在《資本論》第二稿，即包括23個筆記本的1861-1863年手稿中，馬克思專門研究了第3卷的有關問題。其中筆記本第ⅩⅥ、ⅩⅦ本研究了剩餘價值轉化為利潤和剩餘價值率轉化為利潤率，利潤率趨向下降的規律；第ⅩⅤ、ⅩⅦ、ⅩⅧ本研究了商業資本和商業利潤；第Ⅹ、ⅩⅢ本研究了地租理論。從1863年8月至1865年底，馬克思又創作一部新的手稿，即《資本論》第三稿，其中主要部分就是第3卷的有關內容。
恩格斯雖然經常與馬克思討論有關《資本論》的理論問題，參與《資本論》理論觀點的形成；馬克思也經常把寫作《資本論》的進展情況告訴他；但在馬克思生前，他沒有看過第3卷的手稿，也不了解這一卷完成的程度。馬克思逝世不久，他找到了篇幅達1000頁的《資本的流通》和《總過程的各種形成》的手稿，不禁大為驚訝。當倍倍爾問，為什麼連他也不知道《資本論》續卷的完成程度時；他回答說：“很簡單，要是我知道的話，就會使他日夜不得安生，直到此書寫成並印出來為止。這一點，馬克思比誰都知道得更清楚，但是他也知道，萬不得已時（現在正是這樣），手稿會由我根據他的精神出版的，這一點他跟杜西也談過。”[37]
在整理第2卷過程中，恩格斯就開始閱讀第3卷手稿。到1885年初，他已經完全掌握第3卷的內容，認為這是一部在理論上無與倫比的偉大著作。4月14日，他寫信告訴倍倍爾，第3卷“是卓越的，出色的，這對整個舊經濟學確實是一場聞所未聞的變革。隻是由於這一點，我們的理論才具有不可摧毀的基礎，我們才能在各條戰線上勝利地發動起來。”[38]4月23日，他又對十分關心《資本論》第3卷的俄文譯者丹尼爾遜說，第3卷“是圓滿完成全著的結束部分，甚至使第1卷相形見絀。……這個第3卷是我所讀過的著作中最驚人的著作……最困難的問題這樣容易地得到闡明和解決，簡直像是做兒童遊戲似的，並且整個體係具有一種新的簡明的形式。”[39]他認為，這部光彩奪目的著作，是馬克思為自己樹立的紀念碑，“比別人能為他樹立的任何紀念碑都更加宏偉。”[40]
最使恩格斯驚異的是，盡管馬克思早在60年代初期已經寫出第3卷的重要部分，60年代中期已經完成全部手稿的寫作，但由於他極端嚴肅認真的態度，在自認稿子沒有徹底完善以前，決不肯公之於眾。恩格斯研讀了全部手稿後，十分感慨地說：“一個人有了這麼巨大的發現，實行了這麼完全和徹底的科學革命，竟會把它們在自己身邊擱置二十年之久，這幾乎是不可想象的。”[41]
第3卷的編輯工作與第2卷有所不同。雖然這一卷理論上非常精彩，但畢竟是一個未加潤色的初稿。因此，整理編輯工作比第2卷還要困難，需要花費的時間和精力還要多。但恩格斯十分喜歡這件工作，他說：“在整理這部書時，我感到好像他（指馬克思——引者）還活著跟我在一起似的。”[42]
整理工作從1885年2月下旬開始。辨認筆跡、口授和謄清手稿的工作花了大半年時間。到11月中旬，這項工作才初步完成。接著便進入真正的整理階段。
在篇幅達70印張的第3卷手稿中，馬克思隻劃分為7章，各章都未分節。這對閱讀和研究很不方便。恩格斯以馬克思的分章為基礎，依據手稿的內容，重新安排篇章結構，把手稿的7章分為7篇52章；有些內容較多，理論上又能分開的，章內再分若幹節，並加上章節標題。經過這樣重新安排，全書結構謹嚴、層次清楚，篇、章節的內容重點突出，為閱讀和研究這部偉大著作提供了極大方便。
為了把第3卷編成既是以手稿為依據，又是有條理的和盡可能完善的著作，恩格斯認真研究了全部手稿，按照正文的理論內容和敘述問題的邏輯順序，修改了一些篇的標題，調整了一些章節的次序。例如手稿的第1章標題是《剩餘價值轉化為利潤》；恩格斯改為《剩餘價值轉化為利潤和剩餘價值率轉化為利潤率》，這個標題更準確地反映正文的內容。手稿的這一部分開頭全是關於剩餘價值率和利潤率的關係的數學計算；但是為了與前兩卷相聯係，也為了從理論上闡明剩餘價值怎樣轉化為利潤，剩餘價值率怎樣轉化為利潤率，則必須先研究資本主義的成本價格和利潤。為此，恩格斯把分散在手稿各部分中有關成本價格和利潤的論述集中起來，插入一些段落和文句，進行必要的加工，編成第1篇第1章，而把主要手稿的開頭部分，以及馬克思在70年代寫的一個筆記本中的有關計算公式編成第3章。由於第3章是用數學方法說明剩餘價值率與利潤率的關係，恩格斯特請英國數學家、《資本論》英譯者穆爾對筆記本的材料進行整理，作出摘要，根據摘要和主要手稿進行改寫。經過這樣的調整和改動，全書邏輯論證更加嚴密，敘述更有條理。