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4月28日，星期六，拂曉前2小時，2艘運輸艦（威尼斯、熱那亞各1艘）帶著神聖的使命悄然駛出了佩拉的城牆；2艘威尼斯帆船緊隨其後。這些船配備了40名槳手，負責指揮的是特雷維桑和紮卡裏奧·格廖尼（Zaccario Grioni）。隱藏在其中的3艘小型劃槳船（另外還有一些小型火攻船），每艘配備了72名槳手，由賈科莫·科科親自指揮。需要注意的是，這次行動配備的水手和槳手幾乎都是經驗豐富者，如果這些人大部分喪命，對拜占庭來說會無力承受——這個帝國將很難在短期內訓練出這樣的人才了。另外，在這支艦隊出發前，不知道為什麼在佩拉的一座高塔上升起了一團火焰。難道他們不知道會再次提醒敵人嗎？一種說法是有人在給土耳其人發送暗號。
當這支船隊快要靠近奧斯曼帝國的艦隊時，一切出奇的安靜，仿佛土耳其人根本就沒有防備似的。4艘大船放慢了速度，緩緩前行。此時賈科莫·科科比任何人都緊張，他甚至按捺不住自己等待時機的心情了，因為他知道自己乘坐的小船速度絕對可以輕易地超過這4艘大船。不過，也有可能是他知道這個計劃已經泄密了，為了搶時間，為了那份榮耀，他突然命令自己的劃槳船越過大船徑直地向奧斯曼帝國的艦隊衝去。
在這千鈞一發之際，土耳其人的岸炮突然開火，賈科莫·科科乘坐的船在炮擊中未能幸免，被擊中後迅速沉入海底，隻有少數水手泅渡上岸，其餘人包括科科在內都葬身海底。這位在帝國最危難的時刻挺身而出的英雄就這樣犧牲了。剩餘的船隻也處在危險的境地中，2艘運輸船被多次擊中，傷痕累累，水手們忙於滅火，自顧不暇，導致一些小船紛紛被擊沉。土耳其人集中火力轟擊特雷維桑所在的船，好在有羊毛或棉花護衛著側舷，避免了致命的傷害。然而，有2發炮彈擊中了船艙，導致船艙進水。無奈之下，特雷維桑隻能下令棄船，登上小船逃生。這時候曙光初現，海麵上一片朦朧，土耳其人的艦隊主動出擊。拜占庭剩餘的船隻開始組織還擊，並擊毀了1艘敵艦，經過大約90分鍾的激烈戰鬥後，他們終於退回了錨地。有近40名水手落入土耳其人手中，作為懲罰，蘇丹在當天晚些時候給予了他們極其殘忍的刑罰——穿刺，而拜占庭皇帝也進行了報複，260名土耳其戰俘被全部梟首示眾。
雖然“科科計劃”失敗了，但這次海戰再次證明了拜占庭海上力量的強大，奧斯曼帝國並沒有完全掌握金角灣的製海權。不過，失敗的火攻計劃中損失了九十多名優秀的水手無疑是最讓人心痛的。
現在，金角灣的港口區已經不再安全了，海牆也將麵臨炮擊的威脅。對拜占庭而言，金角灣的港口門戶一旦打開，就像1204年十字軍從海牆一側破城後發生的悲劇那樣，這座都城很難再保持禁閉的安全狀態了。更棘手的問題是：如何分配有限的兵力守衛漫長的戰線呢？
此時的穆罕默德二世心情很好，因為他可以將半數艦隊運到金角灣了。對拜占庭而言，補給也越來越困難，熱那亞人依然保持中立，且態度十分曖昧。有些熱那亞商人繼續向君士坦丁堡輸送物資，或許出於某種同情，極少部分熱那亞人直接加入到守衛君士坦丁堡的戰鬥中，還有些熱那亞商人在與土耳其人進行貿易的同時，借機竊取情報獻給拜占庭。特別讓人感動的是，佩拉竟然允許拜占庭將海鏈的一端係在它的城牆上，而厲害的熱那亞水手也暗中給予一些幫助。這些都是雪中送炭，雖然未必能扭轉整個戰局，但熱那亞人的此般表現還是被視作個人英雄行為。對大部分熱那亞人而言，他們沒有感受到眼前的威脅，因此，中立或漠不關心的人占據了大多數。
依據威尼斯海軍醫生尼科洛·巴爾巴羅的描述，希臘人和威尼斯人對熱那亞人的這種曖昧態度以及之前的諸多行為早已心生芥蒂，但佩拉或者說熱那亞人在他們眼中已經“淪為叛徒的大本營”。拜占庭的局勢越來越危險，甚至海上的戰事也是如此，這不能不讓拜占庭覺得要麼是蘇丹在佩拉安放了耳目，要麼是熱那亞人充當了眼線，做著卑劣的勾當。100
