如此驍勇的尚武之人，卻令人意想不到地善良溫和。史稱他有本乎天性的“純厚仁慈”。他在部將石敬瑭的擁戴中稱帝後，認為自己沒有能力演繹天下太平，但又不忍心看到中原連綿不已的戰亂苦難。他解決內心糾結的辦法是：在宮中每晚虔誠地燒香，仰天禱祝，盼上天早出聖人，救天下黎民。
《舊五代史》引《五代史闕文》留下了他的禱告詞：
某，蕃人也，遇世亂為眾推戴，事不獲已，願上天早生聖人，與百姓為主！
我，不過是個異族人（蕃人），遇到亂世，被眾人擁戴為中原之主，這實在是不得已的事啊！願上天早日降下大聖人，替我來做百姓之主。
神秘家有一說法，認為正是李嗣源的這一番真誠禱告，感動了上蒼，於是就在李嗣源禱告的那一年，洛陽夾馬營的杜夫人有孕；第二年降下未來的宋太祖趙匡胤。