本節概述：劉裕滅掉南燕後，盧循、徐道覆等人繼續作亂，亂軍一度逼近建康，可是盧循優柔寡斷，錯失良機，劉裕率軍反擊，消滅了作亂十一年的起義軍。坐鎮荊州的劉毅不滿劉裕，劉裕派王振惡逼死劉毅，然後計殺諸葛長民，派軍消滅了譙蜀政權和司馬休之，實現了一家獨大的局麵。
場景：劉裕命武士丁旿，埋伏在內，諸葛長民入內後，劉裕支開左右，單獨閑聊。劉裕說了過去沒有談過的話，諸葛長民認為這是劉裕非常高興，放下了戒心，卻不料丁旿從帷帳後跳出來，在座位上殺死了他。劉裕下令把屍體拉到延尉去判罪，又派人殺了他的弟弟諸葛黎民等人。
劉裕成功的殺死劉毅、諸葛長民這些曾經的老夥伴，人能共難，不能共富，說得就是劉裕這種人了。
就在劉裕討伐南燕的時候，浙東起義的亂民首領盧循當時駐守在番禺（廣東省廣州市），他的姐夫徐道覆聽說劉裕北伐，便勸說盧循乘機襲擊建康，盧循沒有答應。於是，徐道覆從始興（廣東省韶關市）親自來到番禺（廣東省廣州市），勸盧循起事。盧循當了廣州刺史之後，沒有了當初的鬥誌，不願意再次叛亂，但是又沒有理由說服徐道覆，隻好同意（通過本節後續的故事，我們可以得出這麼一個結論，無論盧循願不願意再次起事，他都難逃劉裕的清算，劉裕在鏟除異己方麵行事幹淨利索，毫不拖泥帶水）。
徐道覆到達嶺南地區後，一邊做官一邊做生意，他派人到南康山中，去砍伐用於造船的木材，到始興（廣東省韶關市）廉價出售，大家都爭相購買。因此，造船木材堆積了很多，所以沒人懷疑他們造船。到了這時，他用這些木材製造起事用的船隻，十餘天就可以完成。
義熙六年（公元410年），二月，南燕投降，可是情報還沒有傳回南方。盧循從始興（廣東省韶關市）出發進攻長沙，徐道覆進攻南康（江西省贛州市）、廬陵（江西省吉安市）、豫章（江西省南昌市），當地守將紛紛棄城逃走。
徐道覆的軍隊一路順贛江直下，東晉朝廷緊急征召劉裕回師。劉裕當時正在計劃攻擊後秦，收複司、雍二州，朝廷的詔書到達後，劉裕遂任命韓範為都督八郡軍事、燕郡太守，任命封融為勃海太守，任命檀韶為琅琊太守。安頓之後帶兵返回。後來，劉穆之誣陷韓範、封融造反，處死了他們（韓範、封融作為南燕舊臣鎮守南燕故土，可能會有後患，如果在他們剛剛投降之時就加以殺害，會落得個“殺降將”的不好名聲，這時處死，恰到好處）。
由於亂民首先通過江州境內，所以，江州刺史何無忌從尋陽（江西省九江市）帶兵迎擊。盧循軍隊位於贛江的上遊，他們裝備精良，氣勢強盛。長史鄧潛建議挖開南塘的堤壩，降低水位，使其艦船擱淺，然後堅守豫章（江西省南昌市）、尋陽（江西省九江市），嚴陣以待。當時盧循的軍隊裏，有三吳地區的強盜，他們身經百戰，始興招募的賊兵敏捷勇猛，參軍殷闡建議留守豫章，等待各路大軍到齊之後出戰。但是，這些建議何無忌都不聽。
兩軍在豫章（江西省南昌市）遭遇後，徐道覆派幾百名弓箭手，爬上西岸的小山射擊，正好西風驟起，何無忌的小船被吹向到了東岸。亂兵乘風行駛著大型戰艦開來，晉軍紛紛逃散。何無忌厲聲高叫：“拿我的蘇武節來！”他手持符節督戰，亂民從四麵八方而來，越來越多，何無忌的神色不改，最後戰死。何無忌戰死的消息傳到建康，東晉朝廷大為震驚，朝會的時候，有人提議帶著安帝向北撤退投奔劉裕，後來知道亂軍尚在遠處，這才停止。
