本節概述：桓玄處理北府兵舊將之後，製造輿論，篡位登基稱帝。桓玄即位後，朝政混亂。劉裕等人在各地起兵，桓玄戰敗，帶著安帝逃跑，劉毅、何無忌、劉道規等人一路向西追趕，桓玄在逃亡途中遇到冤家被殺，朝廷陸續處理了桓楚的餘黨，劉裕掌握大權。
場景：益州都護馮遷，抽出大刀，跳到桓玄艦上，揮刀欲砍。桓玄把頭上的玉簪拔下來給他，問：“你是什麼人，敢殺皇上？”馮遷說：“我殺的是皇上的叛徒！”一刀斬殺桓玄，桓石康等人也被殺死，桓玄的兒子的桓升時年六歲，被送至江陵斬首。桓玄稱帝不足半年便亡國被殺，首級被帶到建康，在朱雀橋示眾。
桓玄被殺，標誌著東晉王、庾、桓、謝四大家族的衰落。曆史上，又一位早期曾經販賣草鞋為生的劉姓皇帝，站上了曆史的舞台，成為了令人矚目的主角。
劉牢之死後，桓玄立刻開始清理北府兵的舊將，然而不等桓玄出手，北府兵的舊將們決定先行起事。北府兵舊將吳興（浙江省湖州市）太守高素、將軍竺謙之以及竺謙之的堂兄竺朗之、劉襲和劉襲的弟弟劉季武，討伐桓玄不成，與司馬休之、劉敬宣等人分別逃亡後秦、南燕。
元興二年（公元403年），桓玄斬殺了北府舊將冀州刺史孫無終。
桓玄對北府兵的處理，讓劉牢之的外甥何無忌感到極度不安，他秘密去見劉裕。當時的劉裕在浙東忙於對抗亂民新首領盧循，何無忌見到劉裕後，勸他在山陰（浙江省紹興市）起兵，討伐桓玄。劉裕與當地的豪傑孔靖商量，孔靖建議劉裕等待，不然師出無名，劉裕表示認同。
九月，桓玄開始為篡位做準備，禪位和加授九錫的文告早已寫好。朝廷下詔，桓玄任相國、文武百官總管，封楚王，加授九錫。時人皆知，桓玄意欲篡位。朝中異己已經被處理的差不多了，唯有劉裕，可是當前亂民暴動，朝廷還需要他對付亂民，所以暫時沒有除掉他，不過劉裕的個人態度相當重要，於是，桓玄便派桓謙去試探劉裕。
桓謙暗中詢問劉裕說：“楚王功高德重，朝中輿論都認為應該舉行禪讓儀式，你意下如何？”劉裕自然明白桓謙的意思，附和道：“楚王是桓溫的兒子，功高蓋世。晉朝及司馬氏，早已衰弱，民心已改，接受禪讓是上天的意思，沒有什麼不可以的。”桓謙說：“你覺得可以，那就一定可以。”
得知劉裕的回答後，桓玄認為一切已經妥當，他的團隊開始製造禪讓氛圍，散布謠言，說：錢塘臨平湖突然滿盈（公元276年，孫皓年間，湖水滿盈，吳國人向吳國君主說：“東漢末年湖水幹枯，老人言：此湖塞，天下亂；此湖開，天下平。”幾年後，司馬炎滅吳，統一天下），江州降下甘露，桓玄命令文武百官集體道賀。
改朝換代，總是要出個隱士，就找了個皇甫謐的六世孫皇甫希之來配合演戲，給他薪水，讓他去山中隱居，並讓他故意拒絕接受朝廷任命，這樣才顯得足夠“隱”，但是時人均認為皇甫希之是冒牌貨。
就這樣，搞了這些欺騙自己又欺騙世人的事情後，桓玄開始篡位。十一月，安帝下詔，禪位於他。十二月，桓玄登基即位，進入皇宮，坐上禦座，禦座突然塌陷，群臣大驚失色。桓玄的妹夫殷仲文說：“皇上恩德太重，大地也無法承擔。”這馬屁拍的，誰能不高興呢，桓玄當即大喜。安帝被送到了尋陽（江西省九江市），桓溫的牌位被送進了太廟。
桓玄這個人，除了囂張跋扈之外，還十分苛刻。不僅不是什麼英雄，還貪圖名利、裝腔作勢。他貪婪、卑鄙、無恥，對於珍寶從不離手。隻要別人家有好字畫、漂亮別墅，他一定采用賭博的方式占為己有。
當初，桓玄為了好名聲上疏安帝，允許他領軍北伐，接著又暗示朝廷，不要準批。桓玄對外宣稱說：“不是我不願意北伐，是詔書不允許。”一開始他還裝模作樣地整理行裝，下令建造輕舟快艇，裝滿綾羅綢緞、稀世珍寶和名人字畫。有人問他為什麼，桓玄說：“戰爭危險，萬一有意外，輕舟快艇方便逃走。”眾人忍不住恥笑他。
不僅如此，他還喜歡炫耀自己的才能。官員們的報告裏，隻要有一個字寫錯或者出現筆誤，亦或者一句話用詞不恰當，他就一定要加以糾正，以此表現出自己的聰明和認真，其實這些都是些雞毛蒜皮的小事，他非要小題大做。尚書回答詔書時，將“春蒐”寫成了“春菟”，桓玄下令從左丞相王納之以下，凡是蓋過章、簽過字的，都被降職免官。他大事不抓，總是揪住小事不放，頒布的詔令混亂不堪。
想當初，桓玄在他哥哥桓偉的下葬的日子，依然縱情於享樂。如今當上了皇帝，他更加放縱。有時候一天出去打獵好幾次，他不管工程進度，督促新建宮殿。朝野混亂，民心思變。
因此，想趁此作亂的人很多，益州刺史毛璩就是其一。
元興三年（公元404年），桓玄任益州刺史（治所在成都）毛璩為散騎常侍、左將軍，毛璩扣下使者，拒不接受。桓玄任命桓希為梁州刺史，派兵駐守巴郡（重慶市）、巴東（重慶市奉節縣）、巴西（四川省閬中市）防衛毛璩。毛璩向各處發布檄文，列舉桓玄的罪狀，派部將擊敗了桓希，率軍進駐白帝城（重慶市奉節縣）。
同樣討伐桓玄的還有劉裕，他為了給自己留足時間起事，所以跟隨徐、兗二州刺史桓修入朝，暫時投靠桓玄。桓玄對王謐說：“劉裕的風采不同於常人，是個豪傑。”每次聚會，都對劉裕十分優待，賞賜也很優厚。桓玄的妻子劉氏，多次說：“劉裕乃人中龍虎，不同於凡人，恐怕不會久居於人下，不如早點把他除掉。”桓玄覺得她是婦人之見，說：“我正要平定中原，除了劉裕，沒有可用之人，等到全國平定之後再議吧。”
劉裕從朝中返回，與劉毅、何無忌、孟昶、王元德兄弟、諸葛長民等人決定聯合起兵。兵分四路，劉裕的異母弟弟劉道規，是青州刺史桓弘的參軍，劉裕命劉毅和劉道規、孟昶作為第一路軍擊殺桓弘，占據廣陵（江蘇省揚州市）；諸葛長民是豫州刺史刁逵的參軍，劉裕命他為第二路軍擊殺刁逵，占據曆陽（安徽省和縣）；王元德、辛扈興、童厚之等人作為第三路軍在建康作為內應；劉裕和何無忌作為第四路軍在京口，大家約定好日期共同起事。