本節概述：桓溫為了樹立威望，挽回枋頭之戰的名聲，廢司馬奕，立簡文帝司馬昱，簡文帝即位僅僅八個月便去世，桓溫沒有等到簡文帝禪讓的詔書，非常痛恨謝安等人。然而，桓溫晉見孝武帝時，並未對謝安等人下毒手，最終桓溫沒有等到加九錫的詔書，不久離世。桓溫的弟弟桓衝，代理桓溫職務，他一改桓溫往日態度，主動讓出權力。此後，東晉由謝安當國。
場景：桓溫來晉見孝武帝，孝武帝詔令吏部尚書謝安、侍中王坦之到新亭迎接。這時，都城裏人心浮動，有人說桓溫要殺掉王坦之、謝安，晉王室的天下就要轉落他人之手。王坦之非常害怕，謝安則神色不變，說：“晉祚存亡，在此一行。”
桓溫建康一行，並沒有像人們想象的那樣大殺特殺，離開建康幾個月後便去世了。桓溫一生建功無數，可受製於自身的性格，始終無法突破“最後一關”，北伐如此，篡位亦是如此。
就在前秦稱霸北方的時候，東晉的內部鬥爭成為了主題。
太和六年（公元371年），枋頭之戰過了兩年，桓溫仗著地位和聲望，有了篡位的心思，他又感歎出一則金句：“大丈夫，若不能流芳百世，亦應當遺臭萬年！”起初，桓溫本來打算在黃河以北建立戰功，擴大聲望，回來後接受加九錫的禮遇。等到在枋頭之戰失敗，他的聲望下降，計劃受挫。
前秦滅燕後，桓溫攻克了壽春（安徽省壽縣）。（南宋呂祉曰：“淮西建康之屏蔽，壽春又淮西之本源也。壽春失，則出合肥擾曆陽，建康不得安枕矣。”桓溫攻克了壽春，便拿到了通往建康的鑰匙。）桓溫對參軍郗超說：“這足以雪枋頭之恥了吧？”郗超說：“沒有。”
過了很久，郗超到桓溫的住所留宿，促膝長談，對桓溫說：“明公沒有考慮什麼嗎？”桓溫說：“你一定有話對我說！”郗超說：“明公如今六十高齡，卻在一次北伐行動中失敗，如果不建立非常之功勳，就不足以鎮服眾人！”桓溫說：“那麼該怎麼辦呢？”郗超說：“明公不幹伊尹放逐太甲、霍光廢黜昌邑王那樣的事情，就不足以控製全國。”桓溫曆來懷有此心，對郗超所說的深以為然，於是就和他商定計議。考慮到皇帝司馬奕，平日謹慎小心，沒有什麼過錯。於是散布謠言，利用床第之事對他進行誣陷，說：“皇上早就患有陽痿，寵臣相龍、計好、朱靈寶等，參與服侍起居床第之事，與田氏、孟氏兩位美人生下了三個兒子，打算要立他們為親王，轉移晉室的基業。”謠言密秘地傳播到民間，一時之間，人們無法判斷真假。
鋪墊工作完成之後，桓溫抵達建康，含蓄地勸說褚太後，請求廢黜廢帝司馬奕，立丞相會稽王司馬昱，同時還草擬了詔令進呈給褚太後。太後當時正在佛室燒香，內侍報告說：“外邊有緊急奏章。”褚太後出來，倚著門框看奏章，剛看了幾行字就說：“我也懷疑是這樣！”看了一半，就沒有再看下去，向內侍要來筆加上了幾句話：“我不幸遭遇種種事情，一想到死去的（康帝、穆帝、哀帝），再掛念著在世的（廢帝），心如刀割！”
褚太後二十一歲時守寡，懷抱著兩歲的穆帝上朝攝政。二十七歲時，父親褚裒憂鬱身亡，“黑發人送白發人”。三十八歲時，兒子穆帝去世，“白發人送黑發人”。褚太後下令將大位歸還成帝一脈，結果哀帝即位後，迷信方士，吃藥身亡，她不得已再次臨朝。這時，四十八歲的褚太後還在誦經念佛，突然接到了桓溫廢黜皇帝的草擬詔令，早已修佛看透人生的她，一句“心如刀割”概括了她一生的不幸。
桓溫把百官召集到朝堂，廢立皇帝是本朝沒有過的事情，所以沒有人知道程序，百官們都震驚恐懼。桓溫本人也神色緊張，不知該怎麼辦。尚書左仆射王彪之，知道事已至此，不能半途而廢，就對桓溫說：“您廢立皇帝，應當效仿前代。”於是就命令取來《漢書·霍光傳》，禮節儀製很快就決定了。（霍光廢黜昌邑王劉賀。）
