三、國民政府
(民國十四年七月至二十六年七月)
(一)廣州時期(民國十四年七月至十五年十二月)
國民政府成立之前為"陸海軍大元帥大本營"，亦稱"陸海軍大元帥府"(民國十二年二月至十四年七月)。大元帥孫文。在軍令係統為參謀長(第一任蔣中正，民國十二年三月至四月)及參謀處、參軍處與軍事顧問、軍事參議，在軍政係統;(1)軍政部，部長程潛、許崇智，轄軍需、軍務、軍衡、審計四局，及軍法處;(2)海軍部，部長湯廷光。此外另設軍事委員會，管理所轄各(省)軍。大元帥行營，直轄大元帥府軍隊。
國民政府采委員製，以若幹委員組成之，設常務委員5人，處理日常政務，並推舉一人為主席，為國家虛位元首。其軍事建置:
國民政府主席:汪兆銘、譚延。
1.軍政係統-軍事委員會。民國十四年七月五日，依"軍事委員會組織法"，確定"以黨建軍"、"以黨治軍"原則，規定軍事委員會受中國國民黨之指導及監督管理。統率國民政府所轄境內陸海軍、航空隊，及一切軍事機關。第一任軍事委員:汪兆銘、胡漢民、伍朝樞、廖仲愷、朱培德、譚延、許崇智、蔣中正。軍委會主席汪兆銘(民國十四年七月)(前)，蔣中正(民國十五年四月)(後)。轄:(1)參謀團;(2)政治訓練部;(3)海軍局;(4)航空局;(5)軍需局;(6)廣州衛戍司令部;(7)虎門、長洲(兩)要塞司令部;(8)兵工廠;(9)廣東民團統率處。
2.軍令係統-國民革命軍司令部。民國十五年六月五日，依"國民革命軍總司令部組織大綱"正式成立。規定:"凡國民政府下之陸海空各軍均歸其統轄"。且"總司令對國民政府與中國國民黨，在軍事上須完全負責"，又"總司令兼任軍事委員會主席"。轄參事廳、政治部、辦公廳、衛士團等。
3.軍事部。民國十四年七月，依國民政府組織法建置，部長許崇智。職掌有三:(1)國民政府對外軍事代表;(2)國民政府之軍事工作，及軍事問題議決案之代表說明者;(3)指揮各省軍事廳之工作。民國十五年十二月裁撤。
(二)武漢時期(民國十六年一月至八月)
國民政府主席，譚延、汪兆銘。
此一時期，中國國民黨-國民政府有"寧漢分裂"，惟其軍事機關乃維持"軍事委員會"與"國民革命軍總司令部"組織，武漢國民政府於民國十六年三月十一日第二屆三中全會，為提高黨權，免去蔣中正軍事委員會"主席"，與國民革命軍"總司令"職。然四月十七日，中國國民黨中央執委會第七十四次政治會議，決定奠都南京。至七月十五日，武漢政府分共，八月十九日，武漢"中國國民黨中央黨部"及"國民政府"發表遷都南京，又合而為一。