壽春是揚州的州治，是州牧的居城，可惜如今城中做的不是自己這個揚州牧，而是後將軍袁術。
於是陶應就將郡治臨時設在合肥，並且召集會稽、吳郡、丹陽三郡的軍兵聚集在合肥，準備天氣轉暖以後就與袁術作戰，這時候天下又發生了幾年大事。
初平三年（192）四月，董卓自從大敗於孫堅，回到長安後，威福更盛，盜用天子車服，並命尚書以下眾官有子皆至其相府稟報。又以其弟董文為左將軍，從子董璜為侍中、中軍校尉，皆典兵事，大封其宗族，董氏繈褓中嬰兒皆得封，男皆封侯，女為邑君。
並且在長安築郿塢（今陝西眉縣東北），高、厚各七丈，其中積穀可用三十年。董卓又殘暴好殺，諸將稍有言語差失，立即處死，又以叛逆之名，大殺關中舊族。其倒行逆施引起朝臣強烈不滿。
其中司徒王允、司隸校尉黃碗、尚書楊瓚等密謀殺掉董卓，董卓自知為人所怨，出入常以驍勇過人的中郎將呂布作護衛。
這時候王允就利用自己義女貂蟬離間了董卓呂布父子，這使得呂布心生嫌怨，王允等見時機來到，遂勸諭呂布殺董卓，為天下除害。
這年的四月，正當王允等人準備采取行動的時候，正逢天子大病初愈。朝廷百官在未央宮集合，恭祝天子龍體安康。事前，呂布派同郡騎都尉李肅等人帶領十多名心腹親兵，穿上宮廷侍衛的服裝，潛伏在宮殿側門兩邊。當董卓大搖大擺地出現在側門外時，立即遭到潛伏在門後的李肅等人的突然襲擊。董卓急呼呂布，呂布手捧聖旨，大呼：“奉旨殺賊!”董卓在絕望中被亂刀殺死，並且株連三族。
董卓既死，長安兵民百姓相慶於道，衛士皆呼萬歲，盡誅董氏宗族。於是，朝廷以王允錄尚書事，以呂布為奮威將軍、假節，儀比三司，共秉朝政。
王允使呂布殺掉董卓後，將董卓棄屍於市，董卓對蔡邕有知遇之恩，蔡邕親自趴在董卓的屍體上痛哭，被王允指責為“天誅有罪而反相傷痛”，是國賊董卓的死黨，即收捕下獄。蔡邕陳辭謝罪，請求免列，願接受黥首刖足的刑罰，在獄中繼續漢史的編修工作。太尉馬日單和許多士大夫為蔡邕求情，指出蔡邕是曠世奇才，素以忠孝著稱，不能隨便處死，應讓他續修漢史，完成一代大典。王允認為當初武帝不殺司馬遷，至使司馬遷能作《史記》流傳後世，其中多有對皇帝不敬之詞，現在決不能讓蔡邕執筆修史，使他能再作謗書，堅持要殺他。蔡邕聞訊，在獄中自殺，時年六十。
這時候曹操也迎來了自己事業的新潮，青州黃巾軍百餘萬人向兗州進擊，攻下任城（今山東濟寧），殺任城相鄭遂。接著，又在東平（今山東東平）附近，大破前來鎮壓的官軍，斬兗州刺史劉岱，隨之，黃巾軍向壽張（今山東東平西南）一帶移動，青州黃巾在兗州的順利發展，使兗州的官吏士人極為恐慌，加上刺史劉岱被殺，州中無人主事，兗州上下一片慌亂。