不幸的是，朱由校偏偏是個短命皇帝。天啟七年（公元1627年），年僅23歲的朱由校死了。
朱由校一生依賴魏忠賢和客氏，卻在臨終前固執地做了一回主：招信王朱由檢入宮，將皇位傳給弟弟信王。
和哥哥朱由校完全不同，朱由檢是係統的儒家教育培養出來的青年君主，雄心勃勃要開創儒家經典中的盛世。他和滿口倫理綱常的東林黨人類似，對魏忠賢的所作所為痛心疾首。在魏忠賢的高壓下，朱由檢“初慮不為忠賢所容，深自韜晦，常稱病不朝”。被召入宮時，他特意穿了一件寬大的衣服。原來是害怕宮中的食物被人下毒，他在袖子裏麵藏了信王府做的麥餅、準備了飲用水。在入宮的頭兩天，他就是靠這些東西解決饑渴問題的。進宮後的第一夜，朱由檢徹夜未眠，秉燭而坐，隨時準備處理突發情況。登基後，朱由檢改年號崇禎。
崇禎皇帝上台，魏忠賢和客氏的末日就來臨了。
首先，客氏在新皇帝登基後，作為先帝明熹宗朱由校的奶媽就沒有留在宮中的理由了。她一下子失去了獨霸後宮的合法性，被勒令搬出宮去。出宮的那天早晨，客氏身穿喪服，早早來到朱由校的靈堂，取出珍藏的朱由校幼時的胎發、痘痂及指甲等燒了，痛哭而去。可見客氏對朱由校還是有感情的。但是她能力見識實在有限，長期肆意妄為，此時也是自作孽不可活。
新皇帝登基初期，沒有動魏忠賢。唯一的變化是崇禎皇帝朱由檢非常勤政，樣樣政務都親自過目，親筆題寫指令，作為秉筆太監的魏忠賢頓時“閑”了下來，無事可做了。很快就有人上奏彈劾魏忠賢的種種不法行徑，朱由檢都留著不發表意見，把彈劾的奏章越積越多。
後來，嘉興貢生錢嘉徵彈劾魏忠賢十大罪：一並帝，二蔑後，三弄兵，四無二祖列宗，五克削藩封，六無聖，七濫爵，八掩邊功，九朘民，十通關節。朱由檢借機，開始處理魏忠賢。他的做法很巧妙，把魏忠賢叫過來，讓人把錢嘉徵的奏章讀給魏忠賢聽。魏忠賢呆若木雞，無言以對。
在客氏搬出皇宮兩個月後，被撤去官職的魏忠賢踏上了去明朝皇帝老家鳳陽的“安置”道路。魏忠賢落難了，還擺闊，拉起上千人的隊伍，抬著眾多金銀珠寶，浩浩蕩蕩地向鳳陽出發。走到阜城縣南關的時候，消息傳來：崇禎皇帝已下旨緝拿魏忠賢。隨從一哄而散，魏忠賢在南關的旅館裏與同黨李朝欽痛飲之後，上吊自殺。死後，崇禎皇帝下令將他懸首河間，警戒世人。
緊接著，客氏被捕，被押解到宮中的浣衣局接受嚴刑審訊。《明史》記載客氏招供了一個驚天大案：當時宮中查出8位宮女懷孕，客氏承認這8人都是自己從外麵帶進來的婢女，入宮前就已懷孕。她和魏忠賢想學秦朝呂不韋，用宮女私生子來冒充朱由校的兒子，篡奪明朝江山。之前，魏忠賢在朱由校死前，說已有兩名宮女懷孕，勸說朱由校立那肚子裏的孩子為繼承人。可惜事情已經晚了，朱由校沒有采納。現在客氏的供認證明，魏、客兩人竟然有如此大逆不道的預謀，罪不容誅。於是，客氏在浣衣局被用竹杖和板子活活打死。據說宮中之人恨死客氏，下手極重，客氏很快就被打死了，魏忠賢的屍首也被挖出來淩遲。
至於魏良卿、侯國興、客光先等人，都被斬首棄市。魏、客兩家被抄家，家族成員發配蠻荒邊遠之地。
魏忠賢和客氏胡作非為了幾年後，被徹底定性為惡人，釘在了恥辱柱上。
據說崇禎皇帝朱由檢在李自成農民軍攻進北京前夕，不知何故在太監的建議下，收葬魏忠賢的遺骸，在魏當年選定的墓地香山碧雲寺安葬了他。清康熙年間，魏忠賢墓還“峻宇繚牆，覆壓數裏，鬱蔥綿亙，金碧輝煌”，禦史進言稱京城首善之區不應“留此穢惡之跡”，於是被完全夷平。