至於吏部，就改動不大了。本來吏部就是朝廷中權利最大的一個部門，但其職責也比較單一，所以吳世恭也就不做太多改動了。
改動比較大的是兵部。吳世恭幾乎把兵部一拆為二，很多兵部的職能都劃歸了五軍都督府。而吳世恭就是要確定一個用兵的原則：宣戰等事務將由皇帝和內閣決定。可是該如何打？就要各大提督具體指揮了。軍事上的事還是將由武將來做。
不過更悲催的是刑部和工部。這兩個部將完全撤銷，將拆分和新增許多新的部。
吳世恭將把大平朝的司法權完全獨立出來，所有的刑事和民事案件都有獨立的法庭來判決。而最高的大理寺將由十位大司寇來掌管。不過吳世恭也不會在這個年代搞什麼不倫不類的陪審團製，就是采用法官判決製。也暫時不會取消什麼刑訊逼供。
當然，新的司法體係也將引入了公訴人和辯護人的製度。因此也就有了檢察官和律師的雛形。至於將來司法將如何完善，就依靠後人的智慧吧！
除此之外，大平朝也將有農林部、交通部、工商部等近十個部。而這些衙門的設置，使得大平朝的政策變得相當明顯，就是要一心追求經濟發展。
值得一提的是，吳世恭將成立單獨的驛郵局。以此來方便百姓的通信和出行，並為朝廷增加一些收入。
此外，還有執行警察功能的內務部。秘密工作的山川部等。但是秘密工作隻是對外不對內，防止大平朝出現特務政治。
有兩個機構要重點介紹：
一是五軍都督府：
大平朝的國策當然由皇帝和內閣諸相商議製定，包括軍事方麵的國策。但是關於軍事上的事務。將由皇帝、首輔和五軍都督府的十五位提督來決定。
而且大平朝的軍隊將嚴格按照《操典》訓練軍隊，把任何戰術動作都標準化。為了防止武將的軍閥化，各地提督和軍官也會定期調動。但是有了接受標準訓練的部隊，也能防止“兵不知將”的缺陷，能夠讓新任的軍官很快上手指揮部隊。
還有一點，如果是和平時期，大平朝的軍隊將不能在城池中駐紮。而軍屬就要在城池中生活。如果軍隊發生叛亂，那內務部的部隊將把軍屬扣為人質；如內務部發生叛亂，沒有重型火器的內務部部隊也阻擋不住正規軍。這也是雙向監視。防止有任何兵變的情況發生。
二是禦史台：
大平朝將把禦史**立出來，以各地方的選舉產生禦史。而禦史將有豁免權，而且也能製定大平朝的法令。而資深禦史，能擔任地方巡撫或者各部侍郎以上的官員。如果能獲得重臣的聯合提名。於是甚至能直接入閣。
其實禦史台和重臣議政團已經演變成為事實上的上、下兩個議會。這兩個機構將和大司寇組成的大理寺一起，形成三權分立。
雖然大平朝的君權受到很大的削弱，但是吳世恭也要在文官中形成三股平衡的團體，防止將來有獨裁政治的發生。
而在這些天的會議中，很多重要的內容都將在以後，被編入《穹源大典章》中。而大平朝也將在以後把《穹源大典章》中的內容定為國策，一旦要修改或者增刪，必先召開大議政會議進行討論、投票。