在聯合國框架內，安全理事會(簡稱“安理會”)負有“維持國際和平及安全之主要責任”。“安全理事會應斷定任何和平之威脅、和平之破壞或侵略行為之是否存在，並應作成建議……以維持或恢複國際和平及安全”(《聯合國憲章》第39條)。
安理會對索馬裏海盜問題的關注有一個逐步“熱身”的過程。2006年3月15日，安理會曾發表主席聲明，鼓勵所有在索馬裏鄰近國際海域及其上空部署了海軍船隻和軍用飛機的國家，在國際法框架內，采取適當行動來保護商船，特別是運送人道主義援助物資的商船。(安理會主席聲明不同於安理會決議。主席聲明沒有法律約束力，而決議可以有法律約束力。)在2007年8月20日通過的第1772號決議中，安理會對“索馬裏沿海海盜行為的增加感到關切”。不過這一“關切”是在決議的序言中表示的，決議正文(也就是“行動段落”)沒有再提到索馬裏海盜問題。換言之，安理會在這一決議中，注意到了索馬裏海盜問題，卻沒有決定就此采取行動。在2008年5月15日通過的第1814號決議中，安理會沒有直接提到海盜問題，但在決議正文(第11段)表示“支持一些國家為保護世界糧食計劃署海運船隊作出的貢獻……要求所有各方確保人道主義援助及時、安全和不受阻礙地送達任何地方所有需要援助的人，敦促該區域各國協助經由陸路或航空和海港提供人道主義援助，包括讓基本救濟物資及時、安全和不受阻礙地運進索馬裏”。這實際上已經間接地談到了海盜問題，隻是角度有所限製，僅涉及通過海路運輸的人道主義援助的安全問題，特別是世界糧食計劃署海運船隊的安全問題，沒有涉及海盜對索馬裏鄰近海域的其他各類過往船舶和船員的安全所造成的威脅和危害。
安理會真正開始對索馬裏海盜采取措施的是第1816號決議。這項決議的背景不僅是海盜的猖獗，而且也有索馬裏過渡聯邦政府向安理會提出的提供緊急協助的請求。在這一決議中，安理會“認定索馬裏領海和索馬裏沿岸公海的海盜和武裝劫船事件加劇索馬裏的局勢，而該局勢繼續對該區域的國際和平與安全構成威脅”。基於這一認定，並考慮到索馬裏的危機局勢以及該國過渡聯邦政府沒有能力製止海盜，也沒有能力在索馬裏沿海國際海上航線或索馬裏領海從事巡邏並保障其安全，安理會譴責索馬裏沿海的海盜和武裝劫船行為，同時決定在6個月的時間限度內，在索馬裏過渡聯邦政府事先通知聯合國秘書長的情況下，允許各國進入索馬裏領海，製止海盜及海上武裝搶劫行為，並為此目的采用一切必要手段。由於這項決議授權各國進入索馬裏領海對海盜采取行動，超出了傳統國際法的範圍，為了避免這項授權被濫用，安理會在決議中強調這項授權僅適用於索馬裏局勢(即不適用於世界上其他國家的領海)，並且要得到索馬裏過渡聯邦政府同意(即不得自行采取行動)。
2008年7月23日，非洲聯盟和平與安全專員拉姆丹·拉馬姆拉(RamtaneLamamra)向安理會表示，鑒於索馬裏海盜猖獗、人道救援人員時常受到安全威脅，建議聯合國維和部隊設置一個強有力的海軍分隊，但這一建議未能付諸實施。
在第1816號決議的框架下，2008年10月9日，北約國防部長做出決定，部署7艘軍艦，在索馬裏沿海打擊海盜。2008年10月21日，索馬裏過渡聯邦政府通知聯合國秘書處，表示已經授權北約為聯合國世界糧食計劃署包租的船隻進行海上護航，並在該區域從事其他打擊海盜行為的職能，允許北約軍艦為此進入索馬裏的領海。北約後來把反海盜行動移交給了歐盟框架下的亞特蘭特行動。截止2009年10月底，索馬裏過渡聯邦政府已通知聯合國秘書長，下列國家和組織已征得索馬裏同意，在索馬裏領海打擊海盜:中國、俄羅斯、美國、英國、法國、印度、韓國、伊朗、土耳其、丹麥、西班牙、荷蘭、加拿大、澳大利亞以及歐洲聯盟和北約。