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奧斯曼帝國的艦隊出師不利。
在馬耳他大圍攻開始之前，騎士團團長就做好了相應的情報工作，這些商人扮演著雙重角色，利用身份之便搜集情報。另外，土耳其人大規模的軍事行動，也會引起沿途居民的注意。實際上，在馬耳他大圍攻期間，惡劣的海洋氣候或多或少幫助到了騎士團。這樣看來，土耳其人的出師不利也在情理之中。
根據伊斯坦布爾當地商人、漁夫以及看見艦隊路過的商船提供的消息，這支龐大的艦隊曾遭遇了風暴，一些船隻被吹向沙灘，其中一艘連同船上的1000人全部葬身海底，另一艘連著幾門火炮以及8000桶火藥也沉沒了。無論這樣的消息是真是假，都不會讓騎士團團長德拉瓦萊特心裏有任何一絲懈怠，當然也不會阻擋奧斯曼帝國艦隊前進的步伐。
上麵的消息對騎士團而言也並非一點用處沒有，至少團長德拉瓦萊特了解到敵方的兵力是如此強大。曆史學家到現在也沒能知道土耳其人出動的確切兵力，但保守估計在3萬～4萬人之間。需要說明的是，這些數字是指訓練有素的作戰人員，不包括水手、奴隸、後勤人員。在訓練有素的作戰人員中，有6300餘名作戰能力超強的禁衛軍，而這一時期的帝國禁衛軍總人數約為4萬。因此，我們有理由推測，參加馬耳他大圍攻之戰的禁衛軍一定是精銳中的精英。
土耳其人的兵力構成和武備情況，布拉德福德著作中的描述簡直讓人驚歎：“大約9000名來自安納托利亞（大致相當於今天土耳其的亞洲部分）、卡拉曼尼亞（指舊時的卡拉曼公國區域，這是位於安納托利亞高原的一個小公國，後為穆罕默德二世所滅）和羅馬尼亞的西帕希（西帕希在波斯語中意為軍隊，屬奧斯曼帝國的軍事封建地主騎兵，其地位相當於歐洲的騎士）構成了軍隊的主體。另外有4000名非正規軍，他們是一支由宗教狂熱者組成的特殊部隊，被訓練成了屆時衝向城牆缺口的敢死隊。軍隊的主要人員是4000名誌願兵和5000名應征兵。大量的希臘叛教者、黎凡特人和猶太人也乘著他們自己的船隻或特許船跟隨著艦隊……除了搭載這些部隊以外，艦隊還運載著8萬發炮彈，1.5萬公擔（1500噸）用於火炮和圍城武器的火藥，以及2.5萬公擔用於火槍和小型武器的火藥……港口的軍需官也沒有忘記軍隊將要宿營地區的地形，準備了一袋袋的羊毛、棉布、繩索、帳篷和許多馬匹以供西帕希使用，還從商人那裏采購了船帆和給養。”
穆斯塔法帕夏的主力艦由無花果木打造，名為“蘇丹娜”號，船長是一名在東部地中海有“島間蘇萊曼”稱號的海盜，曾在巴巴羅薩手下服役，令人生畏。皮雅利的旗艦是一艘有34排槳位的加萊船，整艘船顯示出黃金般的榮耀，被譽為“博斯普魯斯海峽上所能見到的最大最美麗的船”。
與此同時，馬耳他群島上的騎士團也做好了所有準備。值得一提的是，“所有位於比爾古和森格萊阿的城牆之外的建築都被夷平，這樣狙擊手便沒有了藏身之處”。7艘槳帆船有2艘駛向了墨西拿，剩餘的5艘中有3艘安置在聖安傑洛堡後方的護城河上，2艘被鑿沉在比爾古外部的水域裏，它們是“聖加百列”號和“庫羅納”號，在必要時可以被打撈出來使用。島上的居民將所有的牲畜和能上繳的蔬菜等物放置在比爾古與姆迪納的高牆內，這樣做是為了讓入侵者無法在島上獲得物資補給。
