因為工作業績非常突出，司馬朗不久又平調到元城（河北大名東）。公元208年6月，曹操廢掉了東漢的司徒、司馬、司空這三個最高大臣的職位，恢複了西漢初期的丞相職位，自己當了丞相獨攬大權，司馬朗由於多年治理地方有功，回到曹操身邊，擔任了他的主簿（秘書長），從此進入了曹操政權的核心。
曹操自稱丞相的當年，就南下荊州（湖北湖南），在赤壁一戰而敗，最終逃回鄴城，再也不敢輕言南下。雖說中國從此一直保持分裂狀態，不過對於曹操控製的中國北方來說，和平的生活終究還是來到了。司馬朗在曹操的身邊，經常提出重要的建議。比如，在大戰之後，人口死亡過半，田地荒蕪、千裏赤地，司馬朗就向曹操建議，恢複西周時期土地統歸國有的井田製，不過由於井田製實在是過於落後，和當時的社會環境嚴重不符，所以這個建議沒有被實行。
司馬朗提出的最重要的一條建議，就是讓州郡領兵，也就是讓刺史、太守這些省長、市長們也擁有帶兵的權力。在曹操時代的初期，軍事勝於一切，將軍們往往操縱著一個地方的全部權力，也就是說，隻有中央軍沒有地方軍，隻有野戰軍沒有固定駐軍。在戰爭時期，這種製度是非常有利於軍隊快速反應調動的，但是到了曹操幾乎占據整個北中國以後，在和平時期，固定的、被地方行政長官領導的地方駐軍，就非常有必要存在了。曹操聽到司馬朗這個建議以後非常同意，很快，曹操政權的中央軍和地方軍逐漸分離，中央軍往往是由各大將軍們帶領，而地方軍就由刺史、太守、縣令這些省長、市長、縣長們帶領了。
在不斷提出建議的同時，曹操也越來越欣賞司馬朗。不久，司馬朗功德圓滿，到相對和平的兗州（河南東部）擔任了刺史，從此成為省長級的高官。當時，雖然說兗州已經基本和平，可是畢竟是連年大戰之後，人口死亡極為嚴重，活著的人也缺吃少穿。司馬朗到任以後，仍然是堅持教育和安撫為主，他雖然貴為刺史，卻整天穿粗衣、吃粗糧，帶著人們艱苦創業，在司馬朗的帶領下，整個兗州的風氣煥然一新，人們很快撫平了戰爭帶來的巨大傷痛，投入到轟轟烈烈的恢複建設中來。
公元217年，在曹操的命令下，司馬朗跟著夏侯惇、臧霸到達居巢（安徽巢縣）去打孫權，就在這個時候，中國北方爆發了一次史無前例的大瘟疫，許多知名的人物，比如說曹操時代最聞名的文化明星組合——“建安七子”中的五位，都在這次瘟疫中死掉了。司馬朗那些人一到居巢，軍隊裏就立刻爆發了大規模的瘟疫，司馬朗親自去巡視傷員、送醫送藥，結果也不幸被傳染，很快就暴死在軍營裏，享年隻有47歲。臨死的時候，他為了不鋪張浪費，特意要求將士們給他脫去盔甲官服，換上簡樸的便裝下葬。
司馬朗是個非常傳統的儒教徒，他的為官、他的做人、他的處事標準，完完全全是按著儒家學者的要求來的，他的以身作則、仁愛為本，就是孔子執政理念的核心要求。他的行為證明，在當時的情況下，孔子的執政理念確實是管用的，一個古代的儒家官員，確實可以做成一個聖人，在聖人的管理下，老百姓在一段時間內也確實都像聖人。
司馬朗是一個被人懷念的人，他也是東漢時代司馬家族成員中最耀眼的明星之一，無論是他治理下的兗州百姓，還是他的弟弟們，他的老父親司馬防，都對他感到無比驕傲和深深的懷念。司馬朗死後很多年，當時的皇帝曹睿封他的兒子司馬遺為三級侯爵——昌武亭侯，享受一百戶人家的稅收。可惜的是，司馬遺死後無子，雖然為了不讓哥哥絕後，三弟司馬孚還讓把自己的兒子司馬望過繼給司馬朗做兒子，不過從實際上講，司馬朗這一隻血脈就此斷絕了。
對司馬朗的死最為悲痛和感慨的，恐怕就是他的爸爸司馬防了，因為司馬朗對於他來說，不僅僅是一個長子那麼簡單，當年父子之間的舉家托付，是一種深情，更是一種信任，還是一種充滿希望的薪火相傳。雖然白發人送黑發人讓人撕心裂肺，但司馬防仍然堅強的挺了下來，繼續頑強的活著。
到司馬防晚年的時候，他的七個兒子有的都是市局級的幹部了，可見了他還都是戰戰兢兢、恭恭敬敬，不讓進門就不敢進門，不讓坐下就不敢坐下，不問話就不敢說話。從這點，我們可以看出司馬防老先生在人們孩子們眼中的地位和分量。
司馬防晚年的時候，當年被他推舉當北部尉（洛陽北區公安分局局長）的曹操，已經成了半個中國的實際統治者。有一次，曹操就把他的老上級司馬防請來吃飯喝酒，喝到興頭上的時候就問他：“您看我現在還夠格兒當個北都尉吧？”司馬防一點兒沒有說什麼有眼不識泰山的客氣話，直挺挺的說：“當年我推薦您的時候，您正適合坐那個位置。”曹操被司馬防不卑不亢的回答折服，放聲大笑。
之後的司馬防，依然隱居在家，兼任了一個騎都尉（騎兵指揮官）的閑職，在公元219年去世，享年70歲，比曹操才早死了一年，也算是壽終正寢了。
在亂世之中，不知道有多少曾經的名門望族，就此被撕裂在刀槍劍戟之中。司馬家族無疑是非常幸運的，因為司馬防和司馬朗的關係，司馬家族不僅度過了東漢末年最混亂的一段時間，還因為搭上了曹操這層關係，從此成為了曹家的親信家族，伴隨著曹家的騰飛，司馬家族也終於登上了曆史前台。