王彪之身穿朝服，神情堅定，宣布太後的詔令，廢黜廢帝司馬奕為東海王，會稽王司馬昱繼承皇位。百官進入太極前殿集合，桓溫讓督護竺瑤、散騎侍郎劉亨，取出廢帝的印璽綬帶。司馬奕戴著白色便帽，身穿便服，走下西堂，乘著牛車出了神虎門，群臣叩拜辭別，無不哽咽。侍禦史、殿中監帶領一百多名衛兵把他護送到東海王的宅第。後來，又將司馬奕封為海西公。
在司馬奕被廢黜之前，桓溫曾經派別駕習鑿齒前往建康，回來後，桓溫問道：“你看相王（日後的皇帝簡文帝司馬昱）怎麼樣？”習鑿齒回答說：“我生平未曾見過這樣的人。”桓溫對於習鑿齒對司馬昱的高度評價頗為不滿，貶他為戶曹參軍，後來被外任為滎陽太守。習鑿齒對於自己的遭遇有感而發，再加之桓溫野心企圖越來越明顯，習鑿齒在病中撰寫了《漢晉春秋》來啟示桓溫。當然，桓溫並沒有接受。
晉朝有兩部著作非常值得關注，一部是西晉陳壽(公元233年-297年)的《三國誌》，一部是東晉習鑿齒（約公元317年-384年）的《漢晉春秋》。《三國誌》中的曆史以曹魏為正朔，對司馬氏的不義行徑多加掩飾、曲筆隱瞞。當然這與作者身處的年代有關係，如果不這麼描述，也許西晉政府不會讓其出現在世間。《漢晉春秋》則以蜀漢為正統，認為曹魏為篡逆，對西晉時期的故事直筆描述、不加掩飾。習鑿齒臨終時，將晉承漢的史學觀上疏朝廷，羅貫中的《三國演義》更是以此觀點描寫曆史。
習鑿齒曾被桓溫及苻堅兩位名人高度評價，桓溫曾對一人說：“你三十年白讀了儒家書，不如拜訪一次習主簿。”苻堅說：“當初晉滅吳，得二陸；現在攻破漢南，得到一個半名士，安公（高僧釋道安）一人，習鑿齒半人也。”
習鑿齒尊重曆史事實，品評卓逸，《漢晉春秋》雖然沒有本段介紹中其他兩部作品名氣響亮，可是其中記錄的東漢至西晉的史事，影響深遠。
司馬昱即位，是為簡文帝，改年號為鹹安。
桓溫的腳有毛病，簡文帝詔令可以讓他乘車進入殿堂。桓溫事先準備好了稿子，陳述他黜廢司馬奕的本意，想不到簡文帝引見他，一見他便流下了眼淚，桓溫這時卻有些惶恐，一時間沒有說出一句話。
桓溫隨後誅殺了一批異己，聲威顯赫。謝安看見桓溫後，在很遠的地方就開始叩拜。桓溫吃驚地說：“謝安，你為什麼要這樣？”謝安說：“沒有君主叩拜於前，臣下拱手於後的。”（謝安嘲諷桓溫，司馬奕被廢黜，皇帝都在桓溫麵前跪拜了，我作為臣子怎敢站著。）簡文帝下令升桓溫為丞相，大司馬職位則仍舊，留在京師輔佐朝政。桓溫堅決辭讓，返回姑孰（安徽省當塗縣）。
桓溫威振內外，他的副手郗超，朝廷百官人人畏懼他。謝安曾經與王坦之一起到郗超那裏，太陽快落山了還沒被召見，王坦之想要離開，謝安說：“你就不能為了性命忍耐一會嗎？”簡文帝雖然坐在皇位上，實際上是個傀儡，常常害怕也被廢黜。不過，不用等到被廢黜，簡文帝便去世了。
司馬奕在位時，是個不敢抵抗的傀儡，朝會上暗淡無光，隻有時任會稽王的司馬昱來到，才會生機勃勃，司馬昱積極想方設法對抗桓溫，群臣看到他如同看到朝陽升起。可是當司馬昱坐上皇帝後，自己和司馬奕一樣成為了傀儡，整日戰戰兢兢。說明有些位置，隻有真正坐上去才知道其中滋味。
鹹安二年（公元372年），剛剛做了八個月皇帝的簡文帝身體不適，緊急征召大司馬桓溫入朝輔政，一天一夜連發四道詔書，桓溫推辭不來。沒幾天就去世了，簡文帝立司馬昌明為皇太子。