這幾個月中，鍾懷遠蘇州、徐州來回奔波巡視各軍、處理烈殿事務。進入五月，鍾懷遠傳令各軍加緊操練，準備再度出征援北，同時征調糧草、營帳、兵刃、弓箭等，待諸事安排妥當已到六月初。
徐州各軍都已做好出征準備，隻等鍾懷遠令下。正在此時一個驚天的大事發生了，六月十九日黃河在河南蘭陽北岸銅瓦廂再度決口改道了。此次決口，改道河水先流向西北，後折轉東北，奪山東大清河入渤海。河決之後，河水將河道衝擊達七八十丈，一夜之間，河水北瀉，河南、直隸、山東三省的許多地區頓被殃及。直隸的開州、長垣、東明等州縣，山東的大清河兩岸都成了河水泛濫的區域，再加六月下旬至七月上旬連日大雨如注，袞州西北一帶皆受水災，水流到處一片汪洋，近百萬百姓流離失所，林鳳祥、李開芳困守之地皆在大清河以北，改道處船隻全無，北上之軍無法渡河援救。鍾懷遠長歎一聲，站在徐州城頭向北望了三日，令各軍操練不得鬆懈後，自帶參護、親衛回蘇州去了。
剛過鎮江，鍾懷遠就接徐州急報，大批黃河改道所致災民數萬之眾扶老攜幼已抵徐州，如何安置需烈王示下。鍾懷遠沉思半響，回令鍾懷山、劉達可在徐州各縣建男行、女行，派出兵士協助集中搭建茅屋、木屋以避風雨，劃分田地、糧種令其勞作，先期設場布粥，須得妥善安置。未料剛到蘇州數日，又接徐州急報，鍾懷山、劉達叫苦不迭，清妖不整河道，越來越多災民南下，進入徐州災民已達三十餘萬，聽說後麵還有大批，徐州田地早已劃分完畢再無可分，三十多萬張口吃下來不到半月即將糧盡。
鍾懷遠召集曾立昌及烈殿各部尚書商議，吏部尚書孫幕宗道：“烈王殿下，此次黃河改道、河水泛濫之災民怕有百萬，山東災民南下所向多是江蘇，此類災民占十之六七，僅我江蘇一省是無法負擔啊，若以之前徐州所行之法，未至秋收我軍將糧盡。”鍾懷遠不悅道：“難道要阻止災民進入江蘇嗎？”“烈王殿下，非也，若行此舉對殿下聲譽將有大礙。如今之計惟有開設屯田以安置災民。”遂提議在徐州、淮安兩府實施軍屯安置災民，同時南遷二十萬災民至嘉興、湖州、鬆江三府屯田，沿途各軍負責途中搭建粥場布粥事宜，再進入江蘇的災民就安置在揚州、鎮江、常州一帶。眾人皆讚同，當即鍾懷遠下令依此辦理，由孫幕宗調派各地鄉官、沿途聖軍。直到八月，進入江蘇的災民達到七十萬之眾，孫幕宗一一安置在各處屯田，派發農具、糧種，施藥布粥，眾人皆感鍾懷遠大恩。