鄭成功欣然接受了這個建議，在南明永曆十六年（公元1662年）一月，再次調集二十八門巨炮、無數的彈藥和數千名士兵，利用挖壕戰術，不顧荷蘭人頑強的火力抵抗，在經曆了重大犧牲後，終於在二十五的晚上占領了這個有利的製高點。
荷蘭人經此一役，已經走投無路。烏特勒支堡失陷當晚，“熱蘭遮城裏麵的守軍徹夜發射大炮、迫擊炮、步槍和投射手榴彈，城堡裏麵就像著火一樣”。東印度公司戰事評議會也徹夜開會，商討是拚死出擊還是繼續抵抗。
經過理智的權衡，荷蘭人最終決定向鄭成功投降。
二月初一，雙方開始談判，在二月十日達成了一共十八條條款的協議，荷方同意將熱蘭遮城城堡交給國姓爺。二月十二，荷蘭人撤出了熱蘭遮城。
幸運地在戰爭中活下來的梅和其他荷蘭人，一起乘船離開了台灣島。在船上，他看到“國姓爺親率幾個武裝士兵，從已經毀壞的烏特勒支碉堡，向角城的後方騎馬下來，進入熱蘭遮城堡裏麵”。
梅傷心地說：“就這樣，熱蘭遮城堡和整個福摩薩島喪失了，使我們的國民在這東印度地區蒙受不小的羞辱，也使我們的老板主人蒙受了很大的損失。我也完全破產，我的東西全部喪失了。”
在騎馬走進熱蘭遮城堡的那一刻，鄭成功心中充滿喜悅，然而他卻無法意識到這一時刻的曆史意義。他所知道的是他趕跑了一千多個紅毛夷人，獲得了反清複明的基地，他所不知道的是，這次戰役標誌著在東西半球的第一次正式海上對決中，東方取得的第一次勝利，也是唯一一次勝利。
他不知道這標誌著中國民間的海上武裝力量，擊敗了當時從非洲到南洋所向披靡的歐洲人先進勢力，扭轉了東亞海洋勢力發展的軌道。他不知道這次勝利，使得中國台灣擺脫了像印尼、菲律賓那樣被西方殘暴殖民三四百年的命運，開啟了中國台灣成為漢人主體社會的曆史。
在風雨如晦的大明末世，鄭成功的勝利是整個南明史上為數不多的亮點之一。這是一個海盜之子為中國掙回了一點麵子，代表了整個帝國僅存的一點陽剛。
血液中的“海盜基因”
崇禎十七年（公元1644年）巨變前後的明帝國，幾乎各個方麵的表現都讓人失望甚至絕望。
毫無監督的專製製度是一副腐蝕性極強的毒藥。可以說，在大明天下，凡是和專製權力沾邊的事物，無不立刻變得醜陋怪誕起來。它腐蝕著中國人的民族性，腐蝕著文官的效率，腐蝕著軍隊的戰鬥力。
經過二百多年以消滅人民的自主性為目標的專製統治，大明王朝子民們的氣質變得孱弱、圓滑而又冷漠。他們把注意力全部集中在“口腹之欲”，習慣於向暴力、不義和權威屈服，因為他們的信條有二，一是“好死不如賴活著”，二是“誰當皇帝都一樣”。因此，當滿洲人突然闖到他們的城區時，沒有多少人感覺驚訝，他們習慣性地口稱“順民”，跪在道路兩旁歡迎。
我們不應該責備民眾。明朝帝王不遺餘力地取消民眾任何自我組織的可能，民眾在有組織的暴力麵前沒有起碼的抵抗力。而那些負責組織百姓的官員，在滿洲人到來時，他們的表現遠遠比民眾更讓人失望。
明朝官僚在辦理政務、服務民生方麵，能力不強，效率低下。在貪汙腐敗方麵，卻花樣百出，機關算盡。明末的腐敗創了中國曆史之最，幾乎所有官員都被廉恥喪盡、不擇手段的貪腐之風所淹沒，當滿洲人模樣怪異的騎兵出現在北京城外時，絕大部分文官都選擇了望風而降。
軍隊的狀況甚至更讓人吃驚。明末陸軍總數達三百萬，是世界上最大的常備軍，然而戰鬥力卻十分低下。在明末朝廷上，流傳著“餉不出京”的俗語。各地軍隊到京領取軍費，照例要交納20%～30%的回扣。僅此一端，明軍的腐敗可想而知。在清軍的南下過程中，南明的軍隊基本上沒有給他們構成有效的障礙。
在專製製度的籠罩下，大明王朝看來已經喪失了最後一點希望。這個帝國幅員廣大，人口眾多，且民眾的智力和能力相當出色。然而，所有的資源，從物力到人力，隻要一被政府權力控製，立刻就喪失了價值，發揮不出應有的作用。喪失了自製力的專製製度，就是有這樣點金成石的神奇能力。
所以，我們就可以理解，為什麼人數不到百萬的滿洲人，可以如此順利地征服近億人口的帝國，為什麼精神萎靡的漢人軍隊，一旦投降了滿洲人，成了他們的鷹犬，就立刻精神百倍，戰無不勝。我們也就可以理解，為什麼荷蘭人認為中國人是“個性綿軟，不堪一擊”的物種。
幸運的是，朱明王朝的專製權力沒有擴展到海上。在這個帝國內，離開了海岸線就等於逃離了那個腐蝕性的體製。鄭成功的陽剛、忠義、武勇，主要是基於他血液中的“海盜基因”。
換句話說，鄭成功代表的是民間的、與政府對立的力量。正是因為逃脫了政府的控製，他和他的武裝才避免了被專製政權閹割，僥幸保留了男人的質樸、健康和活力。