此時，兩宮太後仍然把持朝政，同治帝外不能親政，內不能與相愛的皇後朝夕共處，心中煩悶，抑鬱成疾。同治帝有病，阿魯特氏心中著急，想來探望，卻懾於慈溪淫威不敢前往。慈禧責怪她“妖婢無夫婦情”。同治病勢垂危之際，阿魯特氏偷著去看望，並親手為同治帝擦拭膿血，慈禧又罵她“妖婢，此時爾猶狐媚，必欲死爾夫耶？”阿魯特氏左右為難，怎麼做也討不出好來。據《崇陵傳信錄》載，一次阿魯特氏去探望同治帝病，流著眼淚傾訴獨處宮中、備受虐待之苦。同治帝安慰她說：“卿暫忍耐，終有出頭日也。”小夫妻的這些話被尾隨而來、在外偷聽的慈禧聽到了，勃然大怒，立刻闖進宮來，抓住阿魯特氏的頭發，一邊打，一邊往外拽，並揚言要備大杖伺候。同治帝看到皇後當眾被辱，心中又憐又急，竟昏死過去。自此，同治帝病屙沉重，已然病入膏肓。同治十三年（1874年），同治帝因病駕崩。同治帝無嗣，繼帝位者是同治的族弟，稱為光緒。
阿魯特氏性格耿直，不善逢迎。她認為自己是堂堂正正從大清門迎娶的皇後，隻要自己行得端，做得正，沒必要阿諛奉承，溜須拍馬。而且，她有意無意地幾次刺激、激怒慈禧，致使矛盾更加尖銳。一次，阿魯特氏陪慈禧看戲，“演淫穢戲劇，則回首麵壁不欲觀，慈禧累諭之，不從，已恨之”。一來阿魯特氏表現得不聽話，不順從，二來反襯出慈禧好淫樂，格調低俗，從而加深了對阿魯特氏的怨恨。阿魯特氏身邊的人勸她要處處討慈禧歡心，要善逢迎，隻有和皇太後搞好關係才能保住自己的位子，否則於己不利。阿魯特氏則表示：“敬則可，則不可。我乃奉天地祖宗之命，由大清門迎入者，非輕易能動搖也。”慈禧是通過選秀女進入皇宮的，最忌諱別人提從大清門而入，大清門是她心頭永遠的痛。有人將阿魯特氏的話偷偷地告訴了慈禧，慈禧勃然大怒，認為是故意蔑視自己，因而對阿魯特氏“更切齒痛恨，由是有死之之心矣”。
阿魯特氏因為屢受慈禧虐待，不堪忍受，又認為自己以寡嫂的身份居住在宮中很是尷尬，自殺身亡，死時隻有22歲。雖然阿魯特氏生前飽受欺淩，可她畢竟貴為皇後，身後事絲毫沒有怠慢，入葬惠陵。
阿魯特氏死亡當天，兩宮皇太後諭內閣：“嘉順皇後於同治十一年作配大行皇帝，正位中宮，淑慎柔嘉，壼儀足式。侍奉兩宮皇太後，承顏順誌，孝敬無違，上年十二月痛經大行皇帝龍馭上賓，毀傷過甚，遂抱沉屙，遽於本日寅刻崩逝，哀痛實深。”這是清廷官方公布的死因，但說得含糊不清，難以讓人信服。
震驚中外的東陵第一起大盜案發生在1928年7月，軍閥孫殿英盜掘了乾隆帝的裕陵地宮和慈禧陵地宮。1945年8月，日本投降以後，東陵地區的一些土匪、不法分子趁時局動蕩、政權交替的混亂之機，製造了東陵的第二次大盜案。這次被盜的陵寢有康熙帝的景陵、鹹豐帝的定陵、同治帝的惠陵和慈安陵。被盜陵寢之多，損失之慘，比上次更為嚴重。
據民國三十五年（1946年）四月二十二日《世界日報》略載：“三十四年十二月清三陵被盜，一、同治惠陵，棺兩口。一同治，一陪妃，屍體俱麵目如生。金棺前供桌上同治翠印一、金表一。棺內外珠寶、玉翠、金屬等品，用麻袋裝出，再用香爐量分，金子約二十餘斤。”
又據民國三十五年五月二十九日《華北日報》略載：“惠陵盜犯供詞略稱：三十四年十一月間，奉司令命，征集民夫挖掘惠陵，用炸藥把石門炸開，第一層有四個架子，分列兩旁。一邊是皇帝翠印一顆、皇後翠印一顆，一邊是書籍及印刷板之類。第二、三層沒有東西。第四層有棺兩個，用斧錘等將棺劈開，由皇棺內取出半斤重金墨匣一方、重四兩金八卦一個、美國贈品四邊鑲白珠可走半年之金表一個、朝珠白緙各兩串、二十四顆的白珠子兩串、翠扳指一個、金火盆一個、翠煙袋一支。在後棺內取出鳳冠一頂，白玉鐲、金鐲各一對，翡翠、珍珠、瑪瑙及木質朝珠各一串，重三兩金九連環一件，鳳凰簪子一件，瑪瑙扳指、金鑲白珠戒指、翠牌各一個，長翠簪一件，其他零星物品無法統計。”
孝哲毅皇後棺內的這些隨葬品以及同治帝棺內的隨葬品全部被盜走了。
惠陵被盜後，由於東陵當時處於無人管理狀態，盜口一直到1952年清東陵成立文物保管所時才堵砌上。由於洞口長期未堵，當地許多百姓都到地宮裏看過。當地流傳說：阿魯特氏麵目如生，遺體絲毫沒有腐爛，被盜墓者拖出棺槨，扒光衣服，身上一絲不掛，肚子被剖開，腸子流了一地。社會上盛傳這位娘娘是吞金死的，他們為了取金子，把娘娘的腸子從頭到尾擼了一遍。可憐的阿魯特氏皇後。死後竟也落得這樣的下場。
阿魯特氏一生短暫而悲苦，死後還慘遭辱屍，可謂是有清一代命運最悲慘的皇後。