騎士團團長德拉瓦萊特下了一道命令，讓不能作戰者遷入姆迪納避難，他認為比爾古極有可能最先遭到攻擊，同時也是為了騰出活動空間，避免城堡擁堵不堪。在比爾古城堡的外圍，即東南麵的海域常被入侵者青睞，因為那裏有天然良港馬爾薩什洛克（Marsaxlokk），寬闊的港灣對於奧斯曼帝國艦隊而言——尤其在整個夏季——是最好的避風處。一旦土耳其人的艦隊在那裏得到庇護，將對城堡產生巨大威脅。
承受第一輪攻擊的是聖艾爾摩堡，之所以這樣說，是因為德拉瓦萊特經過慎重分析，認為該堡北邊的馬薩姆塞特港是一個非常好的駐泊錨地。如果土耳其人的艦隊進行突襲，一旦突破就能長驅直入這個入口，以往圖爾古特和其他海盜都是從這裏突破到島內的。因此，聖艾爾摩堡的防禦力顯得非常重要，況且它還是新修建的，未經過實戰檢驗。即便土耳其人的艦隊不從馬薩姆塞特進行戰略突破，而是從大港灣發動攻擊，聖艾爾摩堡依然躲不過第一道攻擊。因此，這座城堡肩負著第一道防線的重任，必須給予盡可能多的守軍。西西裏總督曾許諾的1000名援軍，最終隻來了200名，由唐胡安·德拉塞爾達（Don Juan de la Cerda）指揮。德拉瓦萊特將這裏的守衛重責交付給一位來自皮埃蒙特（Piedmont）的七旬老將路易吉·布羅利亞（Luigi Broglia）。他知道這位將領無論勇氣還是經驗均讓人佩服，是能夠勝任統禦官一職的。為了安全起見，他最終派了西班牙騎士胡安·德瓜拉斯（Juan de Guaras）作為副指揮官進行協助或支援。另外，還有來自其他區域的46名騎士誌願者加入到這座城堡的守衛中。
議會上有人建議放棄姆迪納和戈佐島上的城堡，這樣可以節省出兵力到大港灣區的重要防禦據點。但是，睿智的德拉瓦萊特認為守衛這兩個地方的城堡具有防止被入侵者襲擾的作用，絕對不容忽視。而最重要的還在於可以保存島上最後的防禦力量，不能讓騎士團的所有戰鬥力量在第一輪或多輪的殘酷戰鬥中消耗殆盡，他們將作為隱藏的力量在至關緊要的時刻發揮作用。如果土耳其人將大本營設在馬耳他島的南部，那麼騎士團就必須要確保與馬耳他北部、戈佐島、西西裏島的聯係，因為這將是外援或者是退路的保障。多種可能性，騎士團團長都考慮到了，並做了盡可能合理的布局。
德拉瓦萊特知道這場戰爭有多麼的殘酷。他甚至想到過自己即將死亡，再也不能和騎士團的兄弟們並肩作戰了。為此，他召集了所有的成員，並對他們做了最後的講話：“即將打響的戰役是兩種信仰之間的對決。異教徒的大軍對我們的島虎視眈眈。我們是基督千挑萬選的戰士，如果天主需要我們殺身成仁，此時此刻便再好不過。那麼，我的兄弟們，讓我們不再猶豫，走向聖壇。在那裏我們將重申誓言，以聖禮重鑄信仰，以信仰視死如歸。誠既勇兮又以武，終剛強兮不可淩。”
同樣，土耳其人也士氣高漲，他們高喊：“啊，真正的信徒們，當我們與異教徒狹路相逢的時候，不要把後背留給敵人。無論是誰，如果背敵而逃，都將招致真主的怒火，他將在地獄永無寧日。”154
