誥三編·造言好亂第十三》中，朱元璋說：“元政不綱，天將更其運祚，而愚民好作亂者興焉”——因為天下無道，所以愚民作亂。
朱元璋認為，帶頭作亂者都是忘恩負義、膽大妄為之徒，注定沒有好下場，這就是所謂“殃歸首亂”。
朱元璋還舉大量的例子來論證他的觀點：曆代大型農民起義中，最早揭竿而起的那批人，確實多數都做了後人的鋪路石，“秦之陳勝、吳廣，漢之黃巾，隋之楊玄感，僧向海明，唐之王仙芝，宋之王則等輩，皆係造言倡亂首者，比天福民，斯等之輩，若煙消火滅矣。何故？蓋天之道好還，凡為首倡亂者，致幹戈橫作，物命損傷者既多，比其成事也，天不與首亂者，殃歸首亂，福在殿興”。