秦始皇令眾大臣對他的看法進行公議，廷尉李斯首先反對:“周文王與武王封了許多兄弟子侄為王，但是幾代過後，親情逐漸淡漠，為了利益相互戰爭，異姓的諸侯更是互相爭伐，周天子也不能禁止。今天全國因為陛下的英明終於統一，天下都劃分為郡縣，皇子以及功臣不必分封，而是享用國家的俸祿，他們因沒有權利而無法反叛，這才是安邦定國的好製度。”(周文武所封子弟同姓甚眾，然後屬疏遠，相攻擊如仇讎，諸侯更相誅伐，周天子弗能禁止。今海內賴陛下神靈一統，皆為郡縣，諸子功臣以公賦稅重賞賜之，甚足易製，則安寧之術也。)
秦始皇認同了李斯的觀點。分封製顯然違背了中央集權的目的，在秦始皇成為中國的無上權威後，何必再次分封掣肘皇權呢?
郡縣製是一種新型的國家管理模式，通過帝國的官製改革，逐漸形了三公九卿的官僚製度。丞相為百官之首，負責政府的全部工作，太尉是最高軍事長官，負責一切軍事工作，禦史大夫是副丞相，負責監察百官，包括丞相在內。
另設奉常，掌管宗廟禮儀;郎中令，掌管宮殿警衛;衛尉，掌管宮門警衛;太仆，掌管宮廷禦馬和國家馬政;廷尉，掌管司法審判;典客，掌管外交和民族事務;宗正，掌管皇族、宗室事務;治粟內史，掌管租稅錢穀和財政收支;少府，掌管專供皇室需用的山海池澤之稅。這種官製設製使政府主要官員互相分權，也利於互相監督。
在先秦文獻中有三公九卿之說，但秦統一中國後並沒有明確設立這種製度，在西漢初也不見九卿名稱。漢武帝以後由於儒家複古思想的影響，人們就以秩為中二千石一類的高官附會成古代九卿。所以這一製度在後世也稱為“三公九卿”製。
秦設立了一種全新的垂直管理模式，這種構架非常有利於權力的集中，也能更加有效的對天下郡縣進行管理。西漢初期，劉邦完全照搬了秦的政府架構。