5月18日，那天是星期五，土耳其人的攻擊開始了。
奧斯曼帝國的艦隊在離馬耳他島24千米的時候，聖艾爾摩堡和聖安傑洛堡的瞭望哨均發現了這支龐大的艦隊，它們正從東北偏東方向壓過來。當時，正值黎明破曉時分，海麵上薄霧逐漸退散。瞭望哨發現敵方艦隊以扇形隊形前進，平靜的海麵上因船槳上下翻飛而激起一道道波痕。哨兵當機立斷，向島上發出警戒的炮聲。3聲炮響後，島上的人看到炮口散發出的濃煙，所有人快速行動起來。
土耳其人的艦隊離島不足800米了，它們分為3隊向海岸駛來。行駛到懸崖峭壁的背風處，即姆賈爾（Mgarr）村稍微偏北的地方，艦隊開始拋錨。令人奇怪的是，他們並未發動攻擊，直到淩晨前的幾個小時，有30多艘戰艦開始起錨，並轉向南行駛。騎士團團長命令騎兵隊密切關注艦船的動向。
從土耳其人的艦隊試圖攻擊的方向來看，並不是騎士團團長預料的那樣，因此他長時間地感到疑惑憂慮。他一度懷疑土耳其人是佯攻，直到夜晚看到敵方艦隊從原路返回了馬爾薩什洛克，他心中的疑慮才打消。真正的戰鬥如他所料將在南部展開。
為了消耗或打擊土耳其人的戰鬥力，德拉瓦萊特下了一道投毒的命令，人們分成若幹小隊向馬爾薩什洛克地區低地的水井投毒。大量大麻、亞麻、苦菜還有糞便被扔進水坑、井裏以及泉眼裏。如果有人飲用了這樣的水，就會引發痢疾的傳播。讓人不解的是，即便如此，土耳其人仍然在飲用著馬爾薩什洛克的水源。或許他們並未意識到這將有多麼可怕。
在聖安傑洛堡與森格萊阿之間有一道狹長水域，騎士團充分利用了它的防禦價值，在其頸部位置橫起了一道巨大的鐵索，仿佛同金角灣那裏的鐵鏈如出一轍，借著特殊的地理位置保衛著重要的城堡。將這裏的入口封鎖住，就可以防止任何來自海上的攻擊。而這條鐵索的質量將起到至關重要的作用，它由當時一流的兵工廠——威尼斯兵工廠純手工打造，長度超過200米，每一個鐵環花費了10個金杜卡特，總造價就可想而知了。騎士團在聖安傑洛堡的底部建造了一個專門的平台，那裏有一個大型絞盤控製著鐵索。鐵索的另一端則固定在森格萊阿一側的巨錨上，巨錨原屬羅得島的克拉克大帆船，它是騎士團的旗艦。巨錨被深深地嵌入岩石中，並用石壘加固，用穩如泰山來形容也不為過。
現在，這道巨大的鐵索將發揮其作用。騎士團命令許多奴隸推動絞盤提升鐵索。按照布拉德福德的說法，隨著鐵索“破水而出（和平時，鐵索沉入比船隻吃水略深的深度），馬耳他船夫們劃著小舟搭起了木質浮橋，每隔一定距離就把浮橋與鐵索綁牢，如此一來就構建起一道堅不可摧的屏障，以防任何突襲者闖入。浮橋還能使鐵索浮在水麵上，避免鐵索中段鬆弛或下沉”。
“至此，無論是在陸上還是海上，比爾古和森格萊阿所處的兩個海岬均已對侵略者嚴陣以待。”
等待是緊張而刺激的，這種心緒直到5月20日，奧斯曼帝國發動攻擊。
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19日，周六，午時，土耳其人開始在馬爾薩什洛克登陸。前衛部隊沒有受到阻撓在南部登陸。隨後主力艦隊全部調頭轉向南，到午夜時分，所有艦隊駛向了馬爾薩什洛克的錨地。
