在成吉思汗西征過程的同時，木華黎不斷派騎兵騷擾金境，金朝財政收入枯竭、經濟崩潰。南宋聽到金無力侵犯，切斷了對金的歲貢，進一步惡化了金朝經濟狀況。此時金做了一個極為愚蠢的決定，試圖進攻南宋，逼迫南宋恢複進貢。可南宋軍事實力早已大大增強，擊敗了金軍進攻，雙方反而因此增加了仇恨，使得金腹背受敵。後來金哀宗執政，遣派使節去南宋解釋蒙古人殘暴性質，試圖和南宋結盟對抗蒙古，可是再也無法得到南宋信任，反而使得南宋覺得找到了落井下石，聯合蒙古滅亡金朝、報複金先輩欺壓南宋的好機會。
蒙古軍隊占領中國北方時，其種族滅絕手段最為惡劣。幾乎每個城市都有屠城記錄。據記載，宋人到中原後發現，中原地區千裏無人煙，白骨遍地，井裏塞滿了死屍而水不可飲。
蒙古帝國征服南宋，和南宋軍民的奮起反抗大約在金亡後的兩年。蒙古軍隊決定進攻南宋，他們開始在四川、湖南、安徽等地都做了試探性的進攻。此時雖然蒙古軍事力量已經強大到世界之最，但是他們遇到了世界上最強大的對手。由於兵力不足，蒙古軍隊的進攻全部被擊退。蒙古帝國發現，長江中下遊地區因為河流眾多，蒙古難以發揮騎兵優勢，而且防守其地的孟珙、趙葵、杜杲都是非常優秀的將領，組織防禦合理，多次擊敗蒙軍的進攻。因此窩闊台決定采用先進攻離南宋政治中心遙遠的四川，再沿著長江向下遊進攻南宋的戰略。最初的幾次進攻被四川優秀的低級將領曹友聞以少勝多，大敗而回。窩闊台組織集結了更大規模，號稱八十萬的軍隊，準備一舉將四川拿下。曹友聞聽到消息，竭力主張在四川前線險要山區搶建工事，然而不被製置使趙彥呐接受。曹悲歎時運不濟，和部下頑強戰鬥到死，其部全部被殺害。此時四川平原完全敞開，任由擁有眾多騎兵和大砲的蒙古軍隊在平川上大肆殺掠，隻有極少數州縣幸免。宋朝完全失去四川巨額財政收入。在暫時的停滯後，蒙軍深入成都，直撲重慶，被南宋名將孟珙率領軍隊擊敗。此時宋理宗需要孟珙鎮守襄樊重鎮，就十分認真地物色另外一個人物防守四川。經過仔細考慮，理宗破格提拔一個很能幹的人物餘玠。他利用複雜的地形，采用了高超的堡壘戰術，使得四川防守不但相互呼應，而且還可以不間斷地生產。在穩固防守的基礎上，他一步步逼近蒙軍，用了大約十年時間，一點一點地把四川平原收複回來，還對漢中地區采取了攻勢。可是餘玠居功自傲，使得理宗厭惡他，就撤了他的職，讓平庸的尹餘晦代替他，餘玠聽到消息，憂鬱而死。由於餘玠在四川防守固若金湯，蒙哥決定首先采用蒙古慣用的迂回包抄的故伎，派弟弟忽必烈率五萬人二十萬匹馬繞道南下，征服大理，企圖在大理亡國後用其做跳板，在背後攻擊南宋。可是此戰略並不成功。蒙哥方向軍力浩大，席卷了整個四川平原，最後圍殲長江流域的堡壘。可是四川軍民英勇不屈，餘玠的副手王堅指揮軍民堅守合州，誓死不降，蒙哥下令強攻，結果在指揮的時候，被拋石機拋來的亂石砸傷，不久死亡，其大將汪世顯也喪生。蒙哥死後，其親屬紛紛回蒙古爭奪汗位。