在道德方麵，在古代社會公認和朝廷認可的道德精神和規範就是法律，道德是判斷事物對錯，司法審判、定罪和量刑的標準，因
此道德非常重要。西漢是中國第一個推行父係氏族社會的國家，因此建立父係氏族社會的道德體係和規範，清除母係氏族社會的道德體係和規範是朝廷文化建設主要任務。同時，由於西漢朝廷將儒家思想作為全社會的正統思想，因此一些與儒家思想相抵觸、矛盾和衝突的思想和言論都必須清除。儒家思想重要內容是倫理、忠孝、仁義、和善、平等等價值觀和道德規範，但是西漢之前朝代和社會並沒有這些價值觀和道德規範，奴役、壓迫、殘害、盜竊、搶劫、奸淫、狡詐、殺伐、滅族等罪惡的事情，在西漢之前的朝代和社會裏被視為正常之事，甚至這些醜惡行為被社會普遍認識是有能力、智慧、勇氣和權勢的象征。
因此，司馬遷之所以不敢將黃帝的事跡和思想完全表達出來，肯定漢朝統治者認為黃帝及華夏族崛起上位的曆史事實，有損華夏族的聲譽；有損西漢社會的民族融合及團結；不利於西漢社會價值觀、道德體係和規範的建設。但是，司馬遷在《史記》上留下的曆史線索，足夠讓我們還原當時黃帝及華夏族經曆的曆史事實。一下是我們本著客觀、科學、中立和公正的態度還原的華夏曆史。
在距今4300年前，當小冰河期使東亞大陸北方變得越來越寒冷和幹旱時，由於北方居民大量南遷逃難，今陝北神木市高家堡鎮
石峁村的石峁王城（經過科學研究，我們認為石峁王城是華夏族最早的部落總部基地）開始變得一片荒涼，華夏族年幼的公孫軒轅跟隨父王少典及母後等，他們將跟隨最後一批南遷的華夏族朝廷官員、衛隊和軍隊，告別華夏族石峁王城，踏上南征四川的艱難之路。
此後，幼小的軒轅跟隨父王少典及華夏族勇士們在四川地區避難、拚搏、創建偉業。
根據《世紀》記載，軒轅從小天資神靈聰明，思想敏銳，能言善辯。長成後，軒轅應該繼承王位成為華夏族的首領，他當政時，正趕上古蜀國的統治者及階層神農氏集團衰敗，古國各地群雄並起、戰事頻繁、民不聊生的動蕩年代（這是由於從北方及高原地區進入四川盆地的難民，與當地人民和官府爭奪生活物資及自然資源而引發的衝突和戰爭）。
為了本族的生存及發展，軒轅訓練和整頓本族軍隊，去征討那些不向朝廷納貢稱臣的部族，軒轅及華夏族的征討行動得到古蜀國諸侯貴族們的響應、支持和歸附。在這次征討戰爭中，軒轅遇到了強勁的對手蚩尤，蚩尤生性暴虐凶猛。在古越語中，蚩chi是黃牛和牛車，尤you是具有自由身份的男人，直譯的意思是“乘坐牛車的男帥”，在母係氏族社會裏，能夠乘坐牛車出行的隻有貴族首領和使官，因此這個解釋與現代人對蚩尤形象的
描述一致，蚩尤是一個牛頭人身的戰神，當然，蚩尤chiyou連讀能讀成瑤、姚、猶you\/jew（這是猶太人的中英文簡稱）。
在平定叛亂的過程中，軒轅的另一個強勁對手是炎帝。當時炎帝準備要要從湖北宜昌（古稱夷陵）侵略蜀地，討伐蜀地的諸侯貴族，於是諸侯貴族都歸順具有軍事實力的軒轅。於是軒轅組織強大軍隊，與炎帝在“板泉之野”決戰，經過三次戰役後，軒轅與炎帝打成平手，最終握手言和，到達了維護軒轅在蜀地的統治地位，同時華夏族承認炎帝在湖北地區統治權。
隨後，蚩尤作亂，不服從“帝”的命令和管製，於是軒轅受命於帝，征招諸侯聯軍討伐蚩尤。軒轅諸侯聯軍與蚩尤集團軍在“涿鹿之野”決戰，蚩尤集團軍被消滅，蚩尤被擒獲，剝皮示眾，殘忍殺害。
此後，諸侯開始稱呼軒轅為“天子”，擁護軒轅取代神農氏稱帝即黃帝。軒轅稱帝後，天下有不順從的反叛者，黃帝帶兵去征討他們。平定完這裏，又去那裏平定。因此黃帝隻能“披山通道，未嚐寧居”。
最後，黃帝統治疆土東到大海；西到“空桐”；南到江水；北到“葷粥”。國土穩定之後，黃帝和華夏族過著遷徙不定、居無定所的流浪生活，黃帝設立營衛和朝廷管理國家。
黃帝固定行宮在“軒轅之丘”，他娶了西陵之女“嫘祖”
為正妃，嫘祖生了兩個兒子，一個是玄囂即青陽，長成後他居住在江水之濱；另一個是昌意，長成後他居住在若水之濱。昌意娶蜀山氏之女昌仆為正妃，昌仆生高陽。
