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圖爾古特已經想盡了一切辦法來重創騎士團。
6月18日，在他做出最後一個建議——動用所有的力量切斷聖艾爾摩堡的對外通道，讓它成為一座死城後，他自己的生命走到了盡頭。
他的死，一個最主要的原因是他不屑於在基督徒的炮火下尋找掩體。那天，他正與穆斯塔法一起巡視新炮台和護牆的建設工作，突然一發炮彈落在他身邊。炮彈爆炸後，被擊碎的岩石塊擊中了他的右耳上方，他當即倒地，鮮血流了一地。後來一個土耳其逃兵將圖爾古特陣亡（重傷後拖了幾天才死亡）的消息告訴了騎士團。更讓穆斯塔法鬱悶的是，另一名高級軍官阿迦也被炮彈擊中陣亡（聖艾爾摩堡的指揮官安東尼·格魯諾指揮一門炮擊中了禁衛軍的軍需總監阿迦，他的軍階僅次於穆斯塔法本人），穆斯塔法試圖封鎖高級軍官陣亡的消息，但顯然也是徒勞的。
6月19日，守軍依然頑強地作戰，間諜告訴蘇丹5月就能拿下這座城堡，但實際上城堡已經堅守到了第二個月。當天夜晚，土耳其人完成了最嚴密的封鎖，團長再也不能輸送援軍進來了。
經過最後的慘烈作戰，聖艾爾摩堡於6月23日陷落。它在被徹底切斷所有外部援助後仍堅持了3天之久。聖艾爾摩堡保衛戰一共進行了31天，騎士們在勢單力薄的條件下創造了奇跡。
穆斯塔法終於拿下了這座堅固的城堡，但他付出的代價是慘重的。為了報複，他將俘虜全部處決159，除了5名騎士160，還有少量馬耳他民兵遊過大港灣得以幸存。關於土耳其人的陣亡人數一直沒有明確說法，根據多方記載進行估算，應該在8000人左右，而騎士團陣亡了1500人。
土耳其人的下一個進攻目標是森格萊阿，在這之前，騎士團迎來了一小隊援軍。這支援軍在聖艾爾摩堡陷落的那一天到達戈佐島北部海域，一共4艘船，他們從墨西拿出發，船上有42名騎士、25名誌願者、56名經驗豐富的炮手和600名西班牙步兵。
唐加西亞·德托萊多沒有食言，他從西西裏和意大利南部征募到了一些士兵。負責指揮這支援軍的是騎士梅爾基奧爾·德羅夫萊斯（Melchior de Robles），他執行的命令是，如果聖艾爾摩堡陷落就不能登陸，應立刻返回西西裏。不過，幸運的是，這支援軍得到聖艾爾摩堡陷落的消息已經晚了，因此他們在戈佐島西北部下了錨。隨後，這支援軍沿著島的西側前進，最後來到了大港灣水域附近。6月29日深夜，當時吹著西洛可風（地中海地區的一種風，受來自撒哈拉沙漠的東北信風的影響），這種溫暖的南風在6月很少見，但它偏偏出現了——對這支援軍來說，是非常幸運的。當西洛可風從非洲大陸跨海而來的時候，經常伴隨著厚重的海霧，整個馬耳他島就被厚厚的海霧籠罩。援軍就這樣不損一兵一卒，順利在比爾古上岸，直到第二天早上，土耳其人才明白發生了什麼，但悔之晚矣。
騎士團迎來這支援軍，可謂是“天降之喜”。而穆斯塔法加緊備戰，幾天時間裏，新增的80艘艦船出現在大港灣，這讓騎士團感受到更猛烈的進攻即將到來。
由於騎士團在聖安傑洛堡布置了重炮防禦，加之有鐵索的防護，土耳其人的艦船無法進入比爾古和森格萊阿之間的水域。但是，土耳其人的艦隊可以從南麵進攻森格萊阿。這表明，穆斯塔法將第一輪進攻鎖定在南麵。
7月初，進攻開始。
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在7月初的進攻之前有一段小插曲值得一說。
