大學生培養質量和結構決定著能否滿足社會的人才需求，因此是影響畢業生就業的決定性因素。
一、高等課程專業設置不合理
由於長期以來我國農林高等教育在一定程度上存在著強調學科發展，忽視市場需求，專業劃分過細，專業麵太窄，過分強調培養高級“專業”人才，而忽視“寬口徑、廣適應”的“博才”教育（通識教育），從而導致了學生專業知識麵較窄（如許多蔬菜專業學生不懂果樹學，觀賞園藝專業學生缺乏的果樹和蔬菜學知識等），知識結構不合理，缺乏現代綜合集成的係統思維能力與觸類旁通、駕馭不同知識的能力，組織管理經營知識能力較弱。
雖然已經從“教師是教育主體”轉變為“教師主導、學生主體”，但在實際教育教學過程中教師仍占主體地位。一是學生主體理念尚未真正確立。學生一切圍繞教師、教材和課堂轉，“一切為了學生”的先進理念隻是宣傳口號。二是學生個性發展理念未給予重視。注重標準化和一致性塑造，高度強調學生思想、意誌和行為嚴格統一，忽視學生個性差異、個性特征和個性發展，沒有重視學生獨特性和創造性培養，阻礙學生身心的充分發展。三是全麵素質教育尚未貫徹落實。加強素質教育，提高大學生綜合素質已成為社會共識。但大部分農林高校並未將素質教育真正融入人才培養全過程，這樣導致學生基礎知識和基本技能不紮實、創新意識和創新能力欠缺、科學素養和人文素質匱乏
我國“重知識傳承、輕知識創造”的傳統教育是以傳授已有知識為目的的教育模式。課堂教學內容多以書本為主，知識更新較慢，與學科前沿的結合和與邊緣學科的交叉都很少；對大學生創新能力的培育引導不夠，學校的創新氛圍不濃；教學方式陳舊，實踐教學與社會現實的需求脫節。當前，我國大多數農林高校仍采用統一教學計劃，統一學製，統一管理的人才培養模式，忽視了不同類別、不同層次大學生的個性差異，並未按照新農村建設所需的人才規模、人才能力與素質進行針對性培養。這種教育培養模式會抑製學生的創新意識和創造活力，不利於高質量人才的培養。主要表現在：一是專業劃分過細，課程體係不合理。傳統教育強調培養專才，使學科專業劃分過細過窄；課程體係“專業本位主義”嚴重，專業課程多、通識課程少，人文社科課程嚴重削減。這阻礙學生知識麵拓展和綜合素質提高，不利於培養學生創新精神和創造能力。二是教材陳舊落後，教育內容創新緩慢。教學改革滯後使教材內容無法跟上科技進步趨勢、知識經濟步伐和學科專業動態。三是在實踐教學過程中偏於形式化，不便於學生在學習中實踐、在實踐中學習，嚴重影響學生積極性、主動性和創造性。另外，現行考核製度重評價、輕引導，重結果、輕過程，注重知識和技能再現，輕視創新精神培養和創造性思維開發訓練，忽視學生個性化發展和創新能力引導。
同時，農林院校的專業設置與市場需求出現脫節，麵向經濟建設主戰場的技術應用型人才的專業課程開設較少或者沒有開設。這說明專業設置中存在著設置標準與社會經濟發展不協調、不互動現象。原因在於：一是專業設置過於盲目性，一味跟隨社會潮流，忽視了學校的特色專業。因此設置專業必須根據農林學校自身的辦學條件，在平衡補償短缺學科專業過程中，盡量避免因重複建設和低水平建設導致的學科專業性的失調，並且不要忽視學校的優勢專業發展。二是高校對專業設置缺乏主動、前瞻認識及係統研究，缺乏定期的科學預測和規劃,缺乏自我管理、自我發展和自我調整專業管理機製,致使學科專業結構未能形成鮮明的區域特色,難以適應地方經濟發展的需要。這兩點都是我國農林院校普遍存在的缺陷。
二、畢業生就業競爭力差
由於學校課程設置的不盡合理，教學內容、方式、方法與培養具有創新精神和實踐能力的高素質農林科技人才的實際需要相脫節。在決定專業設置時，一方麵往往不重視對實際情況的調研，也缺乏科學有效的專業論證和預測機製，不顧實際情況朝綜合性大學發展，過分講究規模、數量與速度，注重眼前利益，忽視長期利益。我國相當一部分農林院校原有的專業設置老化，專業設置重複，專業設置的層次低，專業劃分過細，學生知識麵過窄。另一方麵又沒有緊密結合新農村建設經濟社會發展的新需求，沒有形成與新農村經濟社會發展趨勢相適應又立足於自身辦學條件和辦學特色的切實可行的專業發展規劃，導致專業的設置缺乏靈活性、適應性與適用性。同時，大學生在校期間與社會和用人單位接觸太少，社會實踐經驗欠缺，導致學生不能及時掌握最新的科技動態，學生實踐能力欠缺，導致學生不能及時掌握最新的科技動態，學生實踐能力相對較弱，造成了畢業生擇業領域不廣、就業競爭力不強的被動局麵。而且長期以來，我國教育製度的最大特點是重知識傳授，往往忽視了對學生能力的培養，忽視了全麵素質教育，因而學生基本功紮實，但創新能力不夠強。