在朱元璋之後，曆代帝王也以鳳陽“皇業所基，祖陵所在，視他地方不同”（《明憲宗實錄》卷二七五），在興修水利上特別重視。
第四是發展交通。朱元璋開辟了從鳳陽到南京的驛道，設二十站。整治了“道狹而竣”的清流關，使鳳陽的交通條件大大改善。
除了各項特殊政策外，朱元璋在此興修大量工程，對帶動當地經濟發展，也起了重要作用。
中都罷建之後，朱元璋還在鳳陽繼續修建皇陵、十王四妃墳和龍興寺等，工程浩大，動用人數眾多。在中都營建期間，朱元璋曾於洪武五年（公元1372年）十一月“詔建公侯第宅於中都”。中都罷建之後，因為朱元璋鼓勵開國元勳們退休回鄉，所以公侯府第建設並沒有停止。
洪武十八年（公元1385年）八月，朱元璋特賜給公侯每人鈔一萬錠、銀五百兩為買木雇工之用，“俾還鄉建第宅”。一時鳳陽數百裏之間，“風雲之彥，星羅棋布，於數百裏間，王侯之家，甲第相望，冠蓋如雲……可謂盛矣”（光緒《鳳陽縣誌》卷十）。大批淮西功臣來到鳳陽居住，日常消費巨大，不可避免地帶動了鳳陽當地商業、建築業、服務業的發展。
朱元璋的特殊政策，確實收到了明顯效果。鳳陽人口大幅度增加，已經荒蕪許久的鳳陽土地又出現了“一郡桑麻翠如洗”的興旺景象。很多荒田被開墾出來，土地數量達到了四十萬頃。明代以稅糧多少來劃分府縣等級，二十萬石以上為上府，十萬石以上為中府，十萬石以下為下府。洪武八年，鳳陽府在減免了很多稅糧的基礎上，歲收仍超過二十萬石，又成為富庶繁華的上府。鳳陽的臨淮關“居民稠密，商賈輳集”，成為一個重要的商業城鎮。
十年倒有九年荒
然而，誰也沒能料到，朱元璋對家鄉的特殊關愛，最終卻給家鄉造成了難以承受的惡果。
鳳陽的環境，在曆代人口壓力之下，早已長期惡化。朱元璋的大移民，一時雖給農業提供了充足的勞動力，但如此巨量的移民一下子湧入，卻給環境造成了極大的破壞。
當時鳳陽的土地，最好的部分已經被勳貴圈占，鳳陽本地人又占據了中等土地，移民們所獲，多是人們挑剩的低產土地。《鳳陽新書》卷七說：
“田上則者，歸之軍，歸之功勳矣。中則者，土民括其一，佃戶括其一，惟留下則處瘠，乃得以實編民之耕。”卷五又載，移民所獲“皆山崗磽確，土石伴錯，溪穀流水無有，山林藪澤無存”之地。
沒有好地，山地附近的新來移民就上山毀林開荒，對山地的肆意開墾，很快造成了明顯的水土流失，挾沙而下的水流，加劇了淮河流域水係生態環境的惡化。
湖邊的移民開始圍湖墾田。涸湖為田表麵上看增加了耕地，在短期內緩解了人地壓力，實則使水利蓄泄失宜，破壞了當地生態的自我循環。
除此之外，鳳陽一係列重大工程，又開采了附近山區的大量山林，使許多山變成了童山禿嶺。
最要命的是，為了保護祖陵風水，人們進一步破壞了當地生態循環。
位於洪澤湖畔的泗州是明祖陵所在地。朱元璋的祖父朱初一埋在這裏。
由於害怕洪水淹沒祖陵，導致“王氣中泄”，所以自明中期淮患日益嚴重之後，明政府定下了這樣的治水策略：“首慮祖陵，次慮運道，再慮民生。”
也就是第一是祖陵，第二要保證向北京運送糧食的航道，最後才是老百姓：
“淮域較運道，則運道重。以運道較祖陵，則祖陵尤重。”（《朱元璋與鳳陽》）於是明政府經常不顧民生而決高家堰放水，人為降低洪澤湖水位以護陵。這一措施雖然暫時減輕淮河對祖陵的威脅，但使得河道極為混亂，給周邊生態環境造成了極其深遠的影響。