一名叫紮諾格拉的騎士正在森格萊阿的瞭望塔執勤，他突然發現希貝拉斯山腳下的海灘上有動靜。警惕的他立刻向德拉瓦萊特報告，團長立刻下令派出一艘小船前去查看。原來，海灘上有一名土耳其逃兵。此人身份不低，他來自拉斯卡裏斯（為方便敘述，下文就稱他為拉斯卡裏斯）這個古老且高貴的希臘家族，前後有3位拜占庭皇帝出自這個家族。他說他看到騎士們浴血奮戰，引起了他內心的掙紮，他痛恨自己已經與蠻族為伍，這些蠻族殺害了自己家族中的大部分親王，滅亡了自己的國家。君士坦丁堡淪陷後，他被土耳其人流放到邊荒之地生活。這次大圍攻，是蘇丹強迫他加入到戰爭之中的，他願意為守衛馬耳他盡自己的一份力量。
根據阿爾比的記錄，一共有3位騎士前往海灘，分別為錫拉庫薩人齊亞諾、普羅旺斯人皮龍、馬耳他人朱利奧。當4人準備離開的時候，土耳其人發現了他們，拉斯卡裏斯知道被土耳其人抓回去是什麼下場。3位騎士帶著他開啟了逃命之旅，直到森格萊阿的守軍前來營救。見到德拉瓦萊特後，拉斯卡裏斯將自己知道的一切告訴了團長：穆斯塔法會集中海上力量從海陸兩側對森格萊阿進行攻擊，而該海岬的南麵將是被重點攻擊的方位，當土耳其陸軍主力進攻聖米迦勒堡的時候，艦船會在森格萊阿的各個登陸點拋錨，也就是說，有大量船隻將從登陸點到海汊形成一道攻擊鏈。
破解穆斯塔法進攻的策略很快就得以執行——德拉瓦萊特下達命令，在沿海建立起一道柵欄，柵欄的堅韌度和厚度足以阻擋土耳其人的艦船靠岸。騎士們利用了9個夜晚的時間完成了任務——白天土耳其人的炮兵和火繩槍槍手在科拉迪諾高地（占據此處可以俯視森格萊阿）嚴陣以待。這道柵欄沿著森格萊阿一路延伸到堡壘的末端，由指向大海的木樁組成。木樁上安裝了鐵環，一根鐵鏈從中穿過。有些區域因為水太深而無法下樁，騎士們就用長帆桁和桅杆釘在一起。為了更加全麵地阻止土耳其人的船隻靠岸，德拉瓦萊特還下令在卡爾卡拉海汊建立起類似的柵欄，因為土耳其人的艦隊可以從大港灣的入口處攻擊比爾古的北麵城牆。這道防護柵欄沿著比爾古守軍中的卡斯蒂利亞、德意誌和英格蘭語區設立。不得不說，德拉瓦萊特對整個戰事的防禦工作做得非常到位，顯示了他卓越的軍事才能。
7月初，土耳其人的大規模進攻開始。大約有60～70門大炮分別從希貝拉斯山、蓋洛斯角、薩爾瓦多（Salvador）山和科拉迪諾高地發起了猛烈炮擊。這些方位的大炮能對聖安傑洛堡、聖米迦勒堡、比爾古和森格萊阿的村落形成交叉火力。最密集的炮彈落在了聖米迦勒堡和森格萊阿，看來拉斯卡裏斯沒有說謊。當穆斯塔法命令艦隊突入大港灣的時候，他發現了敵方的防護柵欄。於是，他下令在進攻開始前一定要摧毀這些木樁。
布拉德福德在著作中寫道：“一些水性好的土耳其人被專門挑選出來，在科拉迪諾山下的海岸邊下水，那道柵欄就是他們的目標……森格萊阿的指揮官德蒙在得知這一消息後，立即召集誌願者去驅逐土耳其人……他們翻過城牆，衝下水邊的礁石，赤條條地躍入海中向柵欄遊去。在清晨明亮的陽光下，平靜的水裏上演了圍城以來最為奇特的一場戰鬥。馬耳他人口銜小刀短劍遊了過去，土耳其人則揮舞著他們用來砍斷木柱的武器迎擊。雙方圍繞著工事的鐵索和木樁纏鬥，或是周旋於深水之中，或是立於柵欄之上，展開近距離的肉搏……血染水麵後，土耳其人溜之大吉，而勝利者則開始修複受損的工事。第二天早上，穆斯塔法派出更多的部隊乘船前來，並將船上的纜繩固定在這些木樁和槍杆上。這項工作完成後，纜繩的另一端被帶回並固定到科拉迪諾海岸邊的絞盤上。成群的奴隸開始用盡全身力量轉動絞盤。當纜繩從水麵升起時，大片大片的防禦工事也漸漸被連根拔起。馬耳他士兵再一次衝出森格萊阿遊向柵欄，到達防禦工事後他們抓住鎖鏈，跨坐在上麵並開始割斷土耳其人的繩索。第二次摧毀柵欄的嚐試同第一次一樣被挫敗。”
考慮到戰事緊迫，穆斯塔法決心不再拖延，以信仰的無窮力量激發士兵發動海上攻擊。3艘船載著伊瑪目進行聖戰禱告（穆斯林祈禱時，需由伊瑪目主持並引導，所有參加者必須按伊瑪目的要求完成祈禱儀式），他們穿著深色的長袍，向真主虔誠地禱告著。後麵則跟著大群的穆斯林首領、土耳其人和阿爾及利亞人，這些人衣著高貴的絲綢，上麵裝飾著金銀珠寶，精美的頭巾上鑲嵌著寶石，他們手上握著亞曆山大和大馬士革造的彎刀，而佩戴的非斯製（Fez，產地）火槍更是引人注目。