劉裕返回建康時，江州已經淪陷。青州刺史諸葛長民、兗州刺史劉藩（劉毅的堂弟）、並州刺史劉道憐，分別率軍來到建康防衛。劉毅聽說盧循來犯，正要出兵時卻生了病。病好之後準備出發，劉裕寫信讓他暫且等待，派劉藩前去阻止他行動。劉毅勃然大怒，對劉藩說：“當初勤王，我們暫時推舉他做盟主，你以為我真的不如劉裕嗎！”劉毅把信扔在地下，率領著兩萬水軍從姑孰（安徽省當塗縣）出發。
盧循在長沙大敗荊州刺史劉道規，抵達巴陵（湖南省嶽陽市），打算直奔江陵（湖北省荊州市）。徐道覆聽說劉毅前來，派信使聯絡盧循。如果能擊敗劉毅，那麼亂民將氣勢大震，盧循接到信後當天便從巴陵出發，與徐道覆的會合，順流而下。
劉毅與盧循在桑洛洲（潘陽湖與長江交彙處的小島）大戰，結果劉毅軍大敗。劉毅棄船與幾百名下屬逃亡，其餘士兵全部被俘，軍隊丟下的物資堆積成山。劉毅戰敗以後，曆經艱險，才保住性命，他的隨從死了十之七八。
劉裕回來後招募百姓充實軍隊，發動群眾修葺石頭城。劉毅大敗後，人心惶惶。北伐軍的將士不是傷就是病，建康的守衛不超過幾千人。盧循攻克江州、豫州之後，亂民達到十幾萬人，戰艦浩浩蕩蕩，綿延一百裏，大型艦船高達十二丈。
劉毅軍戰敗時，幸存的士兵無形中誇大了亂民的強盛，孟昶、諸葛長民打算帶著安帝撤退，劉裕不同意。當初，何無忌、劉毅出征時，孟昶預測他們一定失敗，後來果然失敗。到了這時，他預測劉裕失敗，大家對他都很相信，隻有龍驤將軍虞丘進和王仲德反駁孟昶。
孟昶與劉裕各執己見，孟昶因為建議不被采納而惱羞成怒，他認定晉軍必定失敗，所以請求先殺了自己。劉裕大怒說：“打完這一仗，你再死也不遲！”孟昶知道劉裕一定不會采納他的意見，於是呈上奏表之後，服毒自盡。
就在朝廷裏爭執的時候，盧循的大軍抵達了秦淮河口，建康城內外戒嚴。琅琊王司馬德文都督宮城諸軍事，駐紮在中堂大殿，劉裕駐紮在石頭城，其他將領各司其職。
雖然孟昶一心為了朝廷，可是采用自殺的方式證明自己，實在不可取。也許他分析對了前兩次情形，這並不代表第三次依然正確。如果隻是紙上談兵，那麼晉室早就在桓玄篡位時覆滅了，如果隻是憑空分析，那麼在鄉裏吃喝賭博、一字不識的劉裕，萬不可能在三十七歲以後，帶著主角光環，一路南征北戰當上皇帝。正是因為劉裕的存在，讓建康的百姓們有了希望，亂民來後，百姓們不僅沒有逃亡，反而眺望江中看熱鬧。
劉裕對各位將領說：“賊兵如果從新亭（江蘇省南京市南）推進，那麼他們將勢不可擋，我方應該暫且回避，勝負難料。如果他們回到西岸停泊，便是死路一條。”英雄所見略同，徐道覆建議從新亭進軍白石（江蘇省南京市西），燒掉戰船登陸作戰，兵分多路進攻。盧循比較保守，對徐道覆說：“我們的大軍還沒有到，孟昶就被嚇得自殺，看形勢敵軍會在幾天內崩潰。現在靠一戰決定勝負，沒有十足把握，既不保證勝利又損傷士兵，我看不如按兵不動。”徐道覆因為盧循猜忌心重，優柔寡斷，於是歎息道：“我終將被盧公耽誤，事情一定不會成功，如果我能有幸為一位英雄賣命，天下早就平定了！”（凡是做決定前猶猶豫豫的，基本上沒有一個好結局。俗話說：火車跑得快，全憑車頭帶。如果是徐道覆領導這隻隊伍，曆史也許就會改寫了。）
