此後，李士群和軍統之間有過一段“蜜月期”，雙方均在一定尺度之內給對方以暗中的幫助。可是到了1941年11月，李士群主持的汪偽特工總部將上海的軍統組織全部破壞，雙方的關係變得惡化起來。軍統在上海全軍覆滅，讓戴笠很沒麵子也很惱火，他電令已經加入軍統的佘祥琴返回重慶彙報情況。為了給戴笠一個交代，佘祥琴臨行前專程去找了一次李士群，質問其為何不手下留情。對此，李士群解釋說：“祥琴兄，此事與你無關，也請你在戴先生麵前替我解釋。搞掉軍統在上海的全部組織，在我們建立聯係之前就得到了線索並已經開始行動了。更主要的是，日本方麵也對此十分重視，專門派員協助偵查。所以，雖然後來我們建立了聯係，但我也沒辦法下令停止此事。但我可以保證，我會盡量不讓這些人失去性命。請你務必替我向戴先生陳說明白。”
佘祥琴到重慶見了戴笠以後如實相告。戴笠認為李士群是在耍兩麵派，對佘祥琴說日後一定要報這個仇。為了上海被捕人員的生命安全起見，戴笠讓佘祥琴回上海後仍然與李士群保持聯係，但自此心中對李士群有了成見。
李士群天生就是一塊投機的坯子，在和軍統大玩曖昧的同時，也和中統暗地裏往來不斷。76號曾經逮捕過中統在上海的負責人陳寶驊，李士群很快就將其釋放了，以此向中統方麵買好。由於李士群本身就是“C.C”係出身，所以中統方麵也就在需要的時候暗地裏走走李士群的路子。這些特務之間的關係真是剪不斷，理還亂。
李士群雖然和軍統、中統都搭上了邊，但他清楚，這些人和他之間更多的是相互利用的關係。重慶國民黨那裏的水更深更渾，日後即便自己出了什麼事情，也不能指望這些人伸出援手。所以，李士群在處理大問題的時候還是把汪偽政權的利益作為根本出發點。他覺得，不是魚死就是網破，沒有兩全其美的辦法。因此除了偶爾對軍統、中統方麵施些小恩小惠外，更多的時候他則是不顧他們的情麵。
李士群這種欲迎還拒、陰晴不定的態度讓戴笠很傷腦筋，為此，他專門向蔣介石作了彙報。此時，蔣介石已經在為即將到來的反攻作準備了，他本來就十分擔心李士群的頑固和手中的勢力，如今聽戴笠說徹底爭取無望，就動了殺機，讓戴笠想辦法除掉李士群。
有了老頭子的指示，戴笠也懶得再和李士群玩貓捉老鼠的遊戲。可這項任務究竟交給何人呢？戴笠想來想去，覺得還是交給周佛海。一來戴笠深知周、李之間的矛盾已經勢同水火，這件事周佛海必然樂意去幹；二來由周佛海去執行更為隱蔽，下手的機會也更多。