官員們有沒有私下裏交通？是不是有人正在燈下密謀造反？鄉裏有沒有人聚眾拜佛燒香？
顯然，在曆經磨難之後，他的心理狀態已經不正常了。他自述道，自己經常“夜臥不能安席，常常因為想起一件什麼可能危及帝國安全的事，便一夜失眠”。成天到晚，他的心總是懸著，成天把定下的法度一遍遍從頭細擼，看看有什麼不安穩的。
所以在因胡惟庸案取消了丞相製之後，朱元璋又進行了一項重大軍事體製改革。他於洪武十三年撤銷了大都督府，改設左、右、中、前、後五軍都督府，以分散中央軍事機構的權力。他規定五軍都督府管兵籍，但無調動軍隊之權，兵部掌軍官升遷，但無直接指揮軍隊之權。
所謂“征伐則（皇帝）命將充總兵官，調衛所軍領之；既旋則上所佩印，官軍各回衛所”（《明史》卷八九，《兵誌》），“兵部有出兵之令，而無統兵之權，五軍有統軍之權，而無出兵之令，合之則呼吸相通，分之則犬牙相製”（《春明夢餘錄》）。
這樣，既可防備將領擅調兵力發動叛亂，又使軍權集中到皇帝手中。
誅殺胡惟庸，廢除丞相，又改大都督府為五軍都督府，這些都是震動全國的重大舉措，在執行過程中很容易出亂子。為了防止意外事變的發生，朱元璋不得不采取了上述對功臣的一係列安撫措施。
隻有親生兒子信得過
朱元璋做事，總是考慮得極為長遠。事實上，早在開國之初，他就盤算過製衡武將的問題，並未雨綢繆，采取了一項重要措施。
雖然朱元璋十分重視地緣，但是和血緣比起來，這種重視就不值一提了。說實在的，天下諸人，他隻信得過自己的親生兒子們。
洪武三年，雖然二子不過十六歲，三子不過十五歲，四子不過十一歲，而最小的兒子剛剛一歲，他就先於大封功臣之前封諸子為王。他在詔書中說：
考諸古昔帝王，既有天下，子居嫡長者必正位儲貳。若其眾子，則皆分茅胙土，封以王爵，蓋明長幼之分，固內外之勢者。朕今有子十人。
前歲已立長子為皇太子。爰以今歲四月初七日，封第二子為秦王、第三子為晉王、第四子為燕王、第五子為吳王、第六子為楚王、第七子為齊王、第八子為潭王、第九子為趙王、第十子為魯王、侄孫為靖江王，皆授以冊寶，設置相傅官屬。凡諸禮典，已有定製。於戲！眾建藩輔，所以廣盤石之安；大封土疆，所以眷親支之厚。古今通誼，朕何敢私！
以諸子分駐天下要地，以“固內外之勢”，“廣盤石之安”，確保江山永在朱姓之手，是他在開國之前就畫好的藍圖。他規定諸王的府第、服飾和軍騎，下天子一等，公侯大臣見了他們都要“伏而拜謁”。法定其親兵護衛，“少者三千人，多者至萬九千人”（《明史》卷一百一十六，《諸王列傳序》）。
特別是北方塞王，掌握的兵力更為雄厚。比如寧王所部“帶甲八萬，革車六千”，他們因此一個個實力雄厚，“連邑數十，城廓宮室亞於天子之都，優之以甲兵衛士之盛”。朱元璋對自己的孩子們無限信任，他規定，遇有戰事，即使元勳宿將也要聽藩王節製。
對於這種安排，稍有中國政治常識的人都會看出其不妥。因為強藩必然挑戰中央集權，成為帝國長治久安之隱患，外藩之亂在中國曆史上出現得實在太多了。平遙縣訓導葉伯巨的看法十分典型，洪武九年，他上書言事，指出朱元璋“分封太侈”：
臣恐數世之後，尾大不掉，然則削其地而奪之權，則必生觖望，甚者緣間而起，防之無及矣。議者曰，諸王皆天子骨肉，分地雖廣，立法雖侈，豈有抗衡之理？臣竊以為不然。何不現於漢、晉之事乎？孝景，高帝之孫也，七國諸王，認為帝之同祖父兄弟子孫也，一削其地，則遽構兵西向。晉之諸王，皆武帝親子孫也，易世之後，迭相攻伐，遂成劉、石之患。由此言之，分封逾製，禍患立生，援古證今，昭昭然矣。
這番話入情入理，不料朱元璋見疏卻勃然大怒，認為這是離間他們一家骨肉，要親手射殺葉伯巨。經過群臣力勸，才沒有親自動手，不過葉伯巨終於為此事死在獄中。
以自己的子孫製衡天下武臣的構想雖然美好，無奈朱元璋的孩子們在開國之初都年齡太小。雖然朱元璋日夜盼望他的孩子們盡快成長起來，然而人的成長不像莊稼，不是多施幾次肥就能催起來，所以這一構想真正發揮作用，還需待以時日。在此之前，朱元璋隻能耐下心來，對功臣們極盡敷衍之能事。
大屠殺計劃：為太子保駕護航
專製製度的自私性使君權表現出強烈的排他性，這就決定了君臣關係、尤其是開國君臣關係的脆弱性。皇帝與功臣的關係，經常在昨與今、情與理、勢與義中糾結衝突，醞釀出一個又一個危機。