嘉靖時期，江南某些地區，“有一裏僅存四五甲者，有一甲止存一二口者”（《天下郡國利病書》卷三十三）。
明末陝西的情況，“有一裏一百一十戶內，止存十餘戶者，有一甲十一戶內，止存十餘丁者，有數甲全逃者”（《皇明經世文編》卷一○五，議複陝西事宜疏）。
由於這種情況，人們開始稱黃冊為“偽冊”：
國初田糧皆有定數；自洪武以來，凡幾造黃冊矣，然今之糧皆洪武初年之糧，而今之田則十二三耗，非拱武矣……又況猾民作奸，乃有飛灑、詭寄、虛懸諸弊，故無田之家而冊乃有田，有田之家冊乃無田，其輕重多寡，皆非的數；名為黃冊，實為偽冊也。（《天下郡國利病書》
卷八十六）這個時期的黃冊，早已完全喪失了管理戶口和合理征收賦役的作用。
每見十年大造，費民間無限金錢，不過置之高閣。（《皇朝經世文編》卷二十九）官府每當奉命造冊的時候，照例是一再拖延，直到拖無可拖時便敷衍塞責，照抄舊冊，一字不改，“天下大造黃冊，率皆謄寫舊本，無一實數”
（《後湖誌》卷十）。後湖黃冊庫人員把有些地區送解來的新冊與上次舊冊查對，竟發現在丁口、事產、開除、實在各個方麵，新舊兩冊完全相同，也有一些在新黃冊中仍然登記的人戶，其實早在一百數十年前便已全戶死絕，在曆屆黃冊內也注明是絕戶，但每年還是要照抄一遍，下注“絕戶，事產俱無”。不敢把這些戶從冊籍上勾除掉，為的是怕被後湖黃冊庫查駁。
更滑稽的是，有些地區的黃冊上所記的人丁不少是年達百歲以上的。
據計算，萬曆十一年（公元1582年），僅揚州府興化縣一縣之內，即有百歲以上人口的戶達三千七百餘戶之多，每戶往往又有這樣的老人一二人甚至多人，其中有人無產的又有二千九百餘戶（《後湖誌》卷十）。這種怪事，顯然是由於造冊人員一味抄謄舊冊，每次普遍遞加十歲而造成的。清初順治十三年（公元1656年），戶部尚書孫廷經還向順治帝報告過，明末有些黃冊所開人戶姓名及其事產，仍然是明初洪武年間的姓名和數目。
既然黃冊已逐漸喪失價值，於是就出現了一套專供州縣衙門實際應用，而又不往上報的冊籍，當時叫實征文冊，或叫實征黃冊，也有叫做白冊的。
《古今圖書集成》就當時的情況說：
所謂黃冊，隻取應虛文，非其實矣。有司征稅編搖，自為一冊，曰白冊。（《戶口總編》卷十八）最後，明王朝不得不以一條鞭法①在全國範圍內取代了黃冊製度。隨著一條鞭法的實行，黃冊製度本可以壽終正寢，但在“祖宗舊製”的威力之下，黃冊每年依然按照舊例層層編造上送。黃冊製度不再有任何積極意義，剩下的完全是弊端和禍害。它從編造、申解、保管、查駁到補造這一係列過程，也就退化成一個徹底的反複科斂舞弊的過程。
①一條鞭法：將原來的田賦、徭役和雜稅合並起來，折成銀兩，分攤到田畝上。
黃冊的最終命運
明朝滅亡之後，弘光小朝廷終於發現了黃冊的用處：他們把這些檔案用做了造甲和火藥的原料。
這一發現並沒有挽救南明政權。清軍大舉南下，輕而易舉地攻占了南京。他們帶著濃厚的好奇心，參觀了這個充滿傳說的黃冊庫。他們驚訝地發現，盡管明朝在崇禎十七年就滅亡了，但黃冊庫中最後記載的，居然是崇禎二十四年的戶口人丁數字。原來這是崇禎十五年最後一次編造的黃冊中，各地官員為了省事預造出來的。這成了人們歎息明朝的一個最好例證。
曾經是人類曆史上最大檔案館的黃冊庫至此灰飛煙滅，以致後世學者要研究這一著名製度時，幾乎找不到一本存世的黃冊。而2010年初我慕名去玄武湖參觀“黃冊庫舊址”時，發現那裏隻有一棟現代的粗糙的鋼筋混凝土仿古小樓，裏麵陳列了幾張質量很差的史料圖片而已。