索馬裏海盜的上述劫持活動對世界糧食計劃署的人道主義援助工作產生了嚴重的負麵影響。在缺乏安全保障的情況下，世界糧食計劃署很難租到願意前往索馬裏運送救援物資的船隻。針對這一情況，聯合國秘書長向安理會表示，聯合國“運送這些援助在後勤上仍然是一個挑戰，一個重要原因是海盜行為，它提高了物資的運輸成本”。法國代表在2008年12月16日安理會第6048次會議上發言表示:“今年有幾個月，世界糧食計劃署駛往索馬裏的船隻缺乏充分的保護，所以，援助減少了50%，直接損害了索馬裏人民。”
內戰和政府管製的崩潰，使得索馬裏陷入了嚴重的人道危機。數十萬人被殺害或受傷，另有上百萬索馬裏平民流離失所，淪為難民。根據聯合國秘書長潘基文在安理會第6046次會議上的發言，僅在2008年，“(索馬裏)就有約25萬人被迫離開(首都)摩加迪沙。國內流離失所人口的總數達到130萬，每個月平均有5000名索馬裏難民抵達肯尼亞的難民營。現在索馬裏需要援助和謀生資助的人數達到320萬”。
為了緩解索馬裏的人道主義災難，國際社會向索馬裏提供了急需的救援。在聯合國框架內，世界糧食計劃署在這一領域發揮著主要作用。2008年，世界糧食計劃署向索馬裏提供了26萬噸糧食援助，供240萬人食用。為了避免索馬裏人道主義狀況的進一步惡化，國際社會必須確保糧食援助不受阻礙地運抵目的地。世界糧食計劃署80%以上的人道主義救濟物資經由海路運抵索馬裏，其中主要是從肯尼亞的蒙巴薩港運往索馬裏首都摩加迪沙和南部的默爾卡港，部分從吉布提運往索馬裏北部的博薩索和柏培拉港。
實際上，經由索馬裏鄰近海域運送的人道主義物資的救援對象，還包括這一地區部分其他國家受自然災害(主要是幹旱)或戰亂影響的人民。例如，僅2009年，就有500萬左右的埃塞俄比亞居民需要國際社會的糧食援助。相鄰的蘇丹，也長期依靠國際社會的糧食援助。因此，索馬裏鄰近海域的海盜活動，也影響了國際社會對索馬裏鄰國的救援。
2007年底，在世界糧食計劃署包租的船隻受到劫持的事件增多後，世界糧食計劃署執行主任與國際海事組織秘書長提醒相關各方注意海盜風險。隨後，一些國家開始為向索馬裏運送人道主義物資的船隻提供護航，其中包括歐盟的亞特蘭特行動。從2007年11月中旬到2008年12月，相關國家共為世界糧食計劃署的47支運輸船隊提供了護航，船隊運載的人道主義援助物資共有252000噸。除世界糧食計劃署的援助物資外，還包括聯合國難民署、聯合國兒童基金會、世界衛生組織、聯合國糧農組織和許多非政府組織向索馬裏提供的援助物資。從2009年12月起，中國和印度海軍也開始為糧食計劃署包租的船隻提供護航。這些受到護航的世界糧食計劃署包租船隻，都沒有受到索馬裏海盜的襲擊。
不過同期，索馬裏海盜對其他過往船隻的襲擊事件卻有所增加，勒索的贖金數額也在上升。根據國際海事局海盜行為報告中心2009年的統計數據，當年共發生索馬裏海盜襲擊事件217起，比2008年大幅增加了95%。截至2009年底，仍有12艘船和263名船員被海盜扣押。2010年3月，亞丁灣、索馬裏海域和非洲東部海域、阿拉伯海等海域共發生海盜襲擊事件42起，劫持各型船隻19艘，襲擊次數、劫持成功率均創曆史新高。
因劫持而發生的贖金數額也呈上升趨勢。2009年索馬裏海盜從劫持活動中勒索獲得的贖金估計為8200萬美元。船東為每條船支付的贖金平均為175萬美元，而這一數字在2008年為125萬美元。另據媒體報道，部分船隻被劫持後支付的贖金大大高於這一平均數。例如，索馬裏海盜2009年11月在塞舌爾群島北部劫持了一艘新加坡公司租用的化學品運輸船及船上的28名朝鮮籍船員，當時這艘船正在駛往肯尼亞的蒙巴薩港。索馬裏海盜在得到了350萬美元的贖金後，於2010年初釋放了這艘化學品運輸船和所有船員。瑪朗·桑托魯斯(MaranCentaurus)號的贖金高達550萬~700萬美元。有報道稱，為韓國三湖夢想(SamhoDream)號的釋放而支付的贖金高達950萬美元。由於贖金的談判和實際支付都不公開進行，許多船公司事後也對此諱莫如深，因此，國際組織統計和媒體報道的贖金總額可能大大低於實際支付的贖金總額。