對穆罕默德二世而言，他現在還不能與熱那亞人翻臉，他深知翻臉的結果是喪失製海權。就算現在突襲佩拉地區，他也沒有勝算。因此，他現在唯一能做的就是嚴守金角灣海域，讓那些願意為拜占庭解決燃眉之急或輸送情報者再也不能輕易而為了。除非熱那亞人一改中立的態度，而他的密探已經給了他一個讓人寬心的情報，佩拉當局絕不會與蘇丹為敵，中立態度將持續下去。
根據喬治·斯弗蘭采斯的描述，奧斯曼帝國艦隊進入金角灣後，大大方便了“蘇丹與駐守佩拉附近的紮加諾斯帕夏及博斯普魯斯的海軍總部的聯係。當時土耳其人在金角灣一帶隻有一條迂回的道路，雖然利用海岸的淺灘也有捷徑，但交通依然不便。而現在既然土耳其艦隊已經進入海灣，蘇丹就可以修建橋梁橫跨海峽，直抵城市的海牆。這是一座浮橋，由大約上百隻縱向捆綁在一起的空酒桶連接而成，每對浮桶間略有空隙，上麵鋪設橫梁及厚木板。此橋可供五名士兵並排而行，還能通過重型車輛。浮橋兩側輔以浮動平台，上麵安放大炮。於是軍隊在大炮掩護下可以在佩拉區與君士坦丁堡陸牆之間通行無阻，同時大炮還可從新的角度轟擊布雷契耐區”。101
雖然土耳其人沒有立刻著手與海鏈內的拜占庭艦隊展開決戰，可是金角灣的製海權基本上已經不屬於拜占庭了。心急如焚的君士坦丁十一世召開了緊急秘密會議，決定派出一艘快船，經達達尼爾海峽南下尋找威尼斯大使米諾托許諾過的威尼斯增援艦隊（之前大使曾表示與君士坦丁堡共存亡，並致信催促威尼斯盡早派出一支艦隊），希望能在某處海麵上找到這根救命的稻草。
這支艦隊會帶著承諾出發嗎？如果出發了，是否已經晚矣？
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早在1月26日，威尼斯大使米諾托就已經向威尼斯政府申請援助，然而迄今仍無回音。實際上，這份申請在2月19日就已經收到了，而且威尼斯議會也專門討論了此事。根據喬治·斯弗蘭采斯的描述，可歎的是威尼斯高層竟然還以為君士坦丁堡固若金湯——雖然已經意識到了拜占庭麵臨的威脅。因此，決定派出支援艦隊的日期從2月19日一直拖延到了6月5日。
不過，拜占庭派出去的那艘快船一直沒有尋找到威尼斯增援的艦隊。他們的足跡遍及了愛琴海上的各個島嶼，他們心急如焚、熱切期盼，可什麼都沒有看到，除了藍藍的海水，除了孤獨的地平線。船長說：“我們該何去何從，是回去羊入虎口，還是舍棄都城、舍棄妻兒逃生？”大多數人都一致回答一定要回去，回去告訴他們的皇帝是他們的職責所在。根據喬治·斯弗蘭采斯的描述，當他們拖著疲憊的身軀回到君士坦丁堡，君士坦丁十一世接見了他們，在聽完他們的陳述後，眼含淚光，對他們深表謝意。隨後，他沉默了片刻，然後悲哀又決絕地說道：“這座城市隻能依靠自己，依靠基督、聖母與建城者聖君士坦丁的保佑了。”102
上帝是真的要拋棄君士坦丁堡了嗎？是否真如那個可惡的金納迪奧斯所說，當他看到“蜘蛛在凱撒的宮殿中織網”，聽到“梟鳥在阿弗沙市的城堡上挽歌”；當黑色餘燼散盡，他是否會有一絲懺悔？
一些異樣偏偏在這個時候出現，它們都被解釋為上帝已經狠心地拋棄了君士坦丁堡。人們在這樣的情境中輕易想起了那則可怕的預言：帝國將亡於和最初的基督教皇帝君士坦丁同名的皇帝之手，並且他們的母親都叫海倫娜。另一則預言是：帝國在滿月漸漸成形時是不會滅亡的。可怕的異象來自後者，因為自5月24日滿月後，天空中的月亮就隨即轉缺，意味著危險也將到來——之前月滿，人們的士氣高昂就是受到它影響。在滿月的當天夜裏，出現了長達3個多小時的月全食。受到月食打擊的人們在得知不會有援軍到來的消息後，於次日手捧聖母像在君士坦丁堡街頭遊行，當遊行隊伍莊嚴地緩緩前行時，一個讓所有人都驚恐的事情發生了——聖母像不知為何“突然從擺放的銅製平台上滑落下來”，當人們“慌亂地趕去準備扶起畫像，卻發現它猶如鉛一般沉重，需幾人合力才將它搬回原處”。實際上，聖母像並不沉重，因為它是木製的，之所以感到它沉重，很可能是與慌亂、恐懼，甚至是絕望的心理緊密相關。103