白蓮教最初稱摩尼教。本是波斯人摩尼所創，唐武則天時傳入中土。因教義崇尚光明，又稱明教。曆代民間起事，借白蓮教為組織基礎的。北宋方臘、南宋鍾相楊幺、元末韓山童劉福通、明代趙全徐鴻儒，俱是此教中人。是以白蓮教三字，在朝廷眼中，幾乎便是反叛的同意詞。元朝統一中國後，白蓮教受到朝廷承認和獎掖，進入短暫的全盛時期，後來朱元璋借助白蓮教中明教的力量奪取政權之後，在《明律》中明確取締“左道邪術”，白蓮教從此勢落。乾隆三十九年，山東教徒王倫起事反清，白蓮教又一次震驚朝野。
白蓮教是北宋至近代流傳的民間宗教。淵源於佛教的淨土宗。相傳淨土宗始祖東晉釋慧遠（334～416？）在廬山東林寺與劉遺民等結白蓮社共同念佛，後世信徒以為楷模。北宋時淨土念佛結社盛行，多稱白蓮社或蓮社，主持者既有僧侶，也有在家信徒。南宋紹興年間（1131～1162），吳郡昆山（今江蘇昆山）僧人茅子元（法名慈照）在流行的淨土結社的基礎上創建新教門，稱白蓮宗，即白蓮教。
早期的白蓮教崇奉阿彌陀佛，提倡念佛持戒（不殺生、不偷盜、不邪淫、不妄語、不飲酒，合稱五戒）以求往生西方淨土，教義與淨土宗大致相同。茅子元采用天台宗教理，繪製《圓融四土三觀選佛圖》，用佛像、圖形和比喻來解說佛土的高低；簡化並統一前人製作的念佛修懺儀式，製定《白蓮晨朝懺儀》。先前的淨土結社，參加者之間隻是鬆弛的社友關係，社與社互不相屬，茅子元將其改為師徒傳授、宗門相屬。他在昆山澱山湖建白蓮懺堂，自稱導師，坐受眾拜，又規定徒眾以“普覺妙道”四字命名，從而建立了一個比較定型的教門。
白蓮教產生之初曾遭到官方禁止，茅子元被流放到江州（今江西九江）。但因教義淺顯、修行簡便而得以傳播。到南宋後期，雖仍被一些地方官府和以正統自居的佛教僧侶視為“事魔邪黨”，但已到處有人傳習，甚至遠播到蒙古族統治下的北方。元朝統一中國後，白蓮教受到朝廷承認和獎掖，進入全盛時期。廬山東林寺和澱山湖白蓮堂是當時白蓮教的兩個中心。
白蓮教以“普化在家清信之士”為號召，形成一大批有家室的職業教徒，稱白蓮道人。因為他們“在家出家”，不剃發，不穿僧衣，又被稱為不剃染道人或有發僧。元代由白蓮道人組成的堂庵遍布南北各地，聚徒多者千百，少者數十，規模堪與佛寺道觀相比。堂庵供奉阿彌陀佛、觀音、大勢至（合稱彌陀三聖）等佛像，上為皇家祝福祈壽，下為地方主辦佛事，也有一些修路築橋之類的善舉。堂庵多擁有田地資產，主持者往往父死子繼，世代相傳，堂庵的財產實際上是主持者世傳的家產。有些頭麵道人勾通官府，交結豪強，成為地方一霸。
經過長期流傳，白蓮教的組織和教義在元代起了變化，戒律鬆懈，宗派林立。一部分教派改奉彌勒佛，宣揚“彌勒下生”這一本屬彌勒淨土法門的宗教讖言。有的教徒夜聚明散，集眾滋事，間或武裝反抗元廷統治。至大元年（1308），朝廷忌白蓮教勢力過大，下令禁止。經廬山東林寺白蓮堂主僧普度奔走營救，白蓮教才在仁宗即位（1311年）後恢複合法地位。及至至治二年（1322），其活動又被限製。此後許多地方的白蓮教組織對官府抱敵對態度，外加其信徒多為下層群眾，故當元末社會矛盾激化時，一些白蓮教組織率先武裝反元。紅巾起義領導人韓山童、劉福通、徐壽輝、鄒普勝等都是白蓮教徒，他們以明王（即阿彌陀佛）出世和彌勒下生的讖言鼓動群眾，產生很大影響。