在白天已經登陸上岸的土耳其人大約有3000人，其中有1000人是驍勇的禁衛軍。他們的任務是快速掃蕩距離海岸2.4千米的澤敦（Zejtun）村，奪取那裏所有的牲畜和農作物。然而，土耳其人的計劃落空了，就連莊稼也未曾得到一點，因為農民早已將其收割完了，這得益於騎士團團長的先見之明。氣急敗壞的土耳其人在麵對一片荒蕪的鄉村準備撤離時，馬耳他一方的大元帥德科佩爾（De Koppel）派出的一支監視馬爾薩什洛克和澤敦村北部地區之間道路的騎兵與土耳其的先鋒巡邏隊遭遇。雙方發生小規模戰鬥，土耳其人依靠兵力優勢獲勝，另一方傷亡數人後迅速撤離。土耳其人俘獲了兩名騎士團成員，一名是因傷被俘的法國騎士阿德裏安·德拉裏維埃（Adrien de la Rivière），另一名是葡萄牙新兵巴爾托洛梅奧·法拉內（Bartolomeo Faraone）。
5月20日，真正的戰鬥開始。穆斯塔法的主力部隊於這天早晨登岸。隨後，穆斯塔法開始審訊兩名俘虜，詢問他們馬耳他的防禦情況。兩名勇敢的騎士一字未說，他們知道穆斯塔法的行事風格，說與不說都是一個字“死”。然而，酷刑之下有多少人能堅守不渝呢？最終，兩人供出了騎士團防禦最弱的區域——卡斯蒂利亞（Castile）。因此，穆斯塔法決定對該區域進行試探性進攻。
接下來的幾場戰鬥都是試探性的，雙方不分上下，傷亡都不小。土耳其人明白他們遇上勁敵了，這場圍攻戰注定血肉橫飛，慘烈不已。畢竟雙方都是抱有某種信仰而戰，特別是伊斯蘭教徒的狂熱如火一樣熾烈。這些試探性的戰鬥，譬如土耳其人的一個前衛分隊在馬爾薩什洛克尋找水源的時候，騎士們從姆迪納附近的山坡呼嘯而下，就像切西瓜一樣將土耳其人殺得屍橫遍野。與此同時，土耳其人不受阻礙地在馬耳他島的整個南部地區完成了部署。
我們不禁會產生疑問，依據圍城戰防禦一方的通常使用戰術，在敵方登陸的那一刻發動一輪攻擊是能收到不錯的戰果的。德拉瓦萊特卻未采用這樣的戰術，一些曆史學家對此感到迷惑。實際上，騎士團團長沒有采用此戰術是明智之舉，因為對一座要塞而言，重要的是要讓一支小部隊承受住占據絕對優勢的敵軍的輪番攻擊。
德拉瓦萊特非常清楚這一點，在這場艱苦卓絕的圍城戰中，島上能夠作戰的士兵人數不會超過9000人，而奧斯曼帝國一方卻有至少3萬名士兵。如果貿然出擊，就等於放棄了城堡的庇護，在寬闊的外圍進行作戰，無論這點兵力有多麼驍勇，最終都會寡不敵眾。但是，如果守軍在城堡內采用了正確的戰術，是有可能最終取勝的。這個道理，在三國時期的曹魏和蜀漢之間同樣得到了體現，司馬懿堅守不出，諸葛亮也無計可施。聖約翰騎士團身經百戰，擁有豐富的要塞防禦戰術及經驗，隻有把戰場放在堅城高壘的後方，騎士們才能抵抗強大的土耳其人。
穆斯塔法將全軍分為三部，左翼為馬爾薩什洛克地區，右翼正對著森格萊阿，中軍緊靠科拉迪諾。另外，守軍防禦力量最強的一段在卡斯蒂利亞，那裏配置了許多火炮，給予禁衛軍沉重打擊，傷亡巨大。穆斯塔法這才發覺被兩名俘虜欺騙了，他怒不可遏地下令用大棒將他們活活打死。