黃帝駕崩後，他葬在橋山。黃帝的孫子、昌意的兒子高陽立為帝，就是“五帝”之一的顓頊帝。
這就是軒轅黃帝一生主要故事梗概，看過黃帝的生平故事，難免有諸多困惑和疑問。我們要檢查一個故事的真偽，我們必須從故事的五大要素即故事的起因、時間、地點、人物和事件。
這個故事就是講述黃帝和華夏族崛起的故事，帝王崛起最合理的原因肯定是“朝廷腐敗、天下大亂、民不聊生”，《史記》是這樣表達的，而我們分析是，小冰河期爆發後，北方及高原民族遷徙到四川盆地，麵對突發事件，循規蹈矩的保守的古蜀國朝廷和衙門對入侵流民進行管製、分流和安置，在這些過程中，肯定出現衝突、混亂、腐敗和戰爭，然後天下大亂、民不聊生。這個事件過程以《五帝本紀》敘述曆史過程基本一致。
《史記》沒有設定這個曆史故事發生的時間，根據那次小冰河期發生的時間，這個故事應該發生在距今4300年至距今4100年之間。
《史記.五帝本紀》設定的故事地點，大多以黃河流域，冀州平原有關，但是地名含糊，地理跨度大，一會兒將黃河流域的
事情，一會兒事情有跳到長江流域；一會兒地理背景是平原和荒漠，一會兒又是青山綠水、山巒險峻之地。讓讀者感覺黃帝及其軍隊都是神仙，有高速度飛行能力，讓讀者有閱讀神話的感覺。司馬遷要把文章寫成樣子，都是為了滿足漢朝統治階層的文化價值需求。
但是通過仔細分析，司馬遷給我們留下故事框架，我們仍然能推論和認定黃帝的生平故事發生在四川地區，黃帝和華夏族經常活動的地方如江水、若水等河流地區，江水就是今天的長江，四川南部就是長江，順江東下可達長江中下遊等中國富裕之地；若水即今天的雅礱江，若水與金沙江合流後的一段，古時亦稱若水，這裏是四川盆地進入青藏高原地區交通要道。黃帝征戰時要“披山通路”行軍在非常險峻山區，這種地形與四川地區的地形相符，但於冀州平原地形地貌無關。黃帝娶正妃於西陵，西陵就是長江三峽中的西陵峽，它位於今天的宜昌地區，這裏是神農氏的故土，因此嫘祖很有可能是神農氏的嫡係公主，在母係氏族時代，娶具有神權和王權的嫡係公主才能扶正父族的正統地位，因此黃帝才會娶嫘祖為正妃，這是典型的政治聯姻。
證明黃帝故事發生在四川地區的另外一個證據是，黃帝的戰爭對手——炎帝。如果黃帝故事發生在冀州平原，黃帝如何帶領華夏
軍和同盟軍長途跋涉幾千公裏，去攻打深居中國南甚至長江以南地區的炎帝及其軍隊？在那個隻能乘坐牛車和徒步行軍的遠古時代，這樣勞師遠征、曠日持久的戰爭能打嗎？在距今4000多年前，兩群相隔幾千公裏的古人能有什麼你死我活的深仇大恨？！既然沒有利益衝突和深仇大恨，他們為什麼要打一場大家在情報、物流、行軍、宿營、戰爭策劃、指揮和戰鬥等都辦不好的戰爭。要使這個故事變得合情合理，黃帝和炎帝爭端故事隻能發生在四川及其周邊地區。黃帝與炎帝在板泉之野決戰，在古越族“板泉banquan”中“板ban”是村莊、城市的意思，“泉quan”與“仙xian”同音是女性、聖母的意思，板泉的直譯是聖城。
根據遠古曆史文獻記載，炎帝統治著今湖北、湖南等洞庭湖及湘江流域地區，炎帝是神農氏的族親和靠山，而神農氏認為黃帝聯合古蜀國諸侯貴族將神農氏集團勢力趕出四川，是大逆不道的行為，因此，神農氏的君王才邀請炎帝出頭，幫助神農氏集團打擊蜀國諸侯及黃帝。最後，黃帝帶領蜀國諸侯聯軍出西陵峽，在今湖北腹地與炎帝的古越族聯軍展開曠日持久的拉鋸戰。
最終由於蚩尤集團造反，黃帝才與炎帝休戰，簽定和平條約，娶神農氏的嫡係公主嫘祖為正妃，神農氏及炎帝集
團成為黃帝在蜀地統治地位，黃帝集團承認神農氏及炎帝集團在湖北、湖南等洞庭湖及湘江流域地區的統治地位。然後，黃帝及其軍隊返回四川平定蚩尤叛亂。
目前蚩尤與黃帝、炎帝等並列為中華民族的三大文明始祖，但是蚩尤是三大文明始祖最講不清楚、最神秘的。中國曆代史學家認為，蚩尤是九黎族部落首領，九黎族的後裔是瑤族、苗族等古老民族。