明初嚴禁白蓮教。洪武、永樂年間，川、鄂、贛、魯等地多次發生白蓮教徒武裝暴動，有的還建號稱帝，均被鎮壓。明中葉以後，民間宗教名目繁多，有金禪、無為、龍華、悟空、還源、圓頓、弘陽、彌勒、淨空、大成、三陽、混源、聞香、羅道等數十種，有的一教數名。它們各不相屬，教義、儀軌頗多歧異，信奉的神■極為繁雜，有天宮的玉皇、地獄的閻王、人間的聖賢等等，最受崇奉的是彌勒佛。從正德年間開始，出現了對無生老母的崇拜，又有“真空家鄉，無生老母”所謂八字真言。據稱，無生老母是上天無生無滅的古佛，她要度化塵世的兒女返歸天界，免遭劫難，這個天界便是真空家鄉。各教派撰有自己的經卷，稱為寶卷。統治者認為這些不同的教派實際上仍是白蓮教，民間也籠統地稱它們為白蓮教。
明代白蓮教信徒眾多，主要來自社會下層。各派內部實行家長製統治，尊卑有序，等級森嚴。首領的成分十分複雜，對明廷的態度很不一致。有的借興教欺騙信徒，聚斂錢財；有的憑撰寫經卷攀附上層，取悅朝廷；有的在宮廷太監、官僚豪門中發展信徒；有的則與下層群眾反對官府的鬥爭相結合，發動武裝起義，如永樂十八年（1420）唐賽兒起義和天啟二年（1622）徐鴻儒起義。永平府灤州石佛莊王森、王好賢父子創建的聞香教（又稱大乘教）在明代後期白蓮教諸教派中處於特殊地位，影響尤大。王氏父子聚斂錢財，廣置田莊，與官府既勾結又矛盾，其後代入清後繼續傳教，前後曆三百餘年。
清代白蓮教又增加許多支派，如老官齋等，名目竟達百餘種。教義更加蕪雜，對無生老母的崇拜有增無減。乾隆後期到嘉慶年間是白蓮教極盛時期，不僅活躍於北方諸省，在東北和南方各省也廣泛傳播。不少教派受反清複明思想影響，與清廷處於敵對狀態。乾隆三十九年（1774）清水教徒王倫起義，嘉慶元年至九年（1796～1804）的鄂、豫、川、陝、甘五省白蓮教起義（見川楚白蓮教起義），嘉慶十八年李文成領導的天理教起義（見天理教），都沉重打擊了清朝的統治。但這些教派的教義並不包含反封建的革命因素。道光以後直至民國，白蓮教的組織與活動往往為反動階級所利用。1949年以前在個別地區尚存的少數白蓮教支派已淪為反動會道門組織。
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