最初，盧循軍隊向新亭方向移動，劉裕登上石頭城遙望，臉色一變。後來，亂民船隻停泊在蔡洲（江蘇省南京市江寧區），劉裕麵漏喜色。由於擔心亂民襲擊，於是，朝廷調動軍隊集合，砍伐樹木，在石頭城和秦淮河口等地，立起柵欄。同時，整修越城，興築查浦、藥園、廷尉三座堡壘，嚴兵把守。
盧循在秦淮口南岸布置了伏兵，命令一些老弱將士，坐船向白石進發，並聲稱大軍將從白石登岸作戰。劉裕留下參軍沈林子、徐赤特，駐紮在長江南岸，切斷通往查浦（石頭城西南）的路，命他們堅守陣地，不要輕舉妄動。劉裕和劉毅、諸葛長民等從石頭城北上迎擊亂軍。
而後，盧循火燒查浦（石頭城西南），進兵到張侯橋。徐赤特準備迎戰，沈林子勸阻，徐赤特不聽，於是出兵交戰，亂民伏兵突然出現，徐赤特被打得大敗，乘船逃往秦淮河北岸。沈林子及將軍劉鍾，據守柵欄奮力作戰，朱齡石率援軍趕來，敵軍才撤退。盧循帶領著一隊精兵抵達丹陽郡，劉裕率幾路部隊立即趕回石頭，斬了徐赤特，帶兵到南塘布陣。
由於亂民在當地郡縣沒有搶到糧草，盧循對徐道覆說：“我們出師已久，將士疲憊不堪，不如回到尋陽（江西省九江市），攻取荊州，這樣，我們就能占據三分這二的天下，以後再與朝廷較量。”
七月，盧循從蔡州向南撤退回尋陽（江西省九江市），留下部將範崇民帶領五千人據守南陵。劉裕派輔國將軍王仲德、廣川太守劉鍾、河間內史蒯恩、中軍諮議參軍孟懷玉等人，追擊盧循。八月，劉裕回到京口（江蘇省鎮江市），建造戰艦。他派建威將軍孫處、振武將軍沈田子率領部眾三千人，走海路前去襲擊番禺。大家都以為路途遙遠，分散兵力襲擊廣州並不是當務之急。劉裕很有遠見，對孫處說：“朝廷會在十二月初打敗賊兵，那時你們已經把他們的老窩端了，讓他們無家可歸。”
聽聞東晉戰事又起，西蜀譙縱派侍中譙良等人，去後秦晉見姚興，請求出兵討伐東晉。譙縱任命桓謙（桓玄之亂後，桓謙逃往後秦。後涼，譙縱向後秦稱藩，後秦派桓謙入蜀相助）為荊州刺史，任命譙道福為梁州刺史，率領二萬人進犯荊州。後秦派前將軍苟林，率領騎兵與他們會合。
起初，盧循準備攻擊江陵，聽聞劉毅來後，盧循東行，荊州盜賊四起，沒有了朝廷的消息。荊州刺史劉道規，派司馬王鎮之等人，前去支援建康，並打探消息。王鎮之到達尋陽（江西省九江市）後，被後秦將軍苟林擊敗。盧循任命苟林為南蠻校尉，並分給他一支隊伍，讓他乘勝討伐江陵（湖北省荊州市），並聲稱徐道覆已經攻克了建康。
桓謙在路上招集了舊部下，隊伍達到二萬人，駐紮在枝江（湖北省枝江市），苟林駐紮在江津（湖北省沙市東），兩夥軍隊威逼江陵，江陵城中的百姓心中思變。劉道規把將士們集合在一起，說：“桓謙就在附近，聽聞大家思變，隨我從東方而來的官員，足以應對。如果有打算前去投靠的，我絕不阻攔。”於是當夜打開城門，天亮了也沒有關。大家都很佩服，無人離去。