(三)南京初期(民國十六年四月至十七年十月)
國民政府主席:胡漢民，譚延代。
1.軍政係統---軍事委員會。民國十六年四月二十九日，中央政治會議第八十四次會議通過"軍事委員會組織大綱"。規定:軍事委員會為國民政府最高軍事機關，委員若幹人。常務委員為胡漢民、何應欽、李鳴鍾、閻錫山、楊樹莊、李宗仁、李濟深。主席團成員有蔣中正、胡漢民、譚延、何應欽、汪兆銘、李宗仁、白崇禧、馮玉祥、閻錫山、朱培德、程潛、唐生智、李濟深、楊樹莊。轄:
(1)主席(團)辦公廳。主任、機要室、高級參謀、高級副官。
(2)參謀廳。廳長、副廳長、辦公廳主任，第一、第二、第三局。
(3)軍政廳。廳長、副廳長、辦公廳主任，軍務、軍械、交通、航空、軍醫、軍法、營房設計、總務、經理、審計、軍事教育等處。
(4)兵站總監部。總監、參謀長、副官長，經理、交通二處。
(5)政治訓練部。主任、副主任，總務、秘書、宣傳、組織四處。
(6)各集團軍、路軍、軍、師司令部，海軍總司令部。
(7)軍事委員會直屬機關。a.淞滬衛戍(後改警備)司令部;b.首都衛戍司令部;c.武漢衛戍司令部;d.京津衛戍司令部;e.江南剿共司令部;f.江北剿共司令部;g.湖北清鄉督辦公署;h.中央陸軍測量局(各省測量局);i.中央陸軍軍官學校。
民國十七年二月六日，中國國民黨二屆四中全會第二次會議，修正"軍事委員會組織大綱"，複設軍事委員會主席，蔣中正任主席。轄辦公、參謀、軍政、總務四廳，經理、審計、軍事教育部三處。及政治訓練部。
2.軍令係統---國民革命軍總司令部。民國十六年五月二日，中國國民黨政治會議第八十六次會議，通過"國民革命軍總司令部組織大綱"，規定總司令部直隸於國民政府，凡編入作戰戰鬥序列之陸海空軍均歸其統轄指揮。特任國民革命軍總司令一人(蔣中正)，凡屬於國民革命軍之陸海空各軍，均歸其節製指揮。
總司令、總參謀長、副總參謀長、總參議，及參謀團主任(各1人)。
(1)司令部。參謀、副官、軍法、經理四處。
(2)辦公廳。主任、副主任、機要、總務、人事、文書四科。
(3)政治訓練部。主任、副主任，秘書長，另總務、秘書、宣傳、組織四處。
(4)戰地政務委員會。民國十七年三月九日公布組織條例，六月二十七日，中央政治會議第一百四十六次會議裁撤。
(5)東北特別委員會。民國十七年三月三十日成立，聯絡處理有關東北問題。
(6)兵站總監部。總監、參謀長，軍械、衛生、參謀、經理、交通等5處，及總醫院。
(7)上海兵工廠。
(8)警衛司令部。司令陳誠;憲兵第1、第2團;警衛第1、第2、第3團。
(9)直轄警衛部隊。炮兵第1、第2團，警衛第1、第2團。
國民革命軍總司令部指揮部隊:
(1)陸軍各集團軍、各軍、師司令部。
(2)海軍總司令部。
(3)航空司令部(民國十七年一月二十七日建立)。
(4)首都警衛司令部(民國十七年三月三十一日建)，司令陳誠。
(5)各要塞(江寧、馬尾、廈門、江陰、吳淞)司令部。
民國十七年八月八日，中國國民黨二屆五中全會，召開國防會議，裁軍事委員會及各集團軍總司令部，(各路)總指揮部，所管事務分別移交新建之軍政部，參謀部，軍事參議院，及訓練總監部等機關辦理。