1900年，是善耆政治生涯的一個重大轉折點。這一年，清政府改變了對爆發於19世紀末的義和團運動的政策，發布上諭，承認義和團是“自衛身家”、“互保閭裏”的合法組織。得到朝廷的認可，義和團運動的烈火很快就燒到了京城。京郊周邊各縣的義和團拳民衝進了京城，北京居民參加義和團的熱情日日飆升。
不久，善變的慈禧又出新招，派軍機大臣兼刑部尚書趙舒翹前往涿州等地勸說義和團解散，並嚴令清軍“毋得輕傷民命”。她還加派協辦大學士剛毅前往涿州頒布上諭，宣布對拳民、教民“一視同仁”。
然而，剛毅態度明朗，他想利用義和團對付洋鬼子。他到涿州後強令正在同義和團作戰的部分清軍撤走。後來，莊親王載勳等人整編義和團，規定各地義和團要服從“總團”指揮，拳民應與官軍聯成一家，不得反抗官軍。
善耆聽說，宮裏人到處傳言拳民神勇，有法術，都能吞刀吐火、刀槍不入，沒人再提要剿辦義和團了。接著，拳民攻打使館，攻打教堂，甚至燒了正陽門，一時間，京城裏滿眼全是頭上包著紅布的人。
在宮裏，載瀾公爺最能折騰。他穿上了義和團的裝束，腰裏束上紅布，好像著了魔，神神顛顛，迷迷瞪瞪。載瀾甚至說，宮裏也有二毛子，需要查驗。他說:“如果是二毛子，隻須拍一下額頭，便會現出十字紋。”慈禧太後教他們盡管去查驗，果然拍出十字紋來，也算是靈驗。結果什麼也沒有查出來，不了了之。
6月17日淩晨，八國聯軍的聯合艦隊向大沽炮台發動進攻，經過6個小時的激戰，大沽炮台失守。在同一時間裏，以保護使館為名，進駐東交民巷的侵略軍，包括一些國家的外交官，在北京四處挑釁，開槍射殺拳民和清軍。
慈禧太後慌忙召開禦前緊急會議，會後，她根據各國公使的要求，派榮祿的武衛軍和董福祥的甘軍嚴密保護使館，幻想以此換取洋人停止進兵京城。接著，慈禧太後接到謊報，說列強要讓她歸政給光緒皇帝。這件事激起了她對列強的憤恨，當天召開了第二次禦前會議，欲強行宣戰。由於光緒皇帝和主和派官員堅決反對，慈禧太後同意暫不開戰，停下來等等。
6月19日，慈禧太後召開第三次禦前會議，決定派王文韶、立山、許景澄前往使館遊說各公使出麵勸說聯軍勿犯北京。然而遊說無果而終，慈禧太後緊急召開第四次禦前會議，不顧光緒皇帝等人的反對，強行決定對列強宣戰。
根據慈禧的懿旨，北京的義和團和部分清軍圍攻西什庫教堂和東交民巷使館區。慈禧把各國使館和教堂作為首要進攻目標的舉動，給列強提供了擴大戰爭的借口，也使大清朝廷進一步陷入了被動的處境中。
慈禧太後的智慧顯得不夠用了!慈禧太後的招法太古老，趕不上時代潮流，她駕馭不了大清這艘搖搖晃晃、千瘡百孔的破船。不懂國際交往規矩的慈禧，很快又降懿旨，她一邊要求拳民和清軍對使館實行明攻暗保，一邊私下派人屈膝求和。