忽必烈因害怕汗位被奪，正要回師，剛好賈似道前來求和，希望劃長江為界，正中忽必烈下懷，雙方簽訂和約。此時，旭列兀血洗了巴格達和伊拉克地區，大肆殺掠，破壞兩河流域水利係統，正在進攻敘利亞和巴勒斯坦，幾乎已經完全征服阿拉伯。可是他為爭汗位，把主力撤兵回蒙古，隻留下少量軍隊在西亞，結果在埃及的殘部被馬木留客擊敗。所謂蒙古軍第一次被擊敗的原因，是實際上是保衛釣魚城戰役勝利造成的。不幸的命運卻被推在了中國人民的身上。理宗的大舅子賈似道防守長江流域，此人的專長是陷害同事以獲得權力，這次蒙古撤軍，他竟然虛報戰功，隱瞞自己求和真相，謊說是蒙古撤軍，因為自己的指揮有方，擊敗了蒙古軍隊，結果理宗大喜，把所有的權利都交給了賈似道。賈似道趁機迫害幾乎是所有在抗蒙戰爭中立功的將領，把他們撤職、查辦，甚至殺害。
忽必烈在蒙古境外宣布自己被推選成可汗，使得蒙古分裂成為兩個政權。經過大約十年內戰，忽必烈利用漢地物質資源的優勢，取得了勝利。忽必烈利用儒家，是因為他意識到，如果不采用這種欺騙性的手段收買漢奸為其效勞，那麼蒙古征服中國的野心就會失敗。而當時儒家所關心的是儒術是否被尊崇，而不是誰來統治這個國家。
本來蒙古人進攻南宋的困難是因為南宋被一個水網保護層圍住，他們的騎兵不能繞到後方搶劫，破壞後勤。劉整投奔蒙古人後，被委以重任。他製定了一個在長江流域建立水軍，搶先修築堡壘的計劃，被忽必烈采納，並讓他指揮完成。劉整用堡壘封鎖了襄陽的水路後勤補給線，造成襄陽幾年後失守，水網被打開缺口，蒙古人就可以用騎兵長驅直入。而南宋經濟被四十多年的戰爭拖垮，在奸臣賈似道的統治下沒有士氣、無心戀戰，被蒙古攻克。蒙古人用兩年時間輕易通過那些南宋其它地區，攻克了臨安，宋皇後下令投降。可以說，南宋的滅亡是亡在賈似道的手裏。
臨安政權投降後，抵抗蒙古的鬥爭並沒有停止。在蒙軍在江南節節勝利的時候，消息閉塞的四川卻在王堅的副將張鈺的指揮下，逐漸收複四川的領土。蒙軍重兵圍剿，互有勝負。劉整雖招降幾個城市，也未使得四川軍民屈服。最後是投降的皇後和宋幼帝的手諭，才使得絕大多數守軍氣餒投降。張鈺誓死不祥，在合州戰鬥中犧牲。
與此同時，文天祥、張世傑、陸秀夫等人也試圖在廣東沿海組織新的南宋政權。公元1279年，忽必烈派張弘範率重兵征討廣東，消滅了南宋在廣東的數十萬軍隊，於是出現了文章開頭的一幕。南宋徹底滅亡，一段世界上最偉大的中國文明也隨之滅亡了。
由於中**民英勇抵抗了幾十年，蒙古貴族不得不采用了停止種族滅絕和野蠻搶劫，召納漢奸的手法來獲得更多的利益。這樣才使得中國南方地帶的人民沒有遭到像中亞、中國北方和四川那樣的種族滅絕的慘禍，中國南方地區沒有遭到中國北方那樣的徹底毀滅，在一定程度上保持了過去的繁榮。中國沒有被蒙古破壞乾淨，是中國人民英勇抵抗的功勞，絕不是蒙古強盜慈悲心軟的功勞。馬可•；波羅在中國見到的繁榮，是蒙元沒有破壞幹淨的結果，而絕不是像今天某些顛倒黑白的曆史學家說的那樣，是蒙元帝國治理的結果。