此案之後，朱元璋公布的罪狀，卻彼此抵牾，漏洞百出。後世王世貞、錢謙益、潘檉章以及吳晗等多名學者，經過仔細考訂，證明它們都屬於向壁虛構，並不足信。李善長之死就十分典型。
李善長是朱元璋駕下數一數二的得力功臣，洪武三年（公元1370年）獲封為韓國公，到洪武二十三年，他已經七十七歲，替朱元璋賣了三十九年命，位極人臣，為人老實本分，又和朱元璋成了兒女親家，本以為能尊榮富貴到頭，不料卻突然遭遇滅門之禍。
根據朱元璋公布的罪狀，李善長被捕，是由於有人告發他包庇封績之事。在接下來的審訊中，又審出一條“私借兵卒罪”。說是洪武二十三年（公元1390年），李善長年已七十有七，“耆不能檢飭其下”，為營建私宅，向信國公湯和借用衛卒三百人，湯和“攘臂大怒，曰，非奉命，太師敢擅發兵耶？善長慚謝，至是事敗”。
然而，錢謙益在《太祖實錄辨正》中輯得了一份原始供詞。在這份供詞中，李善長的妻子朱氏交代此事發生在洪武十二年。朱氏說，洪武十二年十月，李善長為私事向湯和借軍卒三百名幫自己家蓋房子，“湯大夫說：‘上位的軍，不是我的軍，如何敢借？與你酒。’散。”
且不說朱元璋將發生在洪武十二年的事後推十一年作為證據，本來就已經使這條證據失效；就說確實是發生於洪武二十三年的話，想憑借三百名借來的士兵造大明帝國的反，素以謹慎敬畏著稱的李善長怎麼能如此愚蠢呢？
這明顯是欲加之罪何患無辭。
朱元璋不管罪證充不充分，借口“會有言星變”，需殺大臣應災，下令將李善長及其妻女弟侄家七十餘人悉皆斬殺，家產全部抄沒，“籍入六萬金”。
這一案一共誅殺了三萬多人。凡是與這些公侯沾點邊的，一律大禍臨頭。連在洪武十年已經退休的老臣宋濂也受到牽連，被貶至茂州。七十二歲高齡的宋濂拖著老邁之身走到夔州，憂憤成疾，自縊而死。
白發人送黑發人
洪武二十三年這次大殺戮，搞得非常突然，讓所有人都完全沒有防備。
其實如果冷靜權衡一下，我們就會發現，洪武年間那些令朱元璋不放心的武臣，對大明江山並不構成根本性的威脅。雖然他們中的許多人飛揚跋扈、貪財好貨、經常破壞帝國紀律，但是這些畢竟都是小節。“自明興以來，勳臣不與政事。”
中國古代史研究者林正根在《論明太祖的心態與功臣群體的覆滅》中指出，除李善長等個別文人出身的功臣外，朱元璋的武將們基本都不在政府中供職。和劉邦時不同，洪武年間的功臣們雖然有封號，但沒有封地，“未嚐裂土自王也。”因此他們除了戰時帶兵之外，別無他事，並無領兵造反的地方經濟資源。即使有人不自量力，起了反心，也很難興起大浪。
然而朱元璋的政治信條是追求“萬全”。凡是他不放心、不喜歡的開國功臣，基本都被他一網打盡。剩下的，都是他認為經過多年考驗，並無二心，可以為太子朱標所用的忠貞之臣。朱元璋懸了十多年的心，這才放了下來。
洪武二十三年（公元1390年）五月初二日，大屠殺之後不久，朱元璋對幸存的功臣采取了一項撫慰措施。為了讓功臣們徹底放心，他以“列侯年老，悉遣還鄉”。效仿宋太祖杯酒釋兵權之舉，給功臣們每個人一筆厚厚的遣散費，讓他們回老家享受生活。
魏國公徐輝祖、開國公常升、曹國公李景隆、宋國公馮勝、潁國公傅友德六公，各賜黃金三百兩，白金二千兩、鈔三千錠，文綺三十匹，水平侯謝成、甫雄侯趙庸、崇山侯李新、懷遠侯曹興、鳳翔侯張龍、定遠侯王弼、安慶侯仇正、武家侯郭英（鞏昌侯郭子興）、鶴慶侯張翼十侯，各賜黃金二百兩、白金二千兩、鈔千錠、綺三十匹。並且每人賜給兵卒一百一十二人為從者，永遠使用，稱“鐵冊軍”。
直到此時，這些身經百戰的老將們對帝國的安全還有很大殘餘價值。為了發揮他們的價值，也為了表明自己對他們仍然信任有加，朱元璋對他們仍然經常施以重任。