取代“宰相製”的是“閣臣製”。所謂“閣臣”，其實就是皇帝的政治秘書。因為這些高級秘書來自翰林院，辦公的地點則或在殿(如武英殿)，或在閣(如文淵閣)，故被稱為“殿閣大學士”，也叫“閣臣”。這些人，民間尊稱為“閣老”，皇帝則稱其為“輔臣”。事實上，閣臣的任務也是輔佐皇帝處理國務，同原先的宰相差不太多，所以民間仍視“入閣”為“拜相”，稱“閣老”為“相爺”，視“閣臣”為“相國”。明代和宋代一樣，也是文臣統兵。朝廷重臣出則為將帥，入則為閣輔，這就叫“出將入相”。其實閣臣與宰相並不能相提並論。第一，曆代宰相都有相府(比如漢代的丞相府、太尉府、禦史大夫府，唐代的尚書省、中書省、門下省)，府中有僚屬，府下有部委。比如唐代的尚書省，明初的中書省，均統攝吏、戶、禮、兵、刑、工六部。閣臣卻沒有自己的行政機構，也不能直接指揮六部。後來，為了提高閣臣地位，以六部尚書充任閣臣，事情自然又另當別論。但這是人事，不是製度。第二，宰相官居一品，位極人臣，一人之下，萬人之上。閣臣則品秩不一，明成祖朱棣時品級最低的一個閣臣竟隻有從七品(副縣級)。所以，要提高閣臣地位，就隻有加銜，比如“太師上柱國特進吏部尚書華蓋殿大學士”，地位就高得嚇人了。第三，宰相有行政權和執行權，許多事情都可以按照既定方針自作主張，先斬後奏，甚至斬而不奏。這也是閣臣望塵莫及的。當然，明代的某些閣臣，尤其是內閣首輔，實際權力也非常之大。比如嚴嵩、張居正，就被史家稱為“有相權而無相位”。不過這兩個人在後世也頗受批評，因為他們越權越位，身為閣臣卻做了宰相的事情。
然而就連這樣的“閣臣”，後來也被雍正皇帝“束之高閣”，成為“榮譽職務”。真正管事的，則是所謂“軍機大臣”。軍機大臣每天都要麵見皇帝，商量軍國大事。皇帝的命令則以軍機大臣的名義下發，稱為“廷寄”。外麵的奏章也由軍機直達禦前，不必通過內閣，“軍機處”成了最高權力機關。當然這是後話，回頭再說。
明代專製與集權的另一“特色”，是“廠衛製度”。廠，就是東廠、西廠;衛，就是錦衣衛。錦衣衛原本是禦林軍。明成祖朱棣篡權以後，為了加強專製統治，特命其兼管巡察緝捕和刑獄，可以不經法司，任意處置人犯，用刑極其殘酷，以至於京城居民一見白皮靴來(當時錦衣衛軍官都穿白皮靴)，無不大驚失色，避之唯恐不及。然而朱棣猶嫌不夠，又於永樂十八年(公元1420年)設立“東緝事廠”，簡稱“東廠”，由太監提督，專事緝拿“大逆不道”和“妖言惑眾”者。成化十三年(公元1477年)，明憲宗朱見深又增設“西廠”，也由太監提督，同樣是捕風捉影，濫施暴刑，屠殺無辜，大量製造冤假錯案。東廠、西廠(此外還有一個專為宦官劉瑾所設為期極短的“內廠”)、錦衣衛，就構成了明代專製統治的極權手段;而所謂“廠衛製度”，則成為特務統治的代名詞。