禱告完成後，第一波艦隊毫無畏懼地快速駛向柵欄，目的是要衝垮木樁和鐵鏈。但是，騎士團設置的這道防禦工事實在太堅固了，滿載士兵的艦船被掛在防禦工事上寸步難行。這時候，森格萊阿的騎士們利用火槍的射程和殺傷力優勢，對艦船上的敵人進行密集射擊。土耳其人死傷較多，在聖戰力量的驅使下，許多土耳其人跳入水中向海岸遊去，他們一隻手持以利器試圖砍斷木樁，另一隻手高舉過頭的盾牌，以防護子彈和燃燒彈的攻擊。這時，安裝在城堡的兩門臼炮本應開火阻止水中的土耳其人前進，卻因為炮手受傷未能射擊。即便如此，還是有不少土耳其人被火槍所傷或死亡。不過，水中活著的土耳其人完全置同伴的屍體於不顧，拚死衝向海岸並準備攀登城牆。
就這樣，有不少土耳其人登上灘頭，他們不等城牆出現缺口就拚死向前衝，目的是要向穆斯塔法證明他們有多麼英勇。這時，帶領援軍的德羅夫萊斯到達了比爾古，他命令部隊火速前往被土耳其人突破的灘頭地段，而城堡的火炮在猛烈轟擊，土耳其人死傷慘重，許多人被炸得血肉橫飛。但土耳其人依然不懼死亡，一部分人登上了胸牆與騎士們展開搏鬥，一些騎士不幸掉入牆下的壕溝裏，死狀極為恐怖。
與此同時，土耳其人在海麵上的進攻取得了一些進展。森格萊阿海基城牆一側的彈藥庫因炮彈引發的火星掉入其中而發生爆炸，守軍不得不退回到安全地帶，一段城牆也因爆炸倒塌滑落到水中。土耳其指揮官埃德利薩趕緊抓住這難得的機會，命令部隊快速衝向缺口。負責防禦該地段的騎士指揮官紮諾格拉立刻組織騎士進行反衝鋒，他身先士卒，率領騎士與土耳其人展開殊死搏鬥。不幸的是，他被土耳其人的火槍射殺，他的陣亡引起騎士們的恐慌。在這危急關頭，團長德拉瓦萊特的先見之明起效了——在兩個海岬之間連接的浮橋會起到快速迎來援軍的作用。失去指揮官的騎士們看到援軍前來，立刻不慌亂了，與敵人繼續展開殊死搏鬥。
海麵上，城牆下，炮火不斷，廝殺聲不絕於耳。
這時，一直在科拉迪諾山觀戰的穆斯塔法做出了一個重要的決定。原來，在這第一輪的攻擊中他還隱藏了10艘艦船，兵力大約有1000名，且全部為精銳的禁衛軍，這支隱藏的力量將在關鍵時刻發揮重要作用。現在，穆斯塔法認為時機到了——10艘載著禁衛軍的艦船在海邊嚴陣以待，隻要得到進攻的信號就從森格萊阿北部的尖端登陸，封鎖海汊入口，因為騎士團封鎖海汊入口的鐵鏈還沒有延伸到那裏。
穆斯塔法下達了命令，這10艘船穿過大港灣。看著漸漸消失在海麵的艦船，穆斯塔法似乎感到勝券在握。然而，他不知道的是，團長德拉瓦萊特在防禦設計中早就考慮到了此處潛在的威脅。一名叫舍瓦利耶·德吉拉爾（Chevalier de Guiral）的騎士“指揮著一個位於聖安傑洛堡下方與海麵持平的擁有5門大炮的炮台”，這個炮台極為隱蔽，因此被土耳其人的炮手和工程師忽略。這個炮台的設置就是為了阻止土耳其人的艦船闖入海汊，其炮位的布局非常有講究，可以全方位轟擊闖入者。當德吉拉爾看到闖入的船隻進入到射程時（炮台距離森格萊阿北端不到200米，因此負責此處炮台的騎士可以較為清晰地看到闖入者），他下令開火。對於突如其來的重炮轟擊，這10艘船猝不及防，隻有1艘狼狽逃脫，其餘的全部被炸得粉碎。
如果不是騎士團團長的先見之明，這10艘艦船成功闖入海汊，其後果不堪想象。穆斯塔法沒有意識到這支力量的毀滅性後果，反而繼續指揮軍隊發動進攻。聖戰力量驅使下的土耳其士兵繼續拚死進攻，其中厲害無比的阿爾及利亞士兵由哈桑指揮，他們衝擊著聖米迦勒堡，在城牆與騎士團士兵展開肉搏。