一個大屠殺計劃，在朱元璋心中慢慢形成。他決定在自己生前，親手將他稍有不放心的將軍全部除掉，以便留給朱標一個萬世無虞的鐵打江山。
不過，雖然殺心已起，朱元璋還是盡力隱忍。他是一個極為耐心的獵手，不到時機完全成熟，他不會動手。
兒子長大，時機成熟洪武二十三年（公元1390年）初，大明帝國內發生了一件極為重要的事，不過當時注意到這一點的人很少。
這一年元旦剛過不久，分別駐守北平和太原的燕王朱棣和晉王朱棡（gāng）受朱元璋之命，分頭出兵，合擊蒙古草原上的蒙元丞相咬住（咬住是人名）和平章乃兒不花大軍。
蒙古軍隊一直是大明帝國的心腹大患，他們不甘倉皇北逃之命運，時時窺伺中原情形，經常南下騷擾。這一次，朱元璋命自己的孩子們先發製人。
這一年朱棣正好三十歲，所謂而立之年，而朱棡則三十二歲。兩位王子封藩多年，擁兵甚眾，此次都是初試啼聲。
為了讓自己手中有足夠的好牌來取代對功臣們的過度依賴，朱元璋對孩子的教育費盡了苦心。史書記載，諸子小時，朱元璋認為他們“宜習勞，令內侍製麻履行滕。凡諸子出城稍遠，馬行十七，步行十三”（《明朝小史》
卷一）。為他們選擇師傅極盡天下英傑之選，希望他們能文武雙全，成為自己真正的左膀右臂。
在他的嚴格要求下，朱元璋諸子中頗有幾個才能突出者。比如二子秦王、三子晉王、四子燕王、六子楚王、十二子湘王皆武藝高強，熟讀兵書戰策。雖然教育良好，不過他們到底能不能承擔維護帝國藩屏的重任，不經試驗，誰也無法判定。所以出兵之前，整個大明帝國都和朱元璋一樣，心存疑慮。
洪武二十三年三月初二日，燕王率諸將出古北口。先遣的哨兵打探到，乃兒不花正駐軍於迤都（今內蒙古蘇尼特左旗北）。盡管突然大雪，氣溫驟然下降，燕王仍決定冒雪急進，給蒙軍一個突降襲擊。經過數日冒雪急行軍，明軍悄悄對乃兒不花完成了包圍。等到乃兒不花察覺，為時已晚，最後隻好率眾投降。於是首次出征就擒獲“乃兒不花及其名王酋長男女數萬口，羊馬無算，駱駝數千”（《太宗實錄》卷一）。
晉王出兵，北上甚遠，卻沒有遇到敵人，隻好空手而歸。不過據報，晉王帶兵，行軍布陣也十分有章法。
對於這一結果，朱元璋十分滿意。他說：“清沙漠者，燕王也。朕無北顧之憂矣！”（《明太祖實錄》卷二0一）這一天，朱元璋盼得太久了。以前諸子參加的軍事活動，都是勳臣元帥們為主，皇子處於學習或者說實習地位。直到洪武二十三年這次北征，皇子們首次親任大型軍事活動主帥，且戰果如此輝煌，朱元璋才徹底放了心。
有了這樣如狼似虎的兒子，他朱元璋還怕什麼呢？
燕王凱旋，朝廷上下都喜氣洋洋，但所有人都沒有想到，大屠殺計劃在朱元璋的頭腦中已經成熟。
第一功臣李善長之死
洪武二十三年（公元1390年）五月，也就是在燕王取勝一個月後，發生了封績事件。
封績本是元朝的舊臣，歸降於明。據後來朱元璋公布的審問結果，說是洪武十二年，胡惟庸準備謀反，偷偷派封績前往蒙古草原，帶信給蒙古人，“著發兵擾邊”，要他們裏應外合，合力推翻朱元璋的統治。據說是因為胡惟庸案發，封績聽到消息留在了蒙古，不敢回來。
洪武二十一年（公元1388年），藍玉北征，在捕魚兒海蒙古軍隊中俘獲了封績，將其押解回國。但據說李善長又對此人加以包庇，“匿不以聞”，沒告訴朱元璋。
而在洪武二十三年這一微妙的年頭，這一事件被恰當其時地揭露出來。
朱元璋派人審問封績，審問的結果是把十年前的胡惟庸案，由普通“心懷不軌”升級為勾結蒙古、串通李善長等功臣共同謀反，朱元璋的屠刀終於在功臣們毫無心理準備之時突然落下。
凡是朱元璋不放心的功臣，都被羅織進此案，以曾與胡惟庸相勾結的罪名被處死。在這一年之前，病故和得罪而死的公侯已達二十四人，而這一案，殺戮和死後追究的公侯一共有二十二個。
資格最老的是韓國公李善長，其次是吉安侯陸仲亨、平涼侯費聚、延安侯唐勝宗、南雄侯趙庸、滎陽侯鄭遇春、宜春侯黃彬、河南侯陸聚、申國公鄧鎮（開國名將鄧愈之子）、臨江侯陳鏞（杞國公陳德之子）。另有宣德侯金朝興、寧濟侯顧時、營陽侯楊璟、靖海侯吳楨、永城侯薛顯、鞏昌侯郭興、六安侯王誌、南安侯俞通源、汝南侯梅思祖、永嘉侯朱亮祖、淮安侯華雲龍，在案發之前已死，也追坐胡黨，革除爵位。毛驤（參議官毛騏之子）、李伯異、丁玉、胡美、於顯、陳方亮、耿忠、於虎也死於是案。