沒有將張獻忠殺死這讓張雷感覺到十分不愉快，他耿耿於懷與這件事情以至於連做其他的事情都沒有了興趣，重新回到了巢縣來，無聊地看手下訓練士兵，糧食已經全部分發了下去，附近兩府的百姓們都受了恩澤，更多的人來巢湖參軍，張雷又乘機收了兩萬人，加上自己這一次帶出來的人馬又湊齊了十萬，這是一個很龐大的數字，這個數字大得讓崇禎也不願意看到，於是他起用了重新因為與楊嗣昌政見不和而辭官的孫傳庭，名義上是來當張雷的副將，實際上也要隨時向崇禎報告張雷的動靜。
孫傳庭，字伯雅，又字百穀，一字白穀，代州鎮武衛人。在孫傳庭的一生中。鎮壓農民起義構成了他軍旅生涯的主要內容，其起點始於崇禎八年。這一年的秋天，孫傳庭出任驗封郎中，後又越級升為順天府府丞。崇禎九年再擢為右僉都禦史。此時，以整齊王為首的農民起義軍正雄據商洛之地，嚴重地威脅著明朝在陝西的統治，陝西巡撫甘學闊多次鎮壓失利，陝西士大夫請薦孫傳庭督秦，孫傳庭遂於崇禎九年三月巡撫陝西。孫傳庭到任後，令副將羅尚文率明軍進擊商洛地的起義軍，並誅殺了整齊王。不久，農民起義軍又在關中地區展開潰潼關鬥爭，孫傳庭在陝西周至的黑水峪之戰中鎮壓了起義軍中勢力最強的高迎祥部，並俘殺了闖王高迎祥。當陝西的起義軍屢遭挫折之際，活動於河南的起義軍馬進忠、劉國能等十七部進兵渭南。孫傳庭急忙聯絡河南明軍對起義軍進行圍追堵截。崇禎十年初，馬進忠等部再渡西折入陝，進襲商州、洛南、藍田等地。孫傳庭率部與各路明軍以優勢兵力接連打擊了起義軍聖世王、瓜背王、一翅飛、鎮天王等部，才使關中以南地區趨於平定。
孫傳庭在主持陝西軍務期間，不斷擴充自己的軍力和糧餉。西安周圍原屯積軍隊兩萬四千，田地二萬餘項，後來田地都歸屬於豪門，兵丁隻是虛設在花名冊上。孫傳庭接管這裏後，經過治理，得士卒一萬一千，年收稅計銀十四萬五千兩，米麥一萬三千五百石。為盡早徹底剿滅農民起義軍，明廷采納了兵部尚書楊嗣昌的“四正六隅”的全麵圍剿方略，並為完成此計劃增兵十二萬，加派軍餉銀二百八十萬兩。但是，孫傳庭對此持有異議。他認為：因軍兵屢戰，多經潰乏受挫之苦，況且連年征戰，民力疲竭，此舉未必能收到預期效果。由於孫傳庭料知他的計劃不會被采納，便著手清點私產，得銀兩四萬八千，並招兵買馬，自辦圍剿所需的人力及資財。當明廷彙集各處上報的招兵募馬的數額時，唯獨孫傳庭的奏疏未送到。素與孫傳庭有隙的楊嗣昌於是乘機發難，抱怨朝廷的軍法在陝西竟行不通。孫傳庭對此上疏申辯道：“使臣如他撫，籍郡縣民兵之上，遂謂及額，則臣先所報屯兵已及額矣。況更有募練馬步軍，數目逾萬，何當不遵部議。至百日之期，商、洛之訊守，臣皆不敢委。然使賊入商、洛，而臣不能禦，則治臣罪。若臣扼商、洛，而逾期不能滅賊，誤則事者必非臣。”
對此，他被楊嗣昌設下的計策弄進了大牢，後崇禎貶斥他為平民放歸，如今又重新啟用。在得知孫傳庭往自己這邊過來了之後，張雷是一點兒也不願意的，對於他來說自己的事情自己就能夠做好，不需要其他的任何人來插手。不過既然孫傳庭都已經在路上了，他也不可能直接讓崇禎收回成命了，不過畢竟他還是有辦法的，還在半路上麵的時候，張雷就派人送去了百萬兩白銀，讓他招兵買馬，獨立抗擊李自成，說是如果兩軍會和的話會造成部隊人數過多，機構臃腫，不利於行軍。
現在整個大明王朝二話不說就能夠直接拿出來百萬兩白銀的恐怕也就隻有張雷了，因為逐步完善的船隊能夠為他在各個地方賺取巨額的利潤，這點錢對於他來說並不算什麼大的投入。
孫傳庭在拿到這麼一大筆錢之後，也認為張雷說的有道理，更加上他也想要率軍抗擊造反，如果跟在張雷的身邊恐怕也隻能夠起到監視張雷的作用，這是他極為不願意的，於是便聽從了張雷的話，不再繼續往巢縣去，而是直接就就地征兵十萬，抗擊李自成。
李自成乍然受到攻擊，頓時也有些抵抗不住，龜縮城內不出，孫傳庭一邊訓練到手的這些人馬，一邊圍困李自成，也不進攻，隻不過阻止了他繼續擴張的步伐。在瓦解了張獻忠的攻勢之後，盧象升也往北回去和洪承疇一起將清軍阻攔在關外，天下再一次安定了。