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腓力二世是決不能容忍像約翰·霍金斯和弗朗西斯·德雷克這樣的人肆虐的。他把這樣的行為看作是持久性的挑釁，況且，伊麗莎白一世還在1584年簽署了《無雙宮條約》。當然，這也是女王對腓力二世與亨利·德吉斯領導的法國天主教同盟簽署的《茹安維爾條約》的回應（詳情可了解法國宗教戰爭與西班牙入侵英國計劃相關的內容）。這一時期的英國和西班牙處於“冷戰”階段。
腓力二世在跨過“冷戰”階段後，決定以公開衝突的形式來解決兩國爭端。
一段時期以來，強勢的伊麗莎白女王站到了荷蘭的叛亂分子一邊，不僅為他們提供財政援助，還派出英國軍隊給予支持。值得一提的是，西班牙帝國已經對這些叛亂實施了將近20年的血腥鎮壓，但收效甚微。本來兩國之間就矛盾未解，現在伊麗莎白女王又公然支持叛亂分子，這就加速了腓力二世向英國開戰的步伐。
伊麗莎白女王不可能沒有感受到威脅的存在，鑒於兩國關係日益緊張，她和她的顧問們已經將西班牙軍事力量出現在運河沿岸港口的任何可能性視為致命威脅。這種高度的戒備心理，讓英西兩國的關係不可能得到緩解。
作為報複，1585年5月腓力二世對英國實施貿易禁運，所有外國船隻都要交由西班牙港口暫時封存。同年秋天，他決定進攻英國，這不是他第一次做出這樣的決定，但這次卻顯示了前所未有的決心。很快，腓力二世進攻英國的決心就得到了西班牙駐荷蘭陸軍總司令帕爾馬公爵、聖克魯茲侯爵阿爾瓦羅·德巴桑等人的支持，這些人都參與了進攻計劃的製定。
作為勒班陀海戰的老將，德巴桑是那個時代極負盛名的海軍將領之一。麵對英西兩國不斷升級的衝突，他在1583年就忠心耿耿地向國王建議對不列顛群島發動攻擊。早在1586年春天，他就以火一樣的熱情投入到籌劃工作中。根據當時一位艦隊官員的描述，德巴桑向腓力二世提供了詳細的作戰計劃：“他不僅在方案中提及了船隻和火炮、人員和馬匹、風帆和步槍，也提及了索具、船用應急餅幹和火藥桶，還有一支艦隊為進行兩棲攻擊行動所需要的一切。”196
值得一提的是，德巴桑的方案是西班牙近代早期保存下來的重要文獻之一。實際上，這份方案更引人注目的在於它高估了像腓力二世這樣的君主所擁有的實際能力。因為，提供給侯爵用以入侵英國的總共510艘船、3萬名水手和5.5萬名士兵根本沒有經過遠航檢驗，更不用說裝備和供應了。偏偏國王置若罔聞。
好在侯爵本人發現了方案的不足之處，很快，一個新的計劃產生了，這也再次印證了聖克魯茲侯爵的火熱工作態度。新計劃的主要不同之處在於拋棄了單向作戰的模式，轉而與駐紮在荷蘭運河沿岸的帕爾馬公爵所率部隊進行聯合進攻。
這個新計劃本身沒有什麼毛病，唯一的環境局限在於新計劃的成功實施需要以兩軍的精確配合作為前提，但受限於當時不甚可靠的通信條件，協調工作始終很棘手，因而效果很差。盡管如此，該計劃還是得以推進了。整個1586年，西班牙帝國的資源和裝備不斷流向這支登陸艦隊，其規模在世界上前所未見。
不久，這個計劃就泄密了。
警惕的伊麗莎白女王以及她的智囊團會盯住西班牙人的任何風吹草動，正如馬丁利在《無敵艦隊》一書中的描述：“憂慮的伊麗莎白女王很快就與她的樞密顧問和將軍們一起考慮對策。同時，她向帕爾馬公爵派出代表，尋求進行和平談判。”
不得不說伊麗莎白女王非常厲害，一方麵尋求和平談判，另一方麵繼續進行著“燒焦國王胡子”的計劃。而弗朗西斯·德雷克繼續籌備一支私人艦隊對西班牙艦隊實施襲擾，他希望用這種方式“燒焦國王胡子”。由於該計劃十分劃算、效果顯著，很快就得到了倫敦商人一如既往的投資，也得到了伊麗莎白一世的支持。
1587年4月29日，由德雷克組建的以劫掠為主的艦隊成功突襲了加的斯港，西班牙損失了30多艘船。隨後，他還毀掉了西班牙艦隊用於裝備作戰艦隊的至關重要的物資，可謂效果顯著。接下來的行動中，他獲得了比之前要大得多的戰果。
1587年6月，德雷克在亞速爾群島附近劫掠了葡萄牙商船“聖腓力”號，這艘滿載貨物的商船價值高達14萬英鎊，全部為他所得。帶著戰利品安全返回英國的德雷克讓伊麗莎白女王十分滿意。
德雷克作為海上戰略家的威望是毫無爭議的，而西班牙人品嚐到的苦果無疑與那份作戰計劃有關。
無論如何，腓力二世都必須給予英國人狠狠的回擊了，他無法壓製心中的怒火。
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腓力二世萬分惱怒，因為英國人的“下三爛”手段讓他頭疼不已。他敦促聖克魯茲侯爵對英國人發動決定性一擊。但是，聖克魯茲侯爵依舊擔心，他不停地強調著各種煩惱和問題，要求推遲行動。由於壓力極大，聖克魯茲侯爵被累垮了，躺在病床上的他口授了最後指令，於1588年2月9日逝世。
忠心耿耿的聖克魯茲侯爵死在了巨大的壓力之下，而腓力二世也失去了他最好的海軍將領。替代聖克魯茲侯爵的是錫多尼亞城公爵，如前文述及，他起初很不情願，且憂心忡忡。但是，他最後還是上任了，願意為國王盡自己最大的努力。