洪武七年，朱元璋的一位貴妃去世。貴妃相對皇後，是小老婆。按古禮，庶母死，子孫不需服喪。朱元璋十分喜歡這位妃子，要求孩子給她服喪。文臣們紛紛上書，反對他更改古禮，朱元璋因此寫了篇《孝慈錄·序》，大罵這些知識分子“迂儒”。說他們隻知道死讀書，讀死書，以古非今，而不知道審時度勢，現實靈活地處理問題：
今之迂儒，止知其一，不知其二，是古非今，昭然矣。
又說，這些人其實不過是一群廢物，做不出什麼好事來，警告後世君主不要過於聽信他們：
朕觀宮生之君，好內山林之士，任為股肱爪牙，暴貴其身，致君牽製文義，優遊不斷，國之危亡，非迂儒者誰？其喪禮之論，時文之變態，儒乃不能審勢而製宜，是古非今，灼見其情，甚不難矣。
通過這些痛快淋漓的斥罵，朱元璋將那些“山林之士”貶低成一群廢物，警告後世君主不要過於聽信他們，以防“牽製文義，優遊不斷”。這裏麵，有對知識分子弱點的灼見，更多的是一竿子打死的偏見。
不但對知識分子的政治能力不屑一顧，對於文人學士們的文字本行，朱元璋也越來越敢於評頭品足，揮斥方遒。朱元璋雖然中年之後才開始學習寫文章，但因天分不錯，常有出色之作。他的一些文字雖粗頭亂服，卻風格獨特豪邁，氣勢吞吐千古，在古今帝王中獨樹一幟，他也頗以此自矜。洪武七年，朱元璋舉行詩文大會，命文臣們作《閱江樓記》。讀完之後無一當意者，於是親自動手，寫了兩篇，給文臣們做示範。
大臣們當然讚頌佩服不已，朱元璋照單全收，洋洋自得地登上了大明第一文學家的寶座。不久之後，對當代文壇第一人的地位也不滿意了，寫了《駁韓愈頌伯夷文》、《辨韓愈訟風伯文》等文章，開始對中國文學史的顯赫人物韓愈、柳宗元大加批駁，說韓愈對於“格物致知，尚未審其情”，說這些文人隻會講究詞藻，不通人情物理。儼然以帝王之尊，指導天下文人如何寫作，文章強詞奪理，滿紙咄咄逼人的霸氣，高己卑人、予智予雄於此達到了極點。
洪武朝的敏感詞
第三個階段，則是一邊任用，一邊殘殺。
在統治前期，朱元璋極少殺文臣。到了洪武中期，天下已如磐石之安，朱元璋對自己的流氓本性不再刻意壓製。他對文臣，一方麵要任用他們安邦治國；另一方麵，因為知識分子到處都是，用不過來，稍不高興，就隨手殺掉，毫不可惜。
洪武九年十二月，刑部主事茹太素上萬言書直陳時務，朱元璋叫中書郎王敏將萬言書讀給他聽，一開頭茹太素說了一大堆套話，讓朱元璋十分討厭，把茹太素叫進宮，按在地上痛打了一頓。第二天晚上，又叫人接著念茹太素的萬言書，聽到後麵有四件事可行，這才把茹太素放了，說你的錯誤在於文章寫得太長，其實五百個字就足夠了。
過了幾年，茹太素當到戶部尚書，仍然愛提意見，因而“屢瀕於罪”。
一天，朱元璋在便殿宴請茹太素，給茹太素倒了一杯酒，吟詩說：“金杯同汝飲，白刃不相饒。”茹太素磕頭致謝，續韻吟道：“丹誠圖報國，不避聖心焦。”朱元璋聽了，不禁為之惻然。但不久，還是找借口把茹太素處死了。
洪武十五年（公元1382年）四月，朱元璋設置僧司機構，大力崇佛。大理寺卿李仕魯是頗著聲名的程朱理學家，對皇上崇佛的舉措頗不以為然，勸朱元璋崇儒辟佛，朱元璋不從，他一氣之下，把手中的朝笏扔到地上。朱元璋大怒，叫武士當場把他摔死在台階下麵。
同州進士王樸性格耿直，最愛直言極諫，有時見自己的諫言未被接受，還當麵和朱元璋展開辯論。朱元璋開始幾次對他的敢言勁頭表示欣賞，後來次數多了不勝其煩，把他殺頭了事。王樸根本不了解自己這類知識分子在皇帝心中無足輕重的地位，路過史館，還高聲呼喊：“學士劉三吾誌之：某年月日，皇帝殺無罪禦史樸也！”
除了這類因為頂撞進諫而死者外，更多的知識分子死於朱元璋的文字獄。雖然朱元璋越來越看不起知識分子，但他對知識分子的防範戒備心理卻絲毫沒有放鬆，起因是“士誠小人”這個典故。
洪武初年，因為不滿朱元璋重文輕武，有一位武臣對朱元璋大講知識分子的壞處。他說這些人心胸狹窄，嘴巴刻薄，經常變著法地罵人：“讀書人用心歹毒，特擅譏訕，如不警覺，即受其愚弄。如張九四（張士誠原名）優禮文人，請他們給自己改名，哪成想他們竟給他取名為‘士誠’。”
朱元璋說，這名字很好啊？有什麼毛病？
武臣說：毛病大了去了。我的幕僚跟我講，《孟子》上說了，士，誠小人也。這是罵張士誠小人啊！