商部衙門設在皇城內。凡事開頭難，一個新設立的衙門，要想進入正常運轉，可不是一件簡單的事情。一連半個多月，林沐風和高巍和卓敬三人，都忙於種種“管理規章”的出台以及各級人員的配置等諸多事務性工作。有了朱允炆的強力支持，朝廷很快從各部、衙門中抽調了一批中低級官員和數十名雜役進入商部工作。
而隨著朝廷開放海禁、鼓勵從商、設立商部衙門詔書的公告天下，商部在大明各地的分部衙門也在緊鑼密鼓地成立之中。林沐風認為，商部是一個管理通商事宜的衙門，或者說是一個機構，其不同於朝廷其他部署衙門，必須要在基層設立獨立於地方衙門的專門衙門。當然，商部的分部衙門隻在商業繁華的大城市設立，譬如徐州府，青州府，蘇州府，揚州府，等等。
就此事，朝會又爭議了好幾天，在朱允炆的強力推動下才得到了通過——各地商部分部作為朝廷商部的派出衙門，直接歸屬於朝廷商部，而朝廷商部則直接聽命於皇帝。各地商部分部衙門的官員，或者從當地衙門中抽調配置，或者由吏部委派……這是一項非常繁雜的工作，據林沐風估計，要想真正運轉到位，大概需要幾個月的時間。
京師的商部衙門很快便進入了正軌。但作為一個新生的官方衙門，如何去運作，如何去履行職能，管理商務，也是千頭萬緒，需要一一理清。
林沐風根據現代社會的“商管”理論，經過一番變通後，盡量結合大明社會的現實，製定出了一整套的商管思路。
其一，要先將所有城市中的店鋪進行造冊登記，發放由商部印發的“經營許可證”，類似於官方契約。以後，凡新開商鋪必須要到所在商部衙門登記核準發證；其二，根據商鋪的“營業額”和貿易總量以及商品門類分別收取賦稅，製定出一係列的賦稅額度，每月收取一次；其三，對商鋪貿易和產品進行價格控製，嚴禁哄抬價格欺行霸市等行為，打擊不正當競爭；其四，保護中小商鋪，在稅賦上予以減輕……
實話實說，大明商賈的社會地位雖然不高，但朝廷對商人的賦稅還是相對較輕的。商部的成立，一來增加了商業貿易中間環節的賦稅，二來對整個市場進行了宏觀上的“調控”，三來鼓勵和保護中小商鋪的發展，隻要進入良性循環，大明商業不難進入前所未有的繁盛階段。
林沐風“兼職”太多，商部的日常事務其實是由高巍和卓敬兩人具體來做，林沐風所做的就是定時與兩人進行“溝通”，簽發一些“文件”和“指令”。
在組建商部的同時，林沐風同時開始著手準備建立瓷學。根據最初的構想，他準備在瓷學中設立三個“班級”，一個是“成人班”——專業製瓷工匠的係統培訓，一個是琉璃內畫班，專門招收少量具有繪畫功底的工匠精英進行琉璃內畫技藝傳授，最後一個是“少年班”，招收一批具有天賦的孩子從製瓷的初級知識開始學起，為大明瓷業培養後備人才。
以朝廷名義下發的詔書已經昭告各州府縣，由各州府縣衙門報送學習人選。
瓷學雖然是官辦，但還是要收取一定的學費的。林沐風本來是想由朝廷出資，入瓷學者免費學習，且負責學生的食宿。但他這一“建議”得到了滿朝文武的一致反對，認為無謂增加朝廷負擔。就連朱允炆也不讚成，在朱允炆看來，林沐風的製瓷技法等於是免費貢獻給了朝廷，而朝廷又將之傳授給各地工匠，這本來就已經是天大的恩惠了，豈能再免費辦學。
盡管是這樣，但各地報名的人數還是呈現出異常火爆的態勢，據江南某地反饋回來的信息，等候在衙門外麵報名參加大明瓷學培訓的工匠排起了長隊，當地幾乎所有的工匠都蜂擁而上爭取學習的機會。有些瓷窯業主為了能讓自己的工匠入學，疏通各種關係以期能爭取獲得一個名額。
大明瓷行高超的製瓷水平，林沐風神出鬼沒的製瓷技法和琉璃內畫技法，早已在大明瓷界傳為神話，林沐風居然會公開自己的技術，對工匠們來說，這等於是天上掉餡餅——要知道，學到這些技術，就相當於日後的滾滾財源啊！
至於瓷學的“少年班”，林沐風決定隻麵向京師周邊招收。本來他以為，製瓷在大明人尤其是一些官僚權貴眼裏，是一種下等低賤的雜役，也就是平民家的孩子肯報名來，沒成想，京師裏一些官宦家的子弟也踴躍報名——當然，或許湊熱鬧的成分更多一些。而這，與朝廷官辦也有關係。