在第一輪的真正交鋒中，騎士團大獲全勝，兩名被俘的基督徒做出了重要貢獻。接下來，土耳其人就選擇進攻地點產生了爭議。穆斯塔法的戰略是以強攻的形式迅速拿下馬耳他島北部和戈佐島，然後再揮師攻打姆迪納，一旦這一作戰目標達成就可以進攻比爾古和森格萊阿。至於聖艾爾摩堡，他認為隻要利用艦隊的一部封鎖住大港灣就可以了，另外一部則在海上阻擊援軍即可。這種海陸協同作戰的思想是非常明智的，然而，穆斯塔法的戰略被皮雅利給推翻了。他認為最大的威脅在於馬爾薩什洛克，因為那裏的運輸船極有可能會遭受到攻擊，這是帝國在這場戰爭中取勝的命脈，決不能讓其受到一點傷害。並且，他也不同意將艦隊布置在馬耳他島、戈佐島的東部和東北部沿岸海域。因此，他十分嚴厲地指出，保護帝國艦隊比什麼都重要，在發動攻擊之前一定要將艦隊放置在一個真正安全的錨地。也就是說，艦隊不在大港灣駐紮的話，隻有駐紮在馬薩姆塞特了。
皮雅利之所以會如此堅持自己的意見，主要是因為他認為在整個5月到6月期間馬耳他海域有來自東部或東北部的強風或者狂風的可能性。特別是格雷大風，這是地中海上一種非常可怕的東北風，無論多麼優秀的水手，都會在它麵前露出畏懼的神色。然而，皮雅利應該是過於考慮格雷大風的威脅了，並且對海上氣候的了解不夠深入。因為格雷大風在3月或者4月後就幾乎不再威脅到馬耳他了，其實將艦隊的錨地放置在馬爾薩什洛克是很好的選擇。
穆斯塔法非常不情願地接受了皮雅利的意見，他知道眼前這個年輕的將領與蘇丹皇室的關係，蘇丹已經把他當作最親近的人，甚至他還極有可能成為年輕的駙馬。穆斯塔法盡全力地做出了折中的計劃，為了能將艦隊放置在馬薩姆塞特，他必須要指揮部隊首先拿下聖艾爾摩堡。因為這座城堡的地理位置太特殊了，它俯瞰著馬薩姆塞特灣的入口。根據蘇丹派出的間諜提供的情報，聖艾爾摩堡的修建時間過短，因此它是不堪一擊的。得到情報的土耳其人自然內心竊喜，然而真正竊喜的應該是騎士團，他們正好可以利用這個時間對城堡進行加固，並優化防禦——土耳其人想要拿下聖艾爾摩堡必須先突破兩道防線，即比爾古和森格萊阿。騎士團團長立刻通知聖艾爾摩堡的守備官路易吉·布羅利亞，讓他做好抵禦第一輪攻擊的準備。為了確保這座城堡的安全，團長還增派了援軍——馬斯上校（普羅旺斯騎士皮爾埃·德馬斯奎斯·維爾孔）從墨西拿帶來的400名士兵（基於榮譽感和聖戰，其他區域的騎士加入到這場保衛戰中）剛剛到達。由此，聖艾爾摩堡的守備力量得到了加強。
我們不得不佩服聖艾爾摩堡的設計者。它是一個呈星形的城堡，有4個主要的突出部。為了抵禦炮火對城堡的正麵轟擊，設計者將正麵切割成棱堡狀。在臨海的方向有一座騎士塔，它被一道深深的壕溝分割開來，而另外一座小三角堡與騎士塔和城堡的主體相連，前者通過一座吊橋，後者則通過一座石橋實現。這樣看起來十分怪異的設計，充分考慮了堡址的特殊地形。因為希貝拉斯山的山頭十分荒涼，沒有任何掩體，也沒有任何可供挖掘壕溝的泥地。這就意味著，土耳其人擅長的挖地道攻破城堡的戰術很難得以實施。在羅得島圍攻戰中，騎士團曾吃過這樣的虧，現在不